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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | Structure of heteromeric CALHM2/4 channel in complex with synthetic nanobodies SbC2 and SbC4 | |||||||||
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![]() | ion channel / large pore channels / sybody / CALHM / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | Calcium homeostasis modulator family / Calcium homeostasis modulator / monoatomic cation channel activity / positive regulation of apoptotic process / membrane / Calcium homeostasis modulator protein 4 / Calcium homeostasis modulator protein 2![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.26 Å | |||||||||
![]() | Drozdzyk K / Dutzler R | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural features of heteromeric channels composed of CALHM2 and CALHM4 paralogs 著者: Drozdzyk K / Peter M / Dutzler R | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 79.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 16.5 KB 16.5 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 9.2 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 35.5 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.9 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 77.8 MB 77.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 918.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 918.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.302 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_19364_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_19364_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Complex of heteromeric CALHM2/4 channel with synthetic nanobody SbC4
全体 | 名称: Complex of heteromeric CALHM2/4 channel with synthetic nanobody SbC4 |
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要素 |
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-超分子 #1: Complex of heteromeric CALHM2/4 channel with synthetic nanobody SbC4
超分子 | 名称: Complex of heteromeric CALHM2/4 channel with synthetic nanobody SbC4 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 0.541 kDa/nm |
-分子 #1: Calcium homeostasis modulator protein 4
分子 | 名称: Calcium homeostasis modulator protein 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 35.981656 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MSCPTLNNIV SSLQRNGIFI NSLIAALTIG GQQLFSSSTF SCPCQVGKNF YYGSAFLVIP ALILLVAGFA LRSQMWTITG EYCCSCAPP YRRISPLECK LACLRFFSIT GRAVIAPLTW LAVTLLTGTY YECAASEFAS VDHYPMFDNV SASKREEILA G FPCCRSAP ...文字列: MSCPTLNNIV SSLQRNGIFI NSLIAALTIG GQQLFSSSTF SCPCQVGKNF YYGSAFLVIP ALILLVAGFA LRSQMWTITG EYCCSCAPP YRRISPLECK LACLRFFSIT GRAVIAPLTW LAVTLLTGTY YECAASEFAS VDHYPMFDNV SASKREEILA G FPCCRSAP SDVILVRDEI ALLHRYQSQM LGWILITLAT IAALVSCCVA KCCSPLTSLQ HCYWTSHLQN ERELFEQAAE QH SRLLMMH RIKKLFGFIP GSEDVKHIRI PSCQDWKDIS VPTLLCMGDD LQGHYSFLGN RVDEDNEEDR SRGIELKPAL EVL FQ UniProtKB: Calcium homeostasis modulator protein 4 |
-分子 #2: Synthetic nanobody SbC4
分子 | 名称: Synthetic nanobody SbC4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 12.87738 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: QGPSQVQLVE SGGGLVQAGG SLRLSCAASG FPVYYTHMRW YRQAPGKERE WVAAIYSKGA GTHYADSVKG RFTISRDNAK NTVYLQMNS LKPEDTAVYY CFVGVGNSYI GQGTQVTVSA |
-分子 #3: Calcium homeostasis modulator protein 2
分子 | 名称: Calcium homeostasis modulator protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 37.099535 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MSAALIAENF RFLSLFFKSK DVMIFNGLVA LGTVGSQELF SVVAFHCPCS PARNYLYGLA AIGVPALVLF IIGIILNNHT WNLVAECQH RRTKNCSAAP TFLLLSSILG RAAVAPVTWS VISLLRGEAY VCALSEFVDP SSLTAREEHF PSAHATEILA R FPCKENPD ...文字列: MSAALIAENF RFLSLFFKSK DVMIFNGLVA LGTVGSQELF SVVAFHCPCS PARNYLYGLA AIGVPALVLF IIGIILNNHT WNLVAECQH RRTKNCSAAP TFLLLSSILG RAAVAPVTWS VISLLRGEAY VCALSEFVDP SSLTAREEHF PSAHATEILA R FPCKENPD NLSDFREEVS RRLRYESQLF GWLLIGVVAI LVFLTKCLKH YCSPLSYRQE AYWAQYRANE DQLFQRTAEV HS RVLAANN VRRFFGFVAL NKDDEELIAN FPVEGTQPRP QWNAITGVYL YRENQGLPLY SRLHKWAQGL AGNGAAPDNV EMA LLPSAL EVLFQ UniProtKB: Calcium homeostasis modulator protein 2 |
-分子 #4: Synthetic nanobody SbC2
分子 | 名称: Synthetic nanobody SbC2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 7 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 14.067451 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: QGPSQVQLVE SGGGSVQAGG SLRLSCAASG NIRNISYLGW FRQAPGKERE GVAALWTTQG QTYYADSVKG RFTVSLDNAK NTVYLQMNS LKPEDTALYY CAAATSGQYN PLRGYHYNEY WGQGTQVTVS A |
-分子 #5: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE
分子 | 名称: DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 6 / 式: PLC |
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分子量 | 理論値: 622.834 Da |
Chemical component information | ![]() ChemComp-PLC: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |