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万見
- EMDB-19445: GPCR - G-protein complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19445
タイトルGPCR - G-protein complex
マップデータCryo-EM map of TAS2R14 in complex with G-proteins
試料
  • 複合体: Human Taste receptor type 2 member 14 in complex with G-proteins
    • 複合体: Human Taste receptor type 2 member 14 in complex with G-proteins
      • タンパク質・ペプチド: Taste receptor type 2 member 14
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-3
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • 複合体: scFv16 (antibody)
      • タンパク質・ペプチド: scFv16
  • リガンド: 2-[[3-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL]AMINO] BENZOIC ACID
キーワードSingle particle cryo-EM / GPCR / G-protein / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


bitter taste receptor activity / taste receptor activity / sensory perception of umami taste / sensory perception of sweet taste / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of bitter taste / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / axoneme / photoreceptor outer segment / Adenylate cyclase inhibitory pathway / photoreceptor inner segment ...bitter taste receptor activity / taste receptor activity / sensory perception of umami taste / sensory perception of sweet taste / detection of chemical stimulus involved in sensory perception of bitter taste / Class C/3 (Metabotropic glutamate/pheromone receptors) / axoneme / photoreceptor outer segment / Adenylate cyclase inhibitory pathway / photoreceptor inner segment / acrosomal vesicle / response to nicotine / G protein-coupled receptor binding / G protein-coupled receptor activity / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / G-protein beta/gamma-subunit complex binding / Olfactory Signaling Pathway / Activation of the phototransduction cascade / G beta:gamma signalling through PLC beta / Presynaptic function of Kainate receptors / Thromboxane signalling through TP receptor / G protein-coupled acetylcholine receptor signaling pathway / G-protein activation / Activation of G protein gated Potassium channels / Inhibition of voltage gated Ca2+ channels via Gbeta/gamma subunits / Prostacyclin signalling through prostacyclin receptor / G beta:gamma signalling through CDC42 / Glucagon signaling in metabolic regulation / G beta:gamma signalling through BTK / Synthesis, secretion, and inactivation of Glucagon-like Peptide-1 (GLP-1) / ADP signalling through P2Y purinoceptor 12 / Sensory perception of sweet, bitter, and umami (glutamate) taste / photoreceptor disc membrane / Glucagon-type ligand receptors / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / G alpha (z) signalling events / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / cellular response to catecholamine stimulus / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / G beta:gamma signalling through PI3Kgamma / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / adenylate cyclase-activating dopamine receptor signaling pathway / GPER1 signaling / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / cellular response to prostaglandin E stimulus / G-protein beta-subunit binding / heterotrimeric G-protein complex / G alpha (12/13) signalling events / sensory perception of taste / extracellular vesicle / signaling receptor complex adaptor activity / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / GTPase binding / Ca2+ pathway / retina development in camera-type eye / High laminar flow shear stress activates signaling by PIEZO1 and PECAM1:CDH5:KDR in endothelial cells / fibroblast proliferation / G alpha (i) signalling events / G alpha (s) signalling events / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / G alpha (q) signalling events / Ras protein signal transduction / Extra-nuclear estrogen signaling / cell population proliferation / G protein-coupled receptor signaling pathway / apical plasma membrane / lysosomal membrane / GTPase activity / synapse / protein-containing complex binding / GTP binding / signal transduction / protein-containing complex / extracellular exosome / metal ion binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Taste receptor type 2 / Taste receptor protein (TAS2R) / G-protein alpha subunit, group I / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. ...Taste receptor type 2 / Taste receptor protein (TAS2R) / G-protein alpha subunit, group I / Guanine nucleotide binding protein (G-protein), alpha subunit / G protein alpha subunit, helical insertion / G-protein alpha subunit / G-alpha domain profile. / G protein alpha subunit / G-protein, gamma subunit / G-protein gamma subunit domain profile. / G-protein gamma-like domain / G-protein gamma-like domain superfamily / GGL domain / G protein gamma subunit-like motifs / GGL domain / Guanine nucleotide-binding protein, beta subunit / G-protein, beta subunit / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-3 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2 / Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1 / Taste receptor type 2 member 14
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / Mus musculoides (ネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.03 Å
データ登録者Matzov D / Peri L / Niv M / Shalev Benami M
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)949364European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: A bitter anti-inflammatory drug binds at two distinct sites of a human bitter taste GPCR.
著者: Lior Peri / Donna Matzov / Dominic R Huxley / Alon Rainish / Fabrizio Fierro / Liel Sapir / Tara Pfeiffer / Lukas Waterloo / Harald Hübner / Yoav Peleg / Peter Gmeiner / Peter J McCormick / ...著者: Lior Peri / Donna Matzov / Dominic R Huxley / Alon Rainish / Fabrizio Fierro / Liel Sapir / Tara Pfeiffer / Lukas Waterloo / Harald Hübner / Yoav Peleg / Peter Gmeiner / Peter J McCormick / Dorothee Weikert / Masha Y Niv / Moran Shalev-Benami /
要旨: Bitter taste receptors (TAS2Rs), a subfamily of G-protein coupled receptors (GPCRs) expressed orally and extraorally, elicit signaling in response to a large set of tastants. Among 25 functional ...Bitter taste receptors (TAS2Rs), a subfamily of G-protein coupled receptors (GPCRs) expressed orally and extraorally, elicit signaling in response to a large set of tastants. Among 25 functional TAS2Rs encoded in the human genome, TAS2R14 is the most promiscuous, and responds to hundreds of chemically diverse ligands. Here we present the cryo-electron microscopy (cryo-EM) structure of the human TAS2R14 in complex with its signaling partner gustducin, and bound to flufenamic acid (FFA), a clinically approved nonsteroidal anti-inflammatory drug. The structure reveals an unusual binding mode, where two copies of FFA are bound at distinct pockets: one at the canonical receptor site within the trans-membrane bundle, and the other in the intracellular facet, bridging the receptor with gustducin. Together with a pocket-specific BRET-based ligand binding assay, these results illuminate bitter taste signaling and provide tools for a site-targeted compound design.
履歴
登録2024年1月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月27日-
マップ公開2024年11月27日-
更新2025年1月22日-
現状2025年1月22日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19445.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19445.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Cryo-EM map of TAS2R14 in complex with G-proteins
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 297.36 Å		0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 297.36 Å		0.83 Å/pix.
x 360 pix.
= 297.36 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.826 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.306
最小 - 最大-2.4695551 - 1.5733217
平均 (標準偏差)-0.00062009523 (±0.03262641)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 297.36 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: cryo-EM map of TAS2R14 in complex with G-proteins - unsharpened

ファイルemd_19445_additional_1.map
注釈cryo-EM map of TAS2R14 in complex with G-proteins - unsharpened
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human Taste receptor type 2 member 14 in complex with G-proteins

全体名称: Human Taste receptor type 2 member 14 in complex with G-proteins
要素
  • 複合体: Human Taste receptor type 2 member 14 in complex with G-proteins
    • 複合体: Human Taste receptor type 2 member 14 in complex with G-proteins
      • タンパク質・ペプチド: Taste receptor type 2 member 14
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-3
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
      • タンパク質・ペプチド: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
    • 複合体: scFv16 (antibody)
      • タンパク質・ペプチド: scFv16
  • リガンド: 2-[[3-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL]AMINO] BENZOIC ACID

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超分子 #1: Human Taste receptor type 2 member 14 in complex with G-proteins

超分子名称: Human Taste receptor type 2 member 14 in complex with G-proteins
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#5
分子量理論値: 118.3 kDa/nm

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超分子 #2: Human Taste receptor type 2 member 14 in complex with G-proteins

超分子名称: Human Taste receptor type 2 member 14 in complex with G-proteins
タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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超分子 #3: scFv16 (antibody)

超分子名称: scFv16 (antibody) / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #5
由来(天然)生物種: Mus musculoides (ネズミ)

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分子 #1: Taste receptor type 2 member 14

分子名称: Taste receptor type 2 member 14 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 36.20007 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGGVIKSIFT FVLIVEFIIG NLGNSFIALV NCIDWVKGRK ISSVDRILTA LAISRISLVW LIFGSWCVSV FFPALFATEK MFRMLTNIW TVINHFSVWL ATGLGTFYFL KIANFSNSIF LYLKWRVKKV VLVLLLVTSV FLFLNIALIN IHINASINGY R RNKTCSSD ...文字列:
MGGVIKSIFT FVLIVEFIIG NLGNSFIALV NCIDWVKGRK ISSVDRILTA LAISRISLVW LIFGSWCVSV FFPALFATEK MFRMLTNIW TVINHFSVWL ATGLGTFYFL KIANFSNSIF LYLKWRVKKV VLVLLLVTSV FLFLNIALIN IHINASINGY R RNKTCSSD SSNFTRFSSL IVLTSTVFIF IPFTLSLAMF LLLIFSMWKH RKKMQHTVKI SGDASTKAHR GVKSVITFFL LY AIFSLSF FISVWTSERL EENLIILSQV MGMAYPSCHS CVLILGNKKL RQASLSVLLW LRYMFKDGEP SGHKEFRESS

UniProtKB: Taste receptor type 2 member 14

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分子 #2: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-3

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2
詳細: Mini G alpha gustducin protein,Mini G alpha gustducin protein
コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 25.983604 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MGSTVSAEDK AAAERSKELE KKLQEDAERD ARTVKLLLLG ADNSGKSTIV KQMKIIHGGS GGSGGTTGII ETQFSFKDLH FRMFDVGGQ RSERKKWIHC FEDVTCIIFC ADLSDYNRMH ESLHLFNSIC NHKYFSTTSI VLFLNKKDIF QEKVTKVHLS I CFPEYTGP ...文字列:
MGSTVSAEDK AAAERSKELE KKLQEDAERD ARTVKLLLLG ADNSGKSTIV KQMKIIHGGS GGSGGTTGII ETQFSFKDLH FRMFDVGGQ RSERKKWIHC FEDVTCIIFC ADLSDYNRMH ESLHLFNSIC NHKYFSTTSI VLFLNKKDIF QEKVTKVHLS I CFPEYTGP NTFEDAGNYI KNQFLDLNLK KEDKEIYSHM TCATDTQNAK FIFDAVTDII IKENLKDCGL F

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-3, Guanine nucleotide-binding protein G(t) subunit alpha-3

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分子 #3: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.418086 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MHHHHHHLEV LFQGPGSSGS ELDQLRQEAE QLKNQIRDAR KACADATLSQ ITNNIDPVGR IQMRTRRTLR GHLAKIYAMH WGTDSRLLV SASQDGKLII WDSYTTNKVH AIPLRSSWVM TCAYAPSGNY VACGGLDNIC SIYNLKTREG NVRVSRELAG H TGYLSCCR ...文字列:
MHHHHHHLEV LFQGPGSSGS ELDQLRQEAE QLKNQIRDAR KACADATLSQ ITNNIDPVGR IQMRTRRTLR GHLAKIYAMH WGTDSRLLV SASQDGKLII WDSYTTNKVH AIPLRSSWVM TCAYAPSGNY VACGGLDNIC SIYNLKTREG NVRVSRELAG H TGYLSCCR FLDDNQIVTS SGDTTCALWD IETGQQTTTF TGHTGDVMSL SLAPDTRLFV SGACDASAKL WDVREGMCRQ TF TGHESDI NAICFFPNGN AFATGSDDAT CRLFDLRADQ ELMTYSHDNI ICGITSVSFS KSGRLLLAGY DDFNCNVWDA LKA DRAGVL AGHDNRVSCL GVTDDGMAVA TGSWDSFLKI WN

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(T) subunit beta-1

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分子 #4: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

分子名称: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 7.861143 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MASNNTASIA QARKLVEQLK MEANIDRIKV SKAAADLMAY CEAHAKEDPL LTPVPASENP FREKKFFCAI L

UniProtKB: Guanine nucleotide-binding protein G(I)/G(S)/G(O) subunit gamma-2

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分子 #5: scFv16

分子名称: scFv16 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculoides (ネズミ)
分子量理論値: 27.340482 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS ...文字列:
DVQLVESGGG LVQPGGSRKL SCSASGFAFS SFGMHWVRQA PEKGLEWVAY ISSGSGTIYY ADTVKGRFTI SRDDPKNTLF LQMTSLRSE DTAMYYCVRS IYYYGSSPFD FWGQGTTLTV SSGGGGSGGG GSGGGGSDIV MTQATSSVPV TPGESVSISC R SSKSLLHS NGNTYLYWFL QRPGQSPQLL IYRMSNLASG VPDRFSGSGS GTAFTLTISR LEAEDVGVYY CMQHLEYPLT FG AGTKLEL KGSLEVLFQ

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分子 #6: 2-[[3-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL]AMINO] BENZOIC ACID

分子名称: 2-[[3-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL]AMINO] BENZOIC ACID / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: FLF
分子量理論値: 281.23 Da
Chemical component information

ChemComp-FLF:
2-[[3-(TRIFLUOROMETHYL)PHENYL]AMINO] BENZOIC ACID / フルフェナム酸 / 抗炎症剤, 阻害剤*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 38.8 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 20.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.03 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 127503
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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