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万見
- EMDB-19341: TRIF Oligomerisation -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19341
タイトルTRIF Oligomerisation
マップデータ
試料
  • 複合体: TRIF TIR domain complex
    • タンパク質・ペプチド: TIR domain-containing adapter molecule 1
キーワードTLR adaptor protein Helical filament TIR domain / SIGNALING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


TICAM1 deficiency - HSE / TRAF3 deficiency - HSE / positive regulation of natural killer cell activation / ripoptosome / MyD88-independent TLR4 cascade / Toll Like Receptor 3 (TLR3) Cascade / TRIF-mediated programmed cell death / cellular response to oxidised low-density lipoprotein particle stimulus / TLR3-mediated TICAM1-dependent programmed cell death / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production ...TICAM1 deficiency - HSE / TRAF3 deficiency - HSE / positive regulation of natural killer cell activation / ripoptosome / MyD88-independent TLR4 cascade / Toll Like Receptor 3 (TLR3) Cascade / TRIF-mediated programmed cell death / cellular response to oxidised low-density lipoprotein particle stimulus / TLR3-mediated TICAM1-dependent programmed cell death / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production / toll-like receptor 3 signaling pathway / Caspase activation via Death Receptors in the presence of ligand / TRIF-dependent toll-like receptor signaling pathway / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / macrophage activation involved in immune response / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of macrophage cytokine production / toll-like receptor 4 signaling pathway / toll-like receptor signaling pathway / response to exogenous dsRNA / B cell proliferation / positive regulation of type I interferon production / regulation of protein-containing complex assembly / Regulation of TBK1, IKKε (IKBKE)-mediated activation of IRF3, IRF7 / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / positive regulation of chemokine production / Activation of IRF3, IRF7 mediated by TBK1, IKKε (IKBKE) / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / positive regulation of protein ubiquitination / positive regulation of B cell proliferation / signaling adaptor activity / nitric oxide biosynthetic process / IKK complex recruitment mediated by RIP1 / positive regulation of autophagy / autophagosome / positive regulation of interferon-beta production / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / apoptotic signaling pathway / positive regulation of interleukin-6 production / positive regulation of nitric oxide biosynthetic process / positive regulation of tumor necrosis factor production / cellular response to lipopolysaccharide / molecular adaptor activity / defense response to virus / early endosome / endosome membrane / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / endosome / inflammatory response / innate immune response / positive regulation of gene expression / protein kinase binding / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
TIR domain-containing adapter molecule 1 / TRIF, N-terminal / TRIF N-terminal domain / : / RHIM domain / RIP homotypic interaction motif / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
TIR domain-containing adapter molecule 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Moncrieffe MC / Verstak B / Whitely L / Symmoms MF / Soares SG / Egelman EH / Klenerman D / Bryant CE / Gay NJ
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC) 英国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: TRIF Oligomerisation Determines Signalosome Architecture in Toll-like Receptor Signalling
著者: Moncrieffe MC / Verstak B / Whitely L / Simmons MF / Soares SG / Edelman EH / Klenerman D / Bryant CE / Gay NJ
履歴
登録2024年1月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年7月16日-
マップ公開2025年7月16日-
更新2025年7月16日-
現状2025年7月16日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19341.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19341.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 38.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.07 Å/pix.
x 216 pix.
= 230.256 Å		1.07 Å/pix.
x 216 pix.
= 230.256 Å		1.07 Å/pix.
x 216 pix.
= 230.256 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.066 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.17
最小 - 最大-0.54767764 - 0.9892771
平均 (標準偏差)0.0018270701 (±0.028186986)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ216216216
Spacing216216216
セルA=B=C: 230.256 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_19341_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_19341_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : TRIF TIR domain complex

全体名称: TRIF TIR domain complex
要素
  • 複合体: TRIF TIR domain complex
    • タンパク質・ペプチド: TIR domain-containing adapter molecule 1

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超分子 #1: TRIF TIR domain complex

超分子名称: TRIF TIR domain complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all / 詳細: Full length TRIF
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: TIR domain-containing adapter molecule 1

分子名称: TIR domain-containing adapter molecule 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 77.591906 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌)
配列文字列: SNAMACTGPS LPSAFDILGA AGQDKLLYLK HKLKTPRPGC QGQDLLHAMV LLKLGQETEA RISLEALKAD AVARLVARQW AGVDSTEDP EEPPDVSWAV ARLYHLLAEE KLCPASLRDV AYQEAVRTLS SRDDHRLGEL QDEARNRCGW DIAGDPGSIR T LQSNLGCL ...文字列:
SNAMACTGPS LPSAFDILGA AGQDKLLYLK HKLKTPRPGC QGQDLLHAMV LLKLGQETEA RISLEALKAD AVARLVARQW AGVDSTEDP EEPPDVSWAV ARLYHLLAEE KLCPASLRDV AYQEAVRTLS SRDDHRLGEL QDEARNRCGW DIAGDPGSIR T LQSNLGCL PPSSALPSGT RSLPRPIDGV SDWSQGCSLR STGSPASLAS NLEISQSPTM PFLSLHRSPH GPSKLCDDPQ AS LVPEPVP GGCQEPEEMS WPPSGEIASP PELPSSPPPG LPEVAPDATS TGLPDTPAAP ETSTNYPVEC TEGSAGPQSL PLP ILEPVE NPCSVKDQTP LQLSVEDTTS PNTKPCPPTP TTPETSPPPP PPPPSSTPCS AHLTPSSLFP SSLESSSEQK FYNF VILHA RADEHIALRV REKLEALGVP DGATFCEDFQ VPGRGELSCL QDAIDHSAFI ILLLTSNFDC RLSLHQVNQA MMSNL TRQG SPDCVIPFLP LESSPAQLSS DTASLLSGLV RLDEHSQIFA RKVANTFKPH RLQARKAMWR KEQDTRALRE QSQHLD GER MQAAALNAAY SAYLQSYLSY QAQMEQLQVA FGSHMSFGTG APYGARMPFG GQVPLGAPPP FPTWPGCPQP PPLHAWQ AG TPPPPSPQPA AFPQSLPFPQ SPAFPTASPA PPQSPGLQPL IIHHAQMVQL GLNNHMWNQR GSQAPEDKTQ EAEHHHHH H

UniProtKB: TIR domain-containing adapter molecule 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

濃度0.2 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 構成要素:
濃度名称
50.0 mMTRIS
50.0 mMNaCl
0.3 mMTCEP
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 1.15 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 16.1 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 178.3 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.5 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4) / 使用した粒子像数: 500264
CTF補正ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4) / タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: AlphaFold
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

iuc6


Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 88
得られたモデル

PDB-8rlm:
TRIF Oligomerisation

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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