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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-19480 | |||||||||||||||
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タイトル | Conformation-A OMCC at 3.18A - Refinement without symmetry of the outer membrane core complex from the fully-assembled R388 type IV secretion system. | |||||||||||||||
マップデータ | OMCC-Conformation-A _ Unsharpen | |||||||||||||||
試料 |
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キーワード | type IV secretion system type 4 secretion system T4SS OMCC Conformation-A core complex outer membrane complex R388 plasmid conjugation bacterial secretion secretion secretion system protein complex VirB10 VirB9 VirB7 TrwE TrwF TrwH / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.18 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Mace K / Waksman G | |||||||||||||||
資金援助 | 英国, 4件
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引用 | ジャーナル: EMBO J / 年: 2024 タイトル: Cryo-EM structure of a conjugative type IV secretion system suggests a molecular switch regulating pilus biogenesis. 著者: Kévin Macé / Gabriel Waksman / 要旨: Conjugative type IV secretion systems (T4SS) mediate bacterial conjugation, a process that enables the unidirectional exchange of genetic materials between a donor and a recipient bacterial cell. ...Conjugative type IV secretion systems (T4SS) mediate bacterial conjugation, a process that enables the unidirectional exchange of genetic materials between a donor and a recipient bacterial cell. Bacterial conjugation is the primary means by which antibiotic resistance genes spread among bacterial populations (Barlow 2009; Virolle et al, 2020). Conjugative T4SSs form pili: long extracellular filaments that connect with recipient cells. Previously, we solved the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of a conjugative T4SS. In this article, based on additional data, we present a more complete T4SS cryo-EM structure than that published earlier. Novel structural features include details of the mismatch symmetry within the OMCC, the presence of a fourth VirB8 subunit in the asymmetric unit of both the arches and the inner membrane complex (IMC), and a hydrophobic VirB5 tip in the distal end of the stalk. Additionally, we provide previously undescribed structural insights into the protein VirB10 and identify a novel regulation mechanism of T4SS-mediated pilus biogenesis by this protein, that we believe is a key checkpoint for this process. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_19480.map.gz | 50.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-19480-v30.xml emd-19480.xml | 19.3 KB 19.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_19480_fsc.xml | 10 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_19480.png | 114.8 KB | ||
マスクデータ | emd_19480_msk_1.map | 103 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-19480.cif.gz | 5.8 KB | ||
その他 | emd_19480_additional_1.map.gz emd_19480_half_map_1.map.gz emd_19480_half_map_2.map.gz | 97.1 MB 95.2 MB 95.3 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19480 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19480 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_19480_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_19480_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | emd_19480_validation.xml.gz | 18.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_19480_validation.cif.gz | 23.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-19480 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-19480 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8rt6MC 8rt4C 8rt5C 8rt7C 8rt8C 8rt9C 8rtaC 8rtbC 8rtdC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_19480.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | OMCC-Conformation-A _ Unsharpen | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.067 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_19480_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: OMCC-Conformation-A Sharpened
ファイル | emd_19480_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | OMCC-Conformation-A _ Sharpened | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-B
ファイル | emd_19480_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-A
ファイル | emd_19480_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Conformation-A of the outer membrane core complex from the fully-...
全体 | 名称: Conformation-A of the outer membrane core complex from the fully-assembled R388 type IV secretion system |
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要素 |
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-超分子 #1: Conformation-A of the outer membrane core complex from the fully-...
超分子 | 名称: Conformation-A of the outer membrane core complex from the fully-assembled R388 type IV secretion system タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
-分子 #1: TrwE protein
分子 | 名称: TrwE protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Sequence from conjugative plasmid R388 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 42.443785 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MFGRKKGDVI DAGAELERAE QERIEGEYGA SELASERRPH TPGARTLLMV LLCVIAVVLV TLSYKAYKVR GVVEDDDAQP QQVVRQVIP GYTPRPIRPE PENVPEPPQP TTSVPAIQPA PVTQPVRPQP TGPREKTPYE LARERMLRSG LTAGSGGGED L PRPQGGDV ...文字列: MFGRKKGDVI DAGAELERAE QERIEGEYGA SELASERRPH TPGARTLLMV LLCVIAVVLV TLSYKAYKVR GVVEDDDAQP QQVVRQVIP GYTPRPIRPE PENVPEPPQP TTSVPAIQPA PVTQPVRPQP TGPREKTPYE LARERMLRSG LTAGSGGGED L PRPQGGDV PAGGLMGGGG GGGELAEKLQ PMRLSGSSAG RLGNRDMLIT QGTQLDCVLE TRLVTTQPGM TTCHLTRDVY ST SGRVVLL DRGSKVVGFY QGGLRQGQAR IFVQWSRIET PSGVVINLDS PGTGPLGEAG LGGWIDRHFW ERFGGAIMIS LIG DLGDWA SRQGSRQGDN SIQFSNTANG VESAAAEALR NSINIPPTLY KNQGERVNIL VARDLDFSDV YSLESIPTK UniProtKB: TrwE protein |
-分子 #2: TrwF protein
分子 | 名称: TrwF protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: Sequence from conjugative plasmid R388 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 29.749586 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKKLAIVALL ASLHAVPALA LDVPSSSRYD HRIRYVTYNP ADVVQVDTVL GVATHIMLEE GEQYLTHAFG DSEAYAFARK GRHIFIKPQ AELANTNLIV VTDRRSYKFR LQMRNDRNGA MYELAFRYPD TQARQTREAN ARAAVEAAFE QRVGAYYNLK Y MMSGDKDI ...文字列: MKKLAIVALL ASLHAVPALA LDVPSSSRYD HRIRYVTYNP ADVVQVDTVL GVATHIMLEE GEQYLTHAFG DSEAYAFARK GRHIFIKPQ AELANTNLIV VTDRRSYKFR LQMRNDRNGA MYELAFRYPD TQARQTREAN ARAAVEAAFE QRVGAYYNLK Y MMSGDKDI APVNAWDDGR FTYFKFSANA DLPSIYFVDA EGNESLVPRT TVGSSNNIIA VHKVNPKWMI RLGNRALAIF NE AYDPNGV PNDTGTASPA VRRVNKGGN UniProtKB: TrwF protein |
-分子 #3: TrwH protein
分子 | 名称: TrwH protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 詳細: Sequence from conjugative plasmid R388 / コピー数: 14 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
分子量 | 理論値: 5.089048 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MKTIIFAILM TGLLSACASA PKPKQPSDFN REPVNKTVPV EIQRGAL UniProtKB: TrwH protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 57.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER 最大 デフォーカス(公称値): 3.3000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |