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万見
- EMDB-19129: A DNA Robotic Switch with Regulated Autonomous Display of Cytotox... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19129
タイトルA DNA Robotic Switch with Regulated Autonomous Display of Cytotoxic Ligand Nanopatterns
マップデータFrom cryoSPARC 3DFlex reconstruct job
試料
  • 複合体: DNA origami
    • 複合体: ssDNA staples
    • 複合体: ssDNA scaffold
キーワードDNA / DNA origami / Lgand nanopattern / pH sensitive switch / Solid tumor / Death receptor clustering
生物種synthetic construct (人工物) / Phage M13mp18 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.4 Å
データ登録者Wang Y / Berzina I / Hogberg B
資金援助 スウェーデン, European Union, フィンランド, 6件
OrganizationGrant number国
Knut and Alice Wallenberg FoundationKAW 2017.0114 スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg FoundationKAW 2017.0276) スウェーデン
European Research Council (ERC)Cell Track GA No. 724872European Union
Swedish Research Council2019-01474 スウェーデン
Swedish Research Council2023-00289 スウェーデン
Academy of Finland341908 フィンランド
引用ジャーナル: Nat Nanotechnol / 年: 2024
タイトル: A DNA robotic switch with regulated autonomous display of cytotoxic ligand nanopatterns.
著者: Wang Y / Baars I / Berzina I / Rocamonde-Lago I / Shen B / Yang Y / Lolaico M / Waldvogel J / Smyrlaki I / Zhu K / Harris RA / Hogberg B
履歴
登録2023年12月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年7月10日-
マップ公開2024年7月10日-
更新2024年7月10日-
現状2024年7月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19129.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19129.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈From cryoSPARC 3DFlex reconstruct job
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.2 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.014
最小 - 最大-0.023316177 - 0.07724496
平均 (標準偏差)0.0013319443 (±0.0054964432)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 704.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : DNA origami

全体名称: DNA origami
要素
  • 複合体: DNA origami
    • 複合体: ssDNA staples
    • 複合体: ssDNA scaffold

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超分子 #1: DNA origami

超分子名称: DNA origami / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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超分子 #2: ssDNA staples

超分子名称: ssDNA staples / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)

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超分子 #3: ssDNA scaffold

超分子名称: ssDNA scaffold / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1
由来(天然)生物種: Phage M13mp18 (ファージ)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4 / 詳細: 5 mM MgCl2, 5 mM NaCl, 5 mM TRIS, and 1 mM EDTA
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 3 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 296 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系位相板: VOLTA PHASE PLATE / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影#0 - Image recording ID: 1
#0 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
#0 - 撮影したグリッド数: 1 / #0 - 実像数: 6652 / #0 - 平均露光時間: 4.4 sec. / #0 - 平均電子線量: 40.0 e/Å2 / #1 - Image recording ID: 2
#1 - フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)
#1 - 撮影したグリッド数: 1 / #1 - 実像数: 5195 / #1 - 平均露光時間: 6.0 sec. / #1 - 平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

Image recording ID1
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio map
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 7.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 88000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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