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- EMDB-19411: Tomograms of cotE Bacillus subtilis sporangia -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19411
タイトルTomograms of cotE Bacillus subtilis sporangia
マップデータ
試料
  • 細胞: Sporulating cells of Bacillus subtilis strain 168 deleted from the cotE gene
キーワードSporulation / Bacillus subtilis / coat / macromolecular assemblies / STRUCTURAL PROTEIN
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法
データ登録者Bauda E / Gallet B / Moravcova J / Effantin G / Chan H / Novacek J / Jouneau PH / Rodrigues CDA / Schoehn G / Moriscot C / Morlot C
資金援助 フランス, European Union, オーストラリア, 9件
OrganizationGrant number国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-10-INBS-0005-02 フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-17-EURE-0003 フランス
Grenoble Alliance for Integrated Structural Cell Biology (GRAL) フランス
Grenoble Instruct-ERIC Center (ISBG) フランス
Grenoble Instruct-ERIC Center (ISBG)PID1697 フランス
Grenoble Instruct-ERIC Center (ISBG)PID17035 フランス
European Regional Development FundUP CIISBEuropean Union
iNEXT-DiscoveryMEYS CR 871037European Union
Australian Research Council (ARC)DP190100793 オーストラリア
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Ultrastructure of macromolecular assemblies contributing to bacterial spore resistance revealed by in situ cryo-electron tomography.
著者: Elda Bauda / Benoit Gallet / Jana Moravcova / Gregory Effantin / Helena Chan / Jiri Novacek / Pierre-Henri Jouneau / Christopher D A Rodrigues / Guy Schoehn / Christine Moriscot / Cecile Morlot /
要旨: Bacterial spores owe their incredible resistance capacities to molecular structures that protect the cell content from external aggressions. Among the determinants of resistance are the quaternary ...Bacterial spores owe their incredible resistance capacities to molecular structures that protect the cell content from external aggressions. Among the determinants of resistance are the quaternary structure of the chromosome and an extracellular shell made of proteinaceous layers (the coat), the assembly of which remains poorly understood. Here, in situ cryo-electron tomography on lamellae generated by cryo-focused ion beam micromachining provides insights into the ultrastructural organization of Bacillus subtilis sporangia. The reconstructed tomograms reveal that early during sporulation, the chromosome in the forespore adopts a toroidal structure harboring 5.5-nm thick fibers. At the same stage, coat proteins at the surface of the forespore form a stack of amorphous or structured layers with distinct electron density, dimensions and organization. By analyzing mutant strains using cryo-electron tomography and transmission electron microscopy on resin sections, we distinguish seven nascent coat regions with different molecular properties, and propose a model for the contribution of coat morphogenetic proteins.
履歴
登録2024年1月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月28日-
マップ公開2024年2月28日-
更新2024年2月28日-
現状2024年2月28日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19411.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19411.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 5.1 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 9 Å
密度
最小 - 最大-0.6679453 - 0.5473392
平均 (標準偏差)0.04207171 (±0.049648825)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-111404-404
サイズ23120462880
Spacing20462312880
セルA: 18414.0 Å / B: 2079.0 Å / C: 25920.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #5

ファイルemd_19411_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #4

ファイルemd_19411_additional_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #3

ファイルemd_19411_additional_3.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #2

ファイルemd_19411_additional_4.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #1

ファイルemd_19411_additional_5.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Sporulating cells of Bacillus subtilis strain 168 deleted from th...

全体名称: Sporulating cells of Bacillus subtilis strain 168 deleted from the cotE gene
要素
  • 細胞: Sporulating cells of Bacillus subtilis strain 168 deleted from the cotE gene

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超分子 #1: Sporulating cells of Bacillus subtilis strain 168 deleted from th...

超分子名称: Sporulating cells of Bacillus subtilis strain 168 deleted from the cotE gene
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0
詳細: View of a developing spore within a Bacillus subtilis mother cell
由来(天然)生物種: Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 295 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
Cryo protectant5% glycerol
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 1 / 集束イオンビーム - 時間: 20 / 集束イオンビーム - 温度: 83 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 4000 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 150
集束イオンビーム - 詳細: The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is Zeiss Crossbeam 550. This is not in a list of allowed values {'DB235', 'OTHER'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 85.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 20.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 10.0 µm / 倍率（公称値）: 19500
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 使用した粒子像数: 41

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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