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- EMDB-19209: TadA/CpaF with ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19209
タイトルTadA/CpaF with ADP
マップデータ
試料
  • 複合体: Hexameric complex of TadA bound to ADP
    • タンパク質・ペプチド: Pilus assembly ATPase CpaF
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID
キーワードpilus / secretion / ATPase / MOTOR PROTEIN
機能・相同性: / Type II/IV secretion system protein / Type II/IV secretion system protein / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Pilus assembly ATPase CpaF
機能・相同性情報
生物種Caulobacter vibrioides NA1000 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Hohl M / Low H
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Bidirectional pilus processing in the Tad pilus system motor CpaF.
著者: Michael Hohl / Emma J Banks / Max P Manley / Tung B K Le / Harry H Low /
要旨: The bacterial tight adherence pilus system (TadPS) assembles surface pili essential for adhesion and colonisation in many human pathogens. Pilus dynamics are powered by the ATPase CpaF (TadA), which ...The bacterial tight adherence pilus system (TadPS) assembles surface pili essential for adhesion and colonisation in many human pathogens. Pilus dynamics are powered by the ATPase CpaF (TadA), which drives extension and retraction cycles in Caulobacter crescentus through an unknown mechanism. Here we use cryogenic electron microscopy and cell-based light microscopy to characterise CpaF mechanism. We show that CpaF assembles into a hexamer with C2 symmetry in different nucleotide states. Nucleotide cycling occurs through an intra-subunit clamp-like mechanism that promotes sequential conformational changes between subunits. Moreover, a comparison of the active sites with different nucleotides bound suggests a mechanism for bidirectional motion. Conserved CpaF residues, predicted to interact with platform proteins CpaG (TadB) and CpaH (TadC), are mutated in vivo to establish their role in pilus processing. Our findings provide a model for how CpaF drives TadPS pilus dynamics and have broad implications for how other ancient type 4 filament family members power pilus assembly.
履歴
登録2023年12月21日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年8月14日-
マップ公開2024年8月14日-
更新2024年8月14日-
現状2024年8月14日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19209.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19209.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.829 Å
密度
表面レベル登録者による: 7.0
最小 - 最大-17.859290999999999 - 37.723255000000002
平均 (標準偏差)-0.000000000001894 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 298.44 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Hexameric complex of TadA bound to ADP

全体名称: Hexameric complex of TadA bound to ADP
要素
  • 複合体: Hexameric complex of TadA bound to ADP
    • タンパク質・ペプチド: Pilus assembly ATPase CpaF
  • リガンド: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID

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超分子 #1: Hexameric complex of TadA bound to ADP

超分子名称: Hexameric complex of TadA bound to ADP / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Caulobacter vibrioides NA1000 (バクテリア)

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分子 #1: Pilus assembly ATPase CpaF

分子名称: Pilus assembly ATPase CpaF / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Caulobacter vibrioides NA1000 (バクテリア)
分子量理論値: 46.578355 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli MC1061 (大腸菌)
配列文字列: DYYHATKTTI FNALLNTIDL SQLAQLDLKQ AGEEIRDIVA ELVAIKNVSM SVAEQEHLVQ DIINDVLGYG PLEPLLARDD IADIMVNGA HRVFIEVGGK VQLTNVRFRD NLQLMNICQR IVSQVGRRVD ESSPICDARL PDGSRVNVIA PPLALDGPTL T IRKFKKDK ...文字列:
DYYHATKTTI FNALLNTIDL SQLAQLDLKQ AGEEIRDIVA ELVAIKNVSM SVAEQEHLVQ DIINDVLGYG PLEPLLARDD IADIMVNGA HRVFIEVGGK VQLTNVRFRD NLQLMNICQR IVSQVGRRVD ESSPICDARL PDGSRVNVIA PPLALDGPTL T IRKFKKDK LTMKNLVEFA SISPEGARVL GVIGACRCNL VISGGTGSGK TTLLNTMTAF IDPTERVVTC EDAAELQLQQ PH VVRLETR PPNLEGSGAV TMRDLVKNCL RMRPERIIVG EVRGPEAFDL LQAMNTGHDG SMGTLHANSP REAISRIESM ITM GGYGLP SKTIKEMIVG SVDVIIQAAR LRDGSRRITH ITEVVGLEGD VIVTQDLFVY EITGEDEHGK VVGKHRSTGI ARPR FWDRA RYYGLERELA EALDAAEAL

UniProtKB: Pilus assembly ATPase CpaF

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分子 #2: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 6 / 式: ADP
分子量理論値: 427.201 Da
Chemical component information

ChemComp-ADP:
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP / ADP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #3: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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分子 #4: 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID

分子名称: 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: EPE
分子量理論値: 238.305 Da
Chemical component information

ChemComp-EPE:
4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / pH緩衝剤*YM

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 114641
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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