+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Conformation-B of the full-length outer membrane core complex (TrwH/VirB7, TrwF/VirB9, TrwE/VirB10CTD) from the fully-assembled R388 type IV secretion system determined by cryo-EM. | |||||||||||||||
![]() | OMCC_Conformation-B _ Unsharpened | |||||||||||||||
![]() |
| |||||||||||||||
![]() | type IV secretion system type 4 secretion system T4SS OMCC Conformation-B core complex outer membrane complex R388 plasmid conjugation bacterial secretion secretion secretion system protein complex VirB10 VirB9 VirB7 TrwE TrwF TrwH / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.93 Å | |||||||||||||||
![]() | Mace K / Waksman G | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||||||||
![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of a conjugative type 4 secretion system identifies a molecular switch regulating conjugative pilus biogenesis 著者: Mace K / Waksman G | |||||||||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
添付画像 |
---|
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 50.1 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 18.6 KB 18.6 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 9.9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 113.6 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 103 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 5.8 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 91 MB 95.1 MB 95.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 916 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 915.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 23.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8rt7MC ![]() 8rt4C ![]() 8rt5C ![]() 8rt6C ![]() 8rt8C ![]() 8rt9C ![]() 8rtaC ![]() 8rtbC ![]() 8rtdC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | OMCC_Conformation-B _ Unsharpened | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.067 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-追加マップ: OMCC Conformation-B Sharpened
ファイル | emd_19481_additional_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | OMCC_Conformation-B _ Sharpened | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-A
ファイル | emd_19481_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half-A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-B
ファイル | emd_19481_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | Half-B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
-全体 : Conformation-B of the outer membrane core complex from the fully-...
全体 | 名称: Conformation-B of the outer membrane core complex from the fully-assembled R388 type IV secretion system |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Conformation-B of the outer membrane core complex from the fully-...
超分子 | 名称: Conformation-B of the outer membrane core complex from the fully-assembled R388 type IV secretion system タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: TrwE protein
分子 | 名称: TrwE protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Sequence from conjugative plasmid R388 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 42.443785 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MFGRKKGDVI DAGAELERAE QERIEGEYGA SELASERRPH TPGARTLLMV LLCVIAVVLV TLSYKAYKVR GVVEDDDAQP QQVVRQVIP GYTPRPIRPE PENVPEPPQP TTSVPAIQPA PVTQPVRPQP TGPREKTPYE LARERMLRSG LTAGSGGGED L PRPQGGDV ...文字列: MFGRKKGDVI DAGAELERAE QERIEGEYGA SELASERRPH TPGARTLLMV LLCVIAVVLV TLSYKAYKVR GVVEDDDAQP QQVVRQVIP GYTPRPIRPE PENVPEPPQP TTSVPAIQPA PVTQPVRPQP TGPREKTPYE LARERMLRSG LTAGSGGGED L PRPQGGDV PAGGLMGGGG GGGELAEKLQ PMRLSGSSAG RLGNRDMLIT QGTQLDCVLE TRLVTTQPGM TTCHLTRDVY ST SGRVVLL DRGSKVVGFY QGGLRQGQAR IFVQWSRIET PSGVVINLDS PGTGPLGEAG LGGWIDRHFW ERFGGAIMIS LIG DLGDWA SRQGSRQGDN SIQFSNTANG VESAAAEALR NSINIPPTLY KNQGERVNIL VARDLDFSDV YSLESIPTK UniProtKB: TrwE protein |
-分子 #2: TrwF protein
分子 | 名称: TrwF protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: Sequence from conjugative plasmid R388 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 29.749586 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MKKLAIVALL ASLHAVPALA LDVPSSSRYD HRIRYVTYNP ADVVQVDTVL GVATHIMLEE GEQYLTHAFG DSEAYAFARK GRHIFIKPQ AELANTNLIV VTDRRSYKFR LQMRNDRNGA MYELAFRYPD TQARQTREAN ARAAVEAAFE QRVGAYYNLK Y MMSGDKDI ...文字列: MKKLAIVALL ASLHAVPALA LDVPSSSRYD HRIRYVTYNP ADVVQVDTVL GVATHIMLEE GEQYLTHAFG DSEAYAFARK GRHIFIKPQ AELANTNLIV VTDRRSYKFR LQMRNDRNGA MYELAFRYPD TQARQTREAN ARAAVEAAFE QRVGAYYNLK Y MMSGDKDI APVNAWDDGR FTYFKFSANA DLPSIYFVDA EGNESLVPRT TVGSSNNIIA VHKVNPKWMI RLGNRALAIF NE AYDPNGV PNDTGTASPA VRRVNKGGN UniProtKB: TrwF protein |
-分子 #3: TrwH
分子 | 名称: TrwH / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: Sequence from conjugative plasmid R388 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 5.089048 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MKTIIFAILM TGLLSACASA PKPKQPSDFN REPVNKTVPV EIQRGAL UniProtKB: TrwH |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 57.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER 最大 デフォーカス(公称値): 3.3000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |