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万見
- EMDB-19474: N.meningitidis NadV3 surface expressed homotrimeric antigen structure -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19474
タイトルN.meningitidis NadV3 surface expressed homotrimeric antigen structure
マップデータN.meningitidis NadAV3 homotrimeric map
試料
  • 細胞器官・細胞要素: homotrimeric coiled-coil FL NadA bacterial adhesin expressed on the surface of bacteria N.meningitidis
    • Other: NadAV3
キーワードstructural vaccinology / bacterial antigen / autotransporter / CELL ADHESION
生物種Neisseria meningitidis (髄膜炎菌) / Neisseria meningitidis serogroup B (髄膜炎菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 14.2 Å
データ登録者Calvaresi V / Dello Iacono L / Borghi S / Luzzi E / Biolchi A / Benucci B / Ferlenghi I / Peschiera I / Giusti F / Fontana LE ...Calvaresi V / Dello Iacono L / Borghi S / Luzzi E / Biolchi A / Benucci B / Ferlenghi I / Peschiera I / Giusti F / Fontana LE / Kan Z / Spinello Z / Merola M / Delany I / Rand KD / Norris N
資金援助 イタリア, 1件
OrganizationGrant number国
Other government675879 イタリア
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: N.meningitidis NadV3 surface expressed homotrimeric antigen structure
著者: Calvaresi V / Dello Iacono L / Borghi S / Luzzi E / Biolchi A / Benucci B / Ferlenghi I / Peschiera I / Giusti F / Fontana LE / Kan Z / Spinello Z / Merola M / Delany I / Rand KD / Norris N
履歴
登録2024年1月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月4日-
マップ公開2024年12月4日-
更新2024年12月4日-
現状2024年12月4日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19474.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19474.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 52.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈N.meningitidis NadAV3 homotrimeric map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.75 Å/pix.
x 240 pix.
= 420. Å		1.75 Å/pix.
x 240 pix.
= 420. Å		1.75 Å/pix.
x 240 pix.
= 420. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.75 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00741
最小 - 最大-0.015418739 - 0.12839699
平均 (標準偏差)0.00006227523 (±0.0034690902)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 420.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: half1 map for FSC

ファイルemd_19474_half_map_1.map
注釈half1 map for FSC
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: helf2 map for FSC

ファイルemd_19474_half_map_2.map
注釈helf2 map for FSC
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : homotrimeric coiled-coil FL NadA bacterial adhesin expressed on t...

全体名称: homotrimeric coiled-coil FL NadA bacterial adhesin expressed on the surface of bacteria N.meningitidis
要素
  • 細胞器官・細胞要素: homotrimeric coiled-coil FL NadA bacterial adhesin expressed on the surface of bacteria N.meningitidis
    • Other: NadAV3

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超分子 #1: homotrimeric coiled-coil FL NadA bacterial adhesin expressed on t...

超分子名称: homotrimeric coiled-coil FL NadA bacterial adhesin expressed on the surface of bacteria N.meningitidis
タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: NadAV3 appendage generated
由来(天然)生物種: Neisseria meningitidis (髄膜炎菌) / 株: B

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分子 #1: NadAV3

分子名称: NadAV3 / タイプ: other / ID: 1 / 分類: other
由来(天然)生物種: Neisseria meningitidis serogroup B (髄膜炎菌)
配列文字列: DDVKKAATVA IAAAYNNGQE INGFKAGETI YDIDEDGTIT KKDATAADVE ADDFKGLGL KKVVTNLTKT VNENKQNVDA KVKAAESEIE KLTTKLADTD A ALADTDAA LDATTNALNK LGENITTFAE ETKTNIVKID EKLEAASKHD DV KKAATVA IAAAYNNGQE ...文字列:
DDVKKAATVA IAAAYNNGQE INGFKAGETI YDIDEDGTIT KKDATAADVE ADDFKGLGL KKVVTNLTKT VNENKQNVDA KVKAAESEIE KLTTKLADTD A ALADTDAA LDATTNALNK LGENITTFAE ETKTNIVKID EKLEAASKHD DV KKAATVA IAAAYNNGQE INGFKAGETI YDIDEDGTIT KKDATAADVE ADD FKGLGL KKVVTNLTKT VNENKQNVDA KVKAAESEIE KLTTKLADTD AALA DTDAA LDATTNALNK LGENITTFAE ETKTNIVKID EKLEAASDDV KKAAT VAIA AAYNNGQEIN GFKAGETIYD IDEDGTITKK DATAADVEAD DFKGLG LKK VVTNLTKTVN ENKQNVDAKV KAAESEIEKL TTKLADTDAA LADTDAA LD ATTNALNKLG ENITTFAEET KTNIVKIDEK LEAAS
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度1.00 mg/mL
緩衝液pH: 7
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMtris-HCLTris-HCL
150.0 mMNaClsodium chloride

詳細: 20 mM Tris-HCL, 150 mM NaCl
グリッドモデル: EMS Lacey Carbon / 材質: COPPER / メッシュ: 400 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 1 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
詳細: Quantifoil R2-2 grid, 400 mesh Cu, Electron Microscopy Sciences) was rendered hydrophilic with 15 mA current for 90 second by glow discharge in a EmiTech K100X
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: Quantifoil R2-2 grid, 400 mesh Cu, Electron Microscopy Sciences) charged with 2.5 microliter of the specimens were deposited onto the grid and vitrified using a Mark IV Vitrobot with a ...詳細: Quantifoil R2-2 grid, 400 mesh Cu, Electron Microscopy Sciences) charged with 2.5 microliter of the specimens were deposited onto the grid and vitrified using a Mark IV Vitrobot with a blotting time of 4 second and humidity of 100 at 277.15K.
詳細the sample was homogeneously distributed, no aggregation was observed. Original 1mg/ml NadAV3 sample was diluted up to 0.067 mg/ml for further EMM observations.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
平均電子線量: 100.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.4 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 15273
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 14.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Xmipp
詳細: the image processing has been performed within Scipion Software platform. The particles were classified several times to prune the set in 2D using Relion. Best classes obtained were used to ...詳細: the image processing has been performed within Scipion Software platform. The particles were classified several times to prune the set in 2D using Relion. Best classes obtained were used to generate an initial model within EMAN2.
使用した粒子像数: 7327
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6eun


Chain - Residue range: 24-170 / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
詳細: the initial model consisted of the complete biological assembly for PDB entry 6EUN
詳細rigid-body fitting was done using ChimeraX. The position of rigid body fitted PDB 6EUN coordinates into the 3DEM map has been saved.Image of the rigid body fitting has been uploaded.
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 温度因子: 0.4796
当てはまり具合の基準: cross-correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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