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万見
- EMDB-19402: Single-particle cryo-EM of Mycoplasma pneumoniae adhesin P1 compl... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19402
タイトルSingle-particle cryo-EM of Mycoplasma pneumoniae adhesin P1 complexed with the anti-adhesive Fab fragment.
マップデータ
試料
  • 複合体: Mycoplasma pneumoniae adhesin P1 complexed with the anti-adhesive Fab fragment.
    • 複合体: Adhesin P1
      • タンパク質・ペプチド: Adhesin P1
    • 複合体: Anti-adhesive Fab fragment
      • タンパク質・ペプチド: Light Chain Fab
      • タンパク質・ペプチド: Heavy Chain Fab
  • リガンド: water
キーワードAdhesin / Mycoplasma pneumoniae / Sialic acid / Adhesion / CELL ADHESION
機能・相同性
機能・相同性情報


attachment organelle / adhesion of symbiont to microvasculature / cell projection / cell surface / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Adhesin P1, C-terminal domain / Adhesin P1, N-terminal / Adhesin P1 / Mycoplasma adhesin P1, C-terminal / Mycoplasma adhesin P1, N-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア) / Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.39 Å
データ登録者Vizarraga D / Kawamoto A / Marcos-Silva M / Fita I / Miyata M / Pinyol J / Namba K / Kenri T
資金援助 スペイン, 日本, 2件
OrganizationGrant number国
Ministerio de Ciencia e Innovacion (MCIN)PID2021-125632OB-C22, PID2021-125632OB-C21 スペイン
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)22K07063 日本
引用ジャーナル: PLoS Pathog / 年: 2025
タイトル: Dynamics of the adhesion complex of the human pathogens Mycoplasma pneumoniae and Mycoplasma genitalium.
著者: David Vizarraga / Akihiro Kawamoto / Marina Marcos-Silva / Jesús Martín / Fumiaki Makino / Tomoko Miyata / Jorge Roel-Touris / Enrique Marcos / Oscar Q Pich / David Aparicio / Ignacio Fita ...著者: David Vizarraga / Akihiro Kawamoto / Marina Marcos-Silva / Jesús Martín / Fumiaki Makino / Tomoko Miyata / Jorge Roel-Touris / Enrique Marcos / Oscar Q Pich / David Aparicio / Ignacio Fita / Makoto Miyata / Jaume Piñol / Keiichi Namba / Tsuyoshi Kenri /
要旨: Mycoplasma pneumoniae and Mycoplasma genitalium are bacterial wall-less human pathogens and the causative agents of respiratory and reproductive tract infections. Infectivity, gliding motility and ...Mycoplasma pneumoniae and Mycoplasma genitalium are bacterial wall-less human pathogens and the causative agents of respiratory and reproductive tract infections. Infectivity, gliding motility and adhesion of these mycoplasmas to host cells are mediated by orthologous adhesin proteins forming a transmembrane adhesion complex that binds to sialylated oligosaccharides human cell ligands. Here we report the cryo-EM structure of M. pneumoniae P1 adhesin bound to the Fab fragment of monoclonal antibody P1/MCA4, which stops gliding and induces detachment of motile cells. The epitope of P1/MCA4 involves residues only from the small C-domain of P1. This epitope is accessible to antibodies only in the "closed conformation" of the adhesion complex and is not accessible in the "open" conformation, when the adhesion complex is ready for attachment to sialylated oligosaccharides. Polyclonal antibodies generated against the large N-domain of P1 or against the whole ectodomain of P40/P90 have little or no effects on adhesion or motility. Moreover, mutations in the highly conserved Engelman motifs found in the transmembrane helix of M. genitalium P110 adhesin also alter adhesion and motility. These results show that antibodies directed to the C-domain of P1 hinder the large conformational rearrangements in this domain required to alternate between the "open" and "closed" conformations of the adhesion complex. Since transition between both conformations is essential to complete the attachment/detachment cycle of the adhesion complex, interfering with the gliding of mycoplasma cells and providing a new potential target to confront M. pneumoniae and M. genitalium infections.
履歴
登録2024年1月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月5日-
マップ公開2025年3月5日-
更新2025年4月9日-
現状2025年4月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19402.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19402.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 202.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.5 Å/pix.
x 376 pix.
= 188. Å		0.5 Å/pix.
x 376 pix.
= 188. Å		0.5 Å/pix.
x 376 pix.
= 188. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.5 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.005
最小 - 最大-0.010646092 - 0.027007872
平均 (標準偏差)0.00009653149 (±0.0011875686)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ376376376
Spacing376376376
セルA=B=C: 188.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_19402_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_19402_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mycoplasma pneumoniae adhesin P1 complexed with the anti-adhesive...

全体名称: Mycoplasma pneumoniae adhesin P1 complexed with the anti-adhesive Fab fragment.
要素
  • 複合体: Mycoplasma pneumoniae adhesin P1 complexed with the anti-adhesive Fab fragment.
    • 複合体: Adhesin P1
      • タンパク質・ペプチド: Adhesin P1
    • 複合体: Anti-adhesive Fab fragment
      • タンパク質・ペプチド: Light Chain Fab
      • タンパク質・ペプチド: Heavy Chain Fab
  • リガンド: water

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超分子 #1: Mycoplasma pneumoniae adhesin P1 complexed with the anti-adhesive...

超分子名称: Mycoplasma pneumoniae adhesin P1 complexed with the anti-adhesive Fab fragment.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
詳細: Fab fragment from a monoclonal antibody that binds to the C-terminal domain of the P1 adhesin of Mycoplasma pneumoniae, interfering with its adhesion to sialic acids.
分子量理論値: 200 KDa

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超分子 #2: Adhesin P1

超分子名称: Adhesin P1 / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)

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超分子 #3: Anti-adhesive Fab fragment

超分子名称: Anti-adhesive Fab fragment / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2-#3
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

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分子 #1: Adhesin P1

分子名称: Adhesin P1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mycoplasmoides pneumoniae M129 (バクテリア)
分子量理論値: 158.195531 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: NAINPRLTPW TYRNTSFSSL PLTGENPGAW ALVRDNSAKG ITAGSGSQQT TYDPTRTEAA LTASTTFALR RYDLAGRALY DLDFSKLNP QTPTRDQTGQ ITFNPFGGFG LSGAAPQQWN EVKNKVPVEV AQDPSNPYRF AVLLVPRSVV YYEQLQRGLG L PQQRTESG ...文字列:
NAINPRLTPW TYRNTSFSSL PLTGENPGAW ALVRDNSAKG ITAGSGSQQT TYDPTRTEAA LTASTTFALR RYDLAGRALY DLDFSKLNP QTPTRDQTGQ ITFNPFGGFG LSGAAPQQWN EVKNKVPVEV AQDPSNPYRF AVLLVPRSVV YYEQLQRGLG L PQQRTESG QNTSTTGAMF GLKVKNAEAD TAKSNEKLQG AEATGSSTTS GSGQSTQRGG SSGDTKVKAL KIEVKKKSDS ED NGQLQLE KNDLANAPIK RSEESGQSVQ LKADDFGTAL SSSGSGGNSN PGSPTPWRPW LATEQIHKDL PKWSASILIL YDA PYARNR TAIDRVDHLD PKAMTANYPP SWRTPKWNHH GLWDWKARDV LLQTTGFFNP RRHPEWFDGG QTVADNEKTG FDVD NSENT KQGFQKEADS DKSAPIALPF EAYFANIGNL TWFGQALLVF GGNGHVTKSA HTAPLSIGVF RVRYNATGTS ATVTG WPYA LLFSGMVNKQ TDGLKDLPFN NNRWFEYVPR MAVAGAKFVG RELVLAGTIT MGDTATVPRL LYDELESNLN LVAQGQ GLL REDLQLFTPY GWANRPDLPI GAWSSSSSSS HNAPYYFHNN PDWQDRPIQN VVDAFIKPWE DKNGKDDAKY IYPYRYS GM WAWQVYNWSN KLTDQPLSAD FVNENAYQPN SLFAAILNPE LLAALPDKVK YGKENEFAAN EYERFNQKLT VAPTQGTN W SHFSPTLSRF STGFNLVGSV LDQVLDYVPW IGNGYRYGNN HRGVDDITAP QTSAGSSSGI STNTSGSRSF LPTFSNIGV GLKANVQATL GGSQTMITGG SPRRTLDQAN LQLWTGAGWR NDKASSGQSD ENHTKFTSAT GMDQQGQSGT SAGNPDSLKQ DNISKSGDS LTTQDGNAID QQEATNYTNL PPNLTPTADW PNALSFTNKN NAQRAQLFLR GLLGSIPVLV NRSGSDSNKF Q ATDQKWSY TDLHSDQTKL NLPAYGEVNG LLNPALVETY FGNTRAGGSG SNTTSSPGIG FKIPEQNNDS KATLITPGLA WT PQDVGNL VVSGTTVSFQ LGGWLVTFTD FVKPRAGYLG LQLTGLDASD ATQRALIWAP RPWAAFRGSW VNRLGRVESV WDL KGVWAD QAQSDSQGST TTATRNALPE HPNALAFQVS VVEASAYKPN TSSGQTQSTN SSPYLHLVKP KKVTQSDKLD DDLK NLLDP NQVRTKLRQS FGTDHSTQPQ PQSLKTTTPV FGTSSGNLSS VLSGGGAGGG SSGSGQSGVD LSPVEKVSGW LVGQL PSTS DGNTSSTNNL APNTNTGNDV VGVGRLSESN AAKMNDDVDG IVRTPLAELL DGEGQTADTG PQSVKFKSPD QIDFNR LFT HPVTDLFDPV TMLVYDQYIP LFIDIPASVN PKMVRLKVLS FDTNEQSLGL RLEFFKPDQD TQPNNNVQVN PNNGDFL PL LTASSQGPQT LFSPF

UniProtKB: Adhesin P1

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分子 #2: Light Chain Fab

分子名称: Light Chain Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 24.149861 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: VLMTQTPLSL PVSLGDQASI SCRFSQTIVH SNGATYLEWY LQRPGQSPKL LIYKVSNRFS GVPDRFSGSG SGTDFTLKIS RVEAEDLGV YYCFQGSHVP WTFGGGTKLE IKRADAAPTV SIFPPSSEQL TSGGASVVCF LNNFYPKDIN VKWKIDGSER Q NGVLNSWT ...文字列:
VLMTQTPLSL PVSLGDQASI SCRFSQTIVH SNGATYLEWY LQRPGQSPKL LIYKVSNRFS GVPDRFSGSG SGTDFTLKIS RVEAEDLGV YYCFQGSHVP WTFGGGTKLE IKRADAAPTV SIFPPSSEQL TSGGASVVCF LNNFYPKDIN VKWKIDGSER Q NGVLNSWT DQDSKDSTYS MSSTLTLTKD EYERHNSYTC EATHKTSTSP IVKSFNRNEC

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分子 #3: Heavy Chain Fab

分子名称: Heavy Chain Fab / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 23.88373 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: EVQLQQSGPE LVKPGTSMKI SCKASGYSFT GYTMNWVKQS HGKSLEWIGL INPYNGGTNY NQKFRGTATL TVDKSSSTAY MELLSLTSE DSAVYYCARS NYAYDLLMDY WGQGTSVTVS SAKTTPPSVY PLAPGSAAQT NSMVTLGCLV KGYFPEPVTV T WNSGSLSS ...文字列:
EVQLQQSGPE LVKPGTSMKI SCKASGYSFT GYTMNWVKQS HGKSLEWIGL INPYNGGTNY NQKFRGTATL TVDKSSSTAY MELLSLTSE DSAVYYCARS NYAYDLLMDY WGQGTSVTVS SAKTTPPSVY PLAPGSAAQT NSMVTLGCLV KGYFPEPVTV T WNSGSLSS GVHTFPAVLQ SDLYTLSSSV TVPSSTWPSE TVTCNVAHPA SSTKVDKKIV PRDC

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分子 #4: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 269 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL CRYO ARM 300
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 2.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: OTHER / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

6rc9

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.39 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 4312408
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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