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万見
- EMDB-19419: sub-tomogram averaging results of tetrameric 5-HT3A receptor on c... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19419
タイトルsub-tomogram averaging results of tetrameric 5-HT3A receptor on cell-derived vesicles
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: 5-hydroxytryptamine receptor 3A tetramer
    • タンパク質・ペプチド: 5-hydroxytryptamine receptor 3A tetramer
キーワード5ht3Ar / tetramer / in-situ sub-tomogram averaging / cell-derived vesicles / MEMBRANE PROTEIN
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 25.2 Å
データ登録者Chu X / Kudryashev M
資金援助 ドイツ, 中国, 4件
OrganizationGrant number国
Alexander von Humboldt Foundation ドイツ
German Research Foundation (DFG) ドイツ
Chinese Academy of Sciences 中国
Other government
引用ジャーナル: EMBO J / 年: 2024
タイトル: Structure of tetrameric forms of the serotonin-gated 5-HT3 receptor ion channel.
著者: Bianca Introini / Wenqiang Cui / Xiaofeng Chu / Yingyi Zhang / Ana Catarina Alves / Luise Eckhardt-Strelau / Sabrina Golusik / Menno Tol / Horst Vogel / Shuguang Yuan / Mikhail Kudryashev /
要旨: Multimeric membrane proteins are produced in the endoplasmic reticulum and transported to their target membranes which, for ion channels, is typically the plasma membrane. Despite the availability of ...Multimeric membrane proteins are produced in the endoplasmic reticulum and transported to their target membranes which, for ion channels, is typically the plasma membrane. Despite the availability of many fully assembled channel structures, our understanding of assembly intermediates, multimer assembly mechanisms, and potential functions of non-standard assemblies is limited. We demonstrate that the pentameric ligand-gated serotonin 5-HT3A receptor (5-HT3AR) can assemble to tetrameric forms and report the structures of the tetramers in plasma membranes of cell-derived microvesicles and in membrane memetics using cryo-electron microscopy and tomography. The tetrameric structures have near-symmetric transmembrane domains, and asymmetric extracellular domains, and can bind serotonin molecules. Computer simulations, based on our cryo-EM structures, were used to decipher the assembly pathway of pentameric 5-HT3R and suggest a potential functional role for the tetrameric receptors.
履歴
登録2024年1月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月18日-
マップ公開2024年9月18日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19419.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19419.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
5.52 Å/pix.
x 64 pix.
= 353.28 Å		5.52 Å/pix.
x 64 pix.
= 353.28 Å		5.52 Å/pix.
x 64 pix.
= 353.28 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 5.52 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.00324
最小 - 最大-0.0021575834 - 0.0064619407
平均 (標準偏差)0.00025569947 (±0.0006779263)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ646464
Spacing646464
セルA=B=C: 353.28 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_19419_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_19419_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_19419_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 5-hydroxytryptamine receptor 3A tetramer

全体名称: 5-hydroxytryptamine receptor 3A tetramer
要素
  • 細胞器官・細胞要素: 5-hydroxytryptamine receptor 3A tetramer
    • タンパク質・ペプチド: 5-hydroxytryptamine receptor 3A tetramer

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超分子 #1: 5-hydroxytryptamine receptor 3A tetramer

超分子名称: 5-hydroxytryptamine receptor 3A tetramer / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: 5-hydroxytryptamine receptor 3A tetramer

分子名称: 5-hydroxytryptamine receptor 3A tetramer / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: StrepII-tags, linkers, TEV protease recognition sequence, mouse 5HT3AR (with Ala insertion at position 277 (in the M2-M3 linker) as found in the human receptor)
光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
配列文字列: MWSHPQFEKG GGSGGGSGGG SWSHPQFEKG GGSGGGSGGG SWSHPQFEKG GGSGGGSGGG SWSHPQFEKE NLYFQGATQA RDTTQPALLR LSDHLLANYK KGVRPVRDWR KPTTVSIDVI MYAILNVDEK NQVLTTYIWY RQYWTDEFLQ WTPEDFDNVT KLSIPTDSIW ...文字列:
MWSHPQFEKG GGSGGGSGGG SWSHPQFEKG GGSGGGSGGG SWSHPQFEKG GGSGGGSGGG SWSHPQFEKE NLYFQGATQA RDTTQPALLR LSDHLLANYK KGVRPVRDWR KPTTVSIDVI MYAILNVDEK NQVLTTYIWY RQYWTDEFLQ WTPEDFDNVT KLSIPTDSIW VPDILINEFV DVGKSPNIPY VYVHHRGEVQ NYKPLQLVTA CSLDIYNFPF DVQNCSLTFT SWLHTIQDIN ITLWRSPEEV RSDKSIFINQ GEWELLEVFP QFKEFSIDIS NSYAEMKFYV IIRRRPLFYA VSLLLPSIFL MVVDIVGFCL PPDSGERVSF KITLLLGYSV FLIIVSDTLP ATAIGTPLIG VYFVVCMALL VISLAETIFI VRLVHKQDLQ RPVPDWLRHL VLDRIAWILC LGEQPMAHRP PATFQANKTD DCSGSDLLPA MGNHCSHVGG PQDLEKTPRG RGSPLPPPRE ASLAVRGLLQ ELSSIRHFLE KRDEMREVAR DWLRVGYVLD RLLFRIYLLA VLAYSITLVT LWSIWHSS

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 4.9 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 5.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用したサブトモグラム数: 4431
抽出トモグラム数: 309 / 使用した粒子像数: 30623
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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