[日本語] English
万見
- EMDB-19421: COPII outer coat rods on vesicles -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19421
タイトルCOPII outer coat rods on vesicles
マップデータMap.
試料
  • 複合体: COPII outer coat rod on vesicles
    • タンパク質・ペプチド: Sec31
    • タンパク質・ペプチド: Sec13
キーワードCOPII / coat / PROTEIN TRANSPORT
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10.85 Å
データ登録者Zanetti G / Pyle E
資金援助European Union, 英国, 4件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)852915European Union
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/T002670/1 英国
Wellcome Trust202679/Z/16/Z 英国
Wellcome Trust206166/Z/17/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Cryo-electron tomography reveals how COPII assembles on cargo-containing membranes.
著者: Euan Pyle / Elizabeth A Miller / Giulia Zanetti /
要旨: Proteins traverse the eukaryotic secretory pathway through membrane trafficking between organelles. The coat protein complex II (COPII) mediates the anterograde transport of newly synthesized ...Proteins traverse the eukaryotic secretory pathway through membrane trafficking between organelles. The coat protein complex II (COPII) mediates the anterograde transport of newly synthesized proteins from the endoplasmic reticulum, engaging cargoes with a wide range of size and biophysical properties. The native architecture of the COPII coat and how cargo might influence COPII carrier morphology remain poorly understood. Here we reconstituted COPII-coated membrane carriers using purified Saccharomyces cerevisiae proteins and cell-derived microsomes as a native membrane source. Using cryo-electron tomography with subtomogram averaging, we demonstrate that the COPII coat binds cargo and forms largely spherical vesicles from native membranes. We reveal the architecture of the inner and outer coat layers and shed light on how spherical carriers are formed. Our results provide insights into the architecture and regulation of the COPII coat and advance our current understanding of how membrane curvature is generated.
履歴
登録2024年1月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月31日-
マップ公開2024年1月31日-
更新2025年3月26日-
現状2025年3月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_19421.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19421.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Map.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
3.05 Å/pix.
x 128 pix.
= 390.656 Å		3.05 Å/pix.
x 128 pix.
= 390.656 Å		3.05 Å/pix.
x 128 pix.
= 390.656 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.052 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0789
最小 - 最大-0.12643608 - 0.36385694
平均 (標準偏差)-0.0012416554 (±0.023167277)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ128128128
Spacing128128128
セルA=B=C: 390.656 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_19421_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map 1.

ファイルemd_19421_half_map_1.map
注釈Half map 1.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Half map 2.

ファイルemd_19421_half_map_2.map
注釈Half map 2.
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : COPII outer coat rod on vesicles

全体名称: COPII outer coat rod on vesicles
要素
  • 複合体: COPII outer coat rod on vesicles
    • タンパク質・ペプチド: Sec31
    • タンパク質・ペプチド: Sec13

-
超分子 #1: COPII outer coat rod on vesicles

超分子名称: COPII outer coat rod on vesicles / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: COPII outer coat rod on vesicles
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 171 KDa

-
分子 #1: Sec31

分子名称: Sec31 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MVKLAEFSRT ATFAWSHDK I PLLVSGTV SG TVDANFS TDS SLELWS LLAA DSEKP IASLQ VDSK FNDLDW SHN NKIIAGA LD NGSLELYS T NEANNAINS MARFSNHSSS VKTVKFNAK Q DNVLASGG NN GEIFIWD MNK CTESPS NYTP LTPGQ ...文字列:
MVKLAEFSRT ATFAWSHDK I PLLVSGTV SG TVDANFS TDS SLELWS LLAA DSEKP IASLQ VDSK FNDLDW SHN NKIIAGA LD NGSLELYS T NEANNAINS MARFSNHSSS VKTVKFNAK Q DNVLASGG NN GEIFIWD MNK CTESPS NYTP LTPGQ SMSSV DEVI SLAWNQ SLA HVFASAG SS NFASIWDL K AKKEVIHLS YTSPNSGIKQ QLSVVEWHP K NSTRVATA TG SDNDPSI LIW DLRNAN TPLQ TLNQG HQKGI LSLD WCHQDE HLL LSSGRDN TV LLWNPESA E QLSQFPARG NWCFKTKFAP EAPDLFACA S FDNKIEVQ TL QNLTNTL DEQ ETETKQ QESE TDFWN NVSRE ESKE KPSVFH LQA PTWYGEP SP AAHWAFGG K LVQITPDGK GVSITNPKIS GLESNTTLS E ALKTKDFK PL INQRLVK VID DVNEED WNLL EKLSM DGTEE FLKE ALAFDN DES DAQDDAN NE KEDDGEEF F QQIETNFQP EGDFSLSGNI EQTISKNLV S GNIKSAVK NS LENDLLM EAM VIALDS NNER LKESV KNAYF AKYG SKSSLS RIL YSISKRE VD DLVENLDV S QWKFISKAI QNLYPNDIAQ RNEMLIKLG D RLKENGHR QD SLTLYLA AGS LDKVAS IWLS EFPDL EDKLK KDNK TIYEAH SEC LTEFIER FT VFSNFING S STINNEQLI AKFLEFINLT TSTGNFELA T EFLNSLPS DN EEVKTEK ARV LIASGK SLPA QNPAT ATTSK AKYT NAKTNK NVP VLPTPGM PS TTSIPSMQ A PFYGMTPGA SANALPPKPY VPATTTSAP V HTEGKYAP PS QPSMASP FVN KTNSST RLNS FAPPP NPYAT ATVP ATNVST TSI PQNTFAP IQ PGMPIMGD Y NAQSSSIPS QPPINAVSGQ TPHLNRKAN D GWNDLPLK VK EKPSRAK AVS VAPPNI LSTP TPLNG IPANA ASTM PPPPLS RAP SSVSMVS PP PLHKNSRV P SLVATSESP RASISNPYAP PQSSQQFPI G TISTANQT SN TAQVASS NPY APPPQQ RVAT PLSGG VPPAP LPKA SNPYAP TAT TQPNGSS YP PTGPYTNN H TMTSPPPVF NKPPTGPPPI SMKKRSNKL A SIEQNPSQ GA TYPPTLS SSA SPLQPS QPPT LASQV NTSAE NVSH EIPADQ QPI VDFLKEE LA RVTPLTPK E YSKQLKDCD KRLKILFYHL EKQDLLTQP T IDCLHDLV AL MKEKKYK EAM VIHANI ATNH AQEGG NWLTG VKRL IGIAEA TLN

-
分子 #2: Sec13

分子名称: Sec13 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MVVIANAHNE LIHDAVLDY Y GKRLATCS SD KTIKIFE VEG ETHKLI DTLT GHEGP VWRVD WAHP KFGTIL ASC SYDGKVL IW KEENGRWS Q IAVHAVHSA SVNSVQWAPH EYGPLLLVA S SDGKVSVV EF KENGTTS PII IDAHAI GVNS ASWAP ...文字列:
MVVIANAHNE LIHDAVLDY Y GKRLATCS SD KTIKIFE VEG ETHKLI DTLT GHEGP VWRVD WAHP KFGTIL ASC SYDGKVL IW KEENGRWS Q IAVHAVHSA SVNSVQWAPH EYGPLLLVA S SDGKVSVV EF KENGTTS PII IDAHAI GVNS ASWAP ATIEE DGEH NGTKES RKF VTGGADN LV KIWKYNSD A QTYVLESTL EGHSDWVRDV AWSPTVLLR S YLASVSQD RT CIIWTQD NEQ GPWKKT LLKE EKFPD VLWRA SWSL SGNVLA LSG GDNKVTL WK ENLEGKWE P AGEVHQ

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 6.8
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 3.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 10.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5) / ソフトウェア - 詳細: Alpha version / 使用したサブトモグラム数: 18852
抽出トモグラム数: 765 / 使用した粒子像数: 25360
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 5) / ソフトウェア - 詳細: Alpha version
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る