EMDB-19396: FAdV-C4 AG234 Aviadenovirus structure, strain AG234

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-19396

タイトル

FAdV-C4 AG234 Aviadenovirus structure, strain AG234

マップデータ

試料

ウイルス: Fowl aviadenovirus 4 (ウイルス)

キーワード

adenovirus / fowl / highly thermostable / VIRUS

生物種

Fowl aviadenovirus 4 (ウイルス)

手法

単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å

データ登録者

Perez-Illana MP / Schachnner A / Condezo GN / Hernando-Perez M / Martinez M / Marabini R / Hess M / San Martin C

資金援助

2件

Organization	Grant number	国
Other private	La Caixa Foundation (ID 100010434),La Caixa Foundation (ID 100010434),LCF/BQ/SO16/52270032)
Other government	co-funded by the Spanish State Research Agency and the European Regional Development Fund, PID2022-136456NB-I00/ AEI/10.13039/501100011033/FEDER,UE

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: FAdV-C4 AG234 Aviadenovirus structure, strain AG234
著者: Perez-Illana MP / Schachnner A / Condezo GN / Hernando-Perez M / Martinez M / Marabini R / Hess M / San Martin C

履歴

登録	2024年1月11日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年1月29日	-
マップ公開	2025年1月29日	-
更新	2025年1月29日	-
現状	2025年1月29日	処理サイト: PDBe / 状態: 公開

添付画像	emd_19396.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_19396.map.gz	1.5 GB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-19396-v30.xml emd-19396.xml	12.3 KB 12.3 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_19396_fsc.xml	21.9 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_19396.png	267.1 KB
Filedesc metadata	emd-19396.cif.gz	4 KB
その他	emd_19396_half_map_1.map.gz emd_19396_half_map_2.map.gz	1.3 GB 1.3 GB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19396 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19396	HTTPS FTP

-
検証レポート

文書・要旨	emd_19396_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	EMDB検証レポート
文書・詳細版	emd_19396_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	emd_19396_validation.xml.gz	32.5 KB	表示
CIF形式データ	emd_19396_validation.cif.gz	44.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-19396 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-19396	HTTPS FTP

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_19396.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.6 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.38 Å/pix. x 752 pix. = 1034. Å	1.38 Å/pix. x 752 pix. = 1034. Å	1.38 Å/pix. x 752 pix. = 1034. Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.375 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.055
最小 - 最大	-0.12381991 - 0.21060576
平均 (標準偏差)	0.00063285825 (±0.016218984)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_19396_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_19396_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Fowl aviadenovirus 4

全体	名称: Fowl aviadenovirus 4 (ウイルス)
要素	ウイルス: Fowl aviadenovirus 4 (ウイルス)

-
超分子 #1: Fowl aviadenovirus 4

超分子	名称: Fowl aviadenovirus 4 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / NCBI-ID: 130663 / 生物種: Fowl aviadenovirus 4 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: Yes
宿主	生物種: Gallus gallus (ニワトリ)

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	単粒子再構成法
試料の集合状態	particle

-
試料調製

緩衝液	pH: 7.8
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TITAN KRIOS
撮影	フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 平均電子線量: 40.5 e/Å²
電子線	加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	倍率（補正後）: 97902 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器	モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデル	モデルのタイプ: OTHER
最終再構成	想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 40383
初期角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終角度割当	タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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