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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||||||||
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タイトル | I-Layer C16 at 2.69A - Local refinement with C16 symmetry of the I-layer of the outer membrane core complex from the fully-assembled R388 type IV secretion system. | |||||||||||||||
![]() | I-Layer C16 at 2.69A - Unsharpen | |||||||||||||||
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![]() | type IV secretion system type 4 secretion system T4SS I-layer core complex outer membrane complex R388 plasmid conjugation bacterial secretion secretion secretion system protein complex VirB10 VirB9 TrwE TrwF / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.69 Å | |||||||||||||||
![]() | Mace K / Waksman G | |||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Cryo-EM structure of a conjugative type IV secretion system suggests a molecular switch regulating pilus biogenesis. 著者: Kévin Macé / Gabriel Waksman / ![]() ![]() 要旨: Conjugative type IV secretion systems (T4SS) mediate bacterial conjugation, a process that enables the unidirectional exchange of genetic materials between a donor and a recipient bacterial cell. ...Conjugative type IV secretion systems (T4SS) mediate bacterial conjugation, a process that enables the unidirectional exchange of genetic materials between a donor and a recipient bacterial cell. Bacterial conjugation is the primary means by which antibiotic resistance genes spread among bacterial populations (Barlow 2009; Virolle et al, 2020). Conjugative T4SSs form pili: long extracellular filaments that connect with recipient cells. Previously, we solved the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of a conjugative T4SS. In this article, based on additional data, we present a more complete T4SS cryo-EM structure than that published earlier. Novel structural features include details of the mismatch symmetry within the OMCC, the presence of a fourth VirB8 subunit in the asymmetric unit of both the arches and the inner membrane complex (IMC), and a hydrophobic VirB5 tip in the distal end of the stalk. Additionally, we provide previously undescribed structural insights into the protein VirB10 and identify a novel regulation mechanism of T4SS-mediated pilus biogenesis by this protein, that we believe is a key checkpoint for this process. | |||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 48.5 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 18.1 KB 18.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 9.9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 73.8 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 103 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 5.7 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 91.4 MB 93.7 MB 93.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8rt5MC ![]() 8rt4C ![]() 8rt6C ![]() 8rt7C ![]() 8rt8C ![]() 8rt9C ![]() 8rtaC ![]() 8rtbC ![]() 8rtdC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | I-Layer C16 at 2.69A - Unsharpen | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.067 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: I-Layer C16 at 2.69A - Sharpened deepEMhancer
ファイル | emd_19479_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | I-Layer C16 at 2.69A - Sharpened_deepEMhancer | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-A
ファイル | emd_19479_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half-B
ファイル | emd_19479_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half-B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : the outer membrane core complex from the fully-assembled R388 typ...
全体 | 名称: the outer membrane core complex from the fully-assembled R388 type IV secretion system |
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要素 |
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-超分子 #1: the outer membrane core complex from the fully-assembled R388 typ...
超分子 | 名称: the outer membrane core complex from the fully-assembled R388 type IV secretion system タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: TrwE protein
分子 | 名称: TrwE protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: Sequence from conjugative plasmid R388 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 42.443785 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MFGRKKGDVI DAGAELERAE QERIEGEYGA SELASERRPH TPGARTLLMV LLCVIAVVLV TLSYKAYKVR GVVEDDDAQP QQVVRQVIP GYTPRPIRPE PENVPEPPQP TTSVPAIQPA PVTQPVRPQP TGPREKTPYE LARERMLRSG LTAGSGGGED L PRPQGGDV ...文字列: MFGRKKGDVI DAGAELERAE QERIEGEYGA SELASERRPH TPGARTLLMV LLCVIAVVLV TLSYKAYKVR GVVEDDDAQP QQVVRQVIP GYTPRPIRPE PENVPEPPQP TTSVPAIQPA PVTQPVRPQP TGPREKTPYE LARERMLRSG LTAGSGGGED L PRPQGGDV PAGGLMGGGG GGGELAEKLQ PMRLSGSSAG RLGNRDMLIT QGTQLDCVLE TRLVTTQPGM TTCHLTRDVY ST SGRVVLL DRGSKVVGFY QGGLRQGQAR IFVQWSRIET PSGVVINLDS PGTGPLGEAG LGGWIDRHFW ERFGGAIMIS LIG DLGDWA SRQGSRQGDN SIQFSNTANG VESAAAEALR NSINIPPTLY KNQGERVNIL VARDLDFSDV YSLESIPTK UniProtKB: TrwE protein |
-分子 #2: TrwF protein
分子 | 名称: TrwF protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: Sequence from conjugative plasmid R388 / コピー数: 16 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
分子量 | 理論値: 29.749586 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MKKLAIVALL ASLHAVPALA LDVPSSSRYD HRIRYVTYNP ADVVQVDTVL GVATHIMLEE GEQYLTHAFG DSEAYAFARK GRHIFIKPQ AELANTNLIV VTDRRSYKFR LQMRNDRNGA MYELAFRYPD TQARQTREAN ARAAVEAAFE QRVGAYYNLK Y MMSGDKDI ...文字列: MKKLAIVALL ASLHAVPALA LDVPSSSRYD HRIRYVTYNP ADVVQVDTVL GVATHIMLEE GEQYLTHAFG DSEAYAFARK GRHIFIKPQ AELANTNLIV VTDRRSYKFR LQMRNDRNGA MYELAFRYPD TQARQTREAN ARAAVEAAFE QRVGAYYNLK Y MMSGDKDI APVNAWDDGR FTYFKFSANA DLPSIYFVDA EGNESLVPRT TVGSSNNIIA VHKVNPKWMI RLGNRALAIF NE AYDPNGV PNDTGTASPA VRRVNKGGN UniProtKB: TrwF protein |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 57.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: OTHER / 撮影モード: OTHER 最大 デフォーカス(公称値): 3.3000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.5 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |