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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1913 | |||||||||
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タイトル | Structure of the Listeria monocytogenes ClpP1P2 complex | |||||||||
マップデータ | This is a surface rendered side view of ClpP1P2 | |||||||||
試料 |
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キーワード | Proteomics / Vibralactone / heat shock protein / peptidase ClpP | |||||||||
生物種 | Listeria monocytogenes (バクテリア) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 15.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Zeiler E / Braun N / Boettcher T / Kastenmueller A / Weinkauf S / Sieber S | |||||||||
引用 | ジャーナル: Angew Chem Int Ed Engl / 年: 2011 タイトル: Vibralactone as a tool to study the activity and structure of the ClpP1P2 complex from Listeria monocytogenes. 著者: Evelyn Zeiler / Nathalie Braun / Thomas Böttcher / Andreas Kastenmüller / Sevil Weinkauf / Stephan A Sieber / | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1913.map.gz | 2.7 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1913-v30.xml emd-1913.xml | 8.9 KB 8.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 1913.jpg | 126.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1913 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1913 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1913_validation.pdf.gz | 202.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1913_full_validation.pdf.gz | 201.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1913_validation.xml.gz | 5.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1913 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1913 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1913.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 7.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | This is a surface rendered side view of ClpP1P2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.46 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Listeria monocytogenes ClpP1P2 complex
全体 | 名称: Listeria monocytogenes ClpP1P2 complex |
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要素 |
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-超分子 #1000: Listeria monocytogenes ClpP1P2 complex
超分子 | 名称: Listeria monocytogenes ClpP1P2 complex / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Tetradecamer / Number unique components: 2 |
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分子量 | 実験値: 310 KDa / 理論値: 310 KDa |
-分子 #1: ClpP1
分子 | 名称: ClpP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: ClpP1 / コピー数: 1 / 集合状態: Heptamer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Listeria monocytogenes (バクテリア) |
-分子 #2: ClpP2
分子 | 名称: ClpP2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: ClpP2 / コピー数: 1 / 集合状態: Heptamer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Listeria monocytogenes (バクテリア) |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.2 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7 / 詳細: 50 mM MES, 100 mM KCl, 5% glycerol |
染色 | タイプ: NEGATIVE 詳細: Grids with adsorbed protein floated on 1.5% w/v uranyl acetate for 30 seconds. |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 100CX |
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アライメント法 | Legacy - 非点収差: objective lens astigmatism was corrected at 100,000 times magnification |
撮影 | デジタル化 - スキャナー: OTHER / 実像数: 16 / ビット/ピクセル: 16 |
電子線 | 加速電圧: 100 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 58000 / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.8 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.3 µm / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: eucentric / 試料ホルダーモデル: JEOL |
-画像解析
CTF補正 | 詳細: Phase flipping |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C7 (7回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 15.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Imagic / 使用した粒子像数: 39116 |
最終 2次元分類 | クラス数: 64 |