+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of heteromeric CALHM2/4 channel in complex with synthetic nanobody SbC4 | |||||||||
![]() | ||||||||||
![]() |
| |||||||||
![]() | ion channel / large pore channels / sybody / CALHM / MEMBRANE PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | Calcium homeostasis modulator family / Calcium homeostasis modulator / monoatomic cation channel activity / positive regulation of apoptotic process / membrane / Calcium homeostasis modulator protein 4 / Calcium homeostasis modulator protein 2![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.84 Å | |||||||||
![]() | Drozdzyk K / Dutzler R | |||||||||
資金援助 | ![]()
| |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural features of heteromeric channels composed of CALHM2 and CALHM4 paralogs. 著者: Katarzyna Drożdżyk / Martina Peter / Raimund Dutzler / ![]() 要旨: The CALHM proteins constitute a family of large pore channels that contains six closely related paralogs in humans. Two family members, CALHM1 and 3, have been associated with the release of ATP ...The CALHM proteins constitute a family of large pore channels that contains six closely related paralogs in humans. Two family members, CALHM1 and 3, have been associated with the release of ATP during taste sensation. Both proteins form heteromeric channels that activate at positive potential and decreased extracellular Ca concentration. Although the structures of several family members displayed large oligomeric organizations of different size, their function has in most cases remained elusive. Our previous study has identified the paralogs CALHM2, 4 and, 6 to be highly expressed in the placenta and defined their structural properties as membrane proteins exhibiting features of large pore channels with unknown activation properties (Drożdżyk et al., 2020). Here, we investigated whether these placental paralogs would form heteromers and characterized heteromeric complexes consisting of CALHM2 and CALHM4 subunits using specific binders as fiducial markers. Both proteins assemble with different stoichiometries with the largest population containing CALHM2 as the predominant component. In these oligomers, the subunits segregate and reside in their preferred conformation found in homomeric channels. Our study has thus revealed the properties that govern the formation of CALHM heteromers in a process of potential relevance in a cellular context. | |||||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
添付画像 |
---|
-
ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 79.1 MB | ![]() | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 15.3 KB 15.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 9.3 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 28.4 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.7 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 77.8 MB 77.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 927.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 927.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 17.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
---|
-
マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.302 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_19363_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_19363_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-
試料の構成要素
-全体 : Complex of heteromeric CALHM2/4 channel with synthetic nanobody SbC4
全体 | 名称: Complex of heteromeric CALHM2/4 channel with synthetic nanobody SbC4 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: Complex of heteromeric CALHM2/4 channel with synthetic nanobody SbC4
超分子 | 名称: Complex of heteromeric CALHM2/4 channel with synthetic nanobody SbC4 タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 430 KDa |
-分子 #1: Calcium homeostasis modulator protein 4
分子 | 名称: Calcium homeostasis modulator protein 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 35.981656 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MSCPTLNNIV SSLQRNGIFI NSLIAALTIG GQQLFSSSTF SCPCQVGKNF YYGSAFLVIP ALILLVAGFA LRSQMWTITG EYCCSCAPP YRRISPLECK LACLRFFSIT GRAVIAPLTW LAVTLLTGTY YECAASEFAS VDHYPMFDNV SASKREEILA G FPCCRSAP ...文字列: MSCPTLNNIV SSLQRNGIFI NSLIAALTIG GQQLFSSSTF SCPCQVGKNF YYGSAFLVIP ALILLVAGFA LRSQMWTITG EYCCSCAPP YRRISPLECK LACLRFFSIT GRAVIAPLTW LAVTLLTGTY YECAASEFAS VDHYPMFDNV SASKREEILA G FPCCRSAP SDVILVRDEI ALLHRYQSQM LGWILITLAT IAALVSCCVA KCCSPLTSLQ HCYWTSHLQN ERELFEQAAE QH SRLLMMH RIKKLFGFIP GSEDVKHIRI PSCQDWKDIS VPTLLCMGDD LQGHYSFLGN RVDEDNEEDR SRGIELKPAL EVL FQ UniProtKB: Calcium homeostasis modulator protein 4 |
-分子 #2: Synthetic nanobody SbC4
分子 | 名称: Synthetic nanobody SbC4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: synthetic construct (人工物) |
分子量 | 理論値: 12.87738 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: QGPSQVQLVE SGGGLVQAGG SLRLSCAASG FPVYYTHMRW YRQAPGKERE WVAAIYSKGA GTHYADSVKG RFTISRDNAK NTVYLQMNS LKPEDTAVYY CFVGVGNSYI GQGTQVTVSA |
-分子 #3: Calcium homeostasis modulator protein 2
分子 | 名称: Calcium homeostasis modulator protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 8 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 37.099535 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MSAALIAENF RFLSLFFKSK DVMIFNGLVA LGTVGSQELF SVVAFHCPCS PARNYLYGLA AIGVPALVLF IIGIILNNHT WNLVAECQH RRTKNCSAAP TFLLLSSILG RAAVAPVTWS VISLLRGEAY VCALSEFVDP SSLTAREEHF PSAHATEILA R FPCKENPD ...文字列: MSAALIAENF RFLSLFFKSK DVMIFNGLVA LGTVGSQELF SVVAFHCPCS PARNYLYGLA AIGVPALVLF IIGIILNNHT WNLVAECQH RRTKNCSAAP TFLLLSSILG RAAVAPVTWS VISLLRGEAY VCALSEFVDP SSLTAREEHF PSAHATEILA R FPCKENPD NLSDFREEVS RRLRYESQLF GWLLIGVVAI LVFLTKCLKH YCSPLSYRQE AYWAQYRANE DQLFQRTAEV HS RVLAANN VRRFFGFVAL NKDDEELIAN FPVEGTQPRP QWNAITGVYL YRENQGLPLY SRLHKWAQGL AGNGAAPDNV EMA LLPSAL EVLFQ UniProtKB: Calcium homeostasis modulator protein 2 |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-
試料調製
緩衝液 | pH: 7.6 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
-
電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |