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万見
- EMDB-19415: Cryo-ET of hCD8-AAV2-VP1/2/31/1sL particles generated with a 1:1 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19415
タイトルCryo-ET of hCD8-AAV2-VP1/2/31/1sL particles generated with a 1:1 ratio of unmodified VP2/3 and 63A4-inserted VP1/2/3
マップデータCryo-electron tomogram of hCD8-AAV2-VP1/2/31/1sL particles generated with a 1:1 ratio of unmodified VP2/3 and 63A4-inserted VP1/2/3
試料
  • ウイルス: AAV expression vector pTR-UF50-BC (その他)
キーワードAAV2 with Darpins / VIRUS
生物種AAV expression vector pTR-UF50-BC (その他)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Chlanda P / Buchholz CJ
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Other privateChica and Heinz Schaller Foundation ドイツ
引用ジャーナル: Mol Ther / 年: 2024
タイトル: T-cell specific in vivo gene delivery with DART-AAVs targeted to CD8.
著者: Muhammed Burak Demircan / Luca J Zinser / Alexander Michels / Mar Guaza-Lasheras / Fabian John / Johanna M Gorol / Samuel A Theuerkauf / Dorothee M Günther / Dirk Grimm / Florian R Greten / ...著者: Muhammed Burak Demircan / Luca J Zinser / Alexander Michels / Mar Guaza-Lasheras / Fabian John / Johanna M Gorol / Samuel A Theuerkauf / Dorothee M Günther / Dirk Grimm / Florian R Greten / Petr Chlanda / Frederic B Thalheimer / Christian J Buchholz /
要旨: One of the biggest challenges for in vivo gene therapy are vectors mediating highly selective gene transfer into a defined population of therapy-relevant cells. Here we present DARPin-targeted AAVs ...One of the biggest challenges for in vivo gene therapy are vectors mediating highly selective gene transfer into a defined population of therapy-relevant cells. Here we present DARPin-targeted AAVs (DART-AAVs) displaying DARPins specific for human and murine CD8. Insertion of DARPins into the GH2/GH3 loop of the capsid protein 1 (VP1) of AAV2 and AAV6 resulted in high selectivity for CD8-positive T cells with unimpaired gene delivery activity. Remarkably, the capsid core structure was unaltered with protruding DARPins detectable. In complex primary cell mixtures, including donor blood or systemic injections into mice, the CD8-targeted AAVs were by far superior to unmodified AAV2 and AAV6 in terms of selectivity, target cell viability, and gene transfer rates. In vivo, up to 80% of activated CD8+ T cells were hit upon a single vector injection into conditioned humanized or immunocompetent mice. While gene transfer rates decreased significantly under non-activated conditions, genomic modification selectively in CD8+ T cells was still detectable upon Cre delivery into indicator mice. In both mouse models, selectivity for CD8+ T cells was close to absolute with exceptional detargeting from liver. The CD8-AAVs described here expand strategies for immunological research and in vivo gene therapy options.
履歴
登録2024年1月16日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月4日-
マップ公開2024年9月4日-
更新2024年10月16日-
現状2024年10月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19415.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19415.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 759.3 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED BYTE
注釈Cryo-electron tomogram of hCD8-AAV2-VP1/2/31/1sL particles generated with a 1:1 ratio of unmodified VP2/3 and 63A4-inserted VP1/2/3
ボクセルのサイズX=Y=Z: 3.318 Å
密度
最小 - 最大-128.0 - 127.0
平均 (標準偏差)48.574986000000003 (±11.459414499999999)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-278278-152
サイズ19201364304
Spacing13641920304
セルA: 4525.752 Å / B: 6370.56 Å / C: 1008.672 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : AAV expression vector pTR-UF50-BC

全体名称: AAV expression vector pTR-UF50-BC (その他)
要素
  • ウイルス: AAV expression vector pTR-UF50-BC (その他)

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超分子 #1: AAV expression vector pTR-UF50-BC

超分子名称: AAV expression vector pTR-UF50-BC / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 1463588 / 生物種: AAV expression vector pTR-UF50-BC / Sci species strain: AAV2 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: OTHER / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No
ウイルス殻Shell ID: 1 / T番号(三角分割数): 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE
切片作成その他: NO SECTIONING
位置合わせマーカーManufacturer: Aurion / 直径: 10 nm

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 3.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 70.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成使用した粒子像数: 41

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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