+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-19119 | |||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | CgsiGP3 sample in nanodisc | |||||||||||||||
マップデータ | ||||||||||||||||
試料 |
| |||||||||||||||
キーワード | cgs / cyclic glucan / ANTIBIOTIC | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cellobiose phosphorylase / cellobiose phosphorylase activity / carbohydrate binding / carbohydrate metabolic process / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性) | |||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Sedzicki J / Ni D / Lehmann F / Stahlberg H / Dehio C | |||||||||||||||
資金援助 | スイス, 4件
| |||||||||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024 タイトル: Structure-function analysis of the cyclic β-1,2-glucan synthase from Agrobacterium tumefaciens. 著者: Jaroslaw Sedzicki / Dongchun Ni / Frank Lehmann / Henning Stahlberg / Christoph Dehio / 要旨: The synthesis of complex sugars is a key aspect of microbial biology. Cyclic β-1,2-glucan (CβG) is a circular polysaccharide critical for host interactions of many bacteria, including major ...The synthesis of complex sugars is a key aspect of microbial biology. Cyclic β-1,2-glucan (CβG) is a circular polysaccharide critical for host interactions of many bacteria, including major pathogens of humans (Brucella) and plants (Agrobacterium). CβG is produced by the cyclic glucan synthase (Cgs), a multi-domain membrane protein. So far, its structure as well as the mechanism underlining the synthesis have not been clarified. Here we use cryo-electron microscopy (cryo-EM) and functional approaches to study Cgs from A. tumefaciens. We determine the structure of this complex protein machinery and clarify key aspects of CβG synthesis, revealing a distinct mechanism that uses a tyrosine-linked oligosaccharide intermediate in cycles of polymerization and processing of the glucan chain. Our research opens possibilities for combating pathogens that rely on polysaccharide virulence factors and may lead to synthetic biology approaches for producing complex cyclic sugars. | |||||||||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_19119.map.gz | 118.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-19119-v30.xml emd-19119.xml | 16.5 KB 16.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_19119_fsc.xml | 10.5 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_19119.png | 98.6 KB | ||
Filedesc metadata | emd-19119.cif.gz | 6.9 KB | ||
その他 | emd_19119_half_map_1.map.gz emd_19119_half_map_2.map.gz | 116.2 MB 116.2 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19119 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19119 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_19119_validation.pdf.gz | 1012.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_19119_full_validation.pdf.gz | 1012 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_19119_validation.xml.gz | 18.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_19119_validation.cif.gz | 24.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-19119 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-19119 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_19119.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.2812 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_19119_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_19119_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : cyclic b-1,2-glucan synthase from Agrobacterium tumefaciens
全体 | 名称: cyclic b-1,2-glucan synthase from Agrobacterium tumefaciens |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: cyclic b-1,2-glucan synthase from Agrobacterium tumefaciens
超分子 | 名称: cyclic b-1,2-glucan synthase from Agrobacterium tumefaciens タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性) |
-分子 #1: Cyclic beta 1-2 glucan synthetase
分子 | 名称: Cyclic beta 1-2 glucan synthetase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: cellobiose phosphorylase |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Agrobacterium tumefaciens (植物への病原性) |
分子量 | 理論値: 313.358656 KDa |
配列 | 文字列: DHNDSIRASY MTIEELHDAG AALSRDGADS LPGFMEFDFF ERHRENEKEI LRVYRTTAVD AENGATITPA AEWLLDNHYV IEEAIQEVR RDFPRKFYRQ LPTMTVGGVT IPRVMALGWL YVAHTHSTVS RENMTALVDG YQTSQTLQIG ELWALPSIIR F VLIENLRR ...文字列: DHNDSIRASY MTIEELHDAG AALSRDGADS LPGFMEFDFF ERHRENEKEI LRVYRTTAVD AENGATITPA AEWLLDNHYV IEEAIQEVR RDFPRKFYRQ LPTMTVGGVT IPRVMALGWL YVAHTHSTVS RENMTALVDG YQTSQTLQIG ELWALPSIIR F VLIENLRR ISIRVERSRR MRQKANEVVD EIIRLNDAEA SAALLKQVDS LVDDPTFATQ FLYRLRNGSQ TSGFAVAWLE ER LHAAGTD AENVMMSEHN RLASGNVTMG NIVKSLREID DTEWSVWFEE VSHIDKVLRE ETDYEILDFG SRNTYRNTIE LLA RRSPRT EVEVARAAVE MARSDLPAGA DENHRVNVGS VLVGQRRFEL EKALGYRPLA SQHIVRSMRK FNWLAIAAPV LLIT AVAML AVGWFLAKAG MPWYVVTAFL LMFALPASEG ATGLFNTLVT FFVKPFRLVG YEFKNGIPED ARTLVAVPCM LTSRD SVDE MMRNIEVHYL ANPHGEIYFS LVSDWRDAPY EQSDEDLEIL DYAKRELAAL NSRYAFDGKT RFYLLHRRRI YNSAEE CWM GWERKRGKLH ELNMLLRGDK DTTFLGGSNI VPADVKYVMT LDADTRLMRD AVTKLVGKMH HPINRPKIDP VSGRVVE GY GLLQPRVTPS LTTGKDASVF QRVFSINRGI DPYVFTVSDV YQDLTSEGTF TGKGLYDVDA FEAALKGRIE ENSILSHD L LEGSFARCAL VTDVELVEDF PTRYEVEVSR QHRWARGDWQ LLPFIIDRAR GVTAIGRWKM VDNLRRSLTP IAWFFASIL GWYFMDPLGA LIWQILLIFS LFVAPTLSLL SGLVPRSTDI VPQAHFFTIW SEIRATNAQV ALRIVFIADA ACMMTDAIVR SLYRLLVSH KLMLEWRTAA SMQSSAQGSI VDYYRQMWHA PVVAMLGLLF AALPGDNAFL IGIPFTLLWV LSPAVAWYVS Q SAETEDRL FVSEHVSFEL RKIARRTWRY YEAFVTPQEN HLPPDNFQET PEPIVASRTS PTNIGVYLLS VISARQFGWI SF ADTLERI ENTIQTVEKM EKHRGHLYNW YHTDTLQTLG PRYVSAVDSG NLAGHLIAVS SACRDWAEAP SAHLQGNLDG IGD VAGILR ETLKALPDNR KTLRPLHRRL EERIIGFSNA LASVKREHEF ASIRVINLAV LARDIQKLAT NVDHEVKSAQ SAEV TRWAQ LLVESCEAHI SDSAIDLTNM EPLRQRLASL RDRSRNLAFS MDFTFLYRKD RRLLSIGYRV ESKELDEACY DLLAS ECRL TSLFAIAKGD LPTEHWYRLG RQVVPIGAQG ALVSWSGSMF EYLMPPLVMQ ERQGGILNQT NNLIVKEQMN HGRRLG TPW GISEAAFNAR DHNMNYQYTN FGVPTLGLKR GLGQNAVIAP YASILASQYD PDGALENLDK LRKLGALGQY GFHDAVD FT PTRVPDGKVC AVVYNYYAHH HGMSIAAVAN VAFDGVLREL FHSDPVIEAA ELLLQEKAPR EVPVMSAKYE PETPGKEQ A DLLRAEVRSI ADPAVRDREV VFLSNGHYST MLTSTGAGYS KWNGQAISRW KADPTDDRWG TFIFLRDTTN GQWWSATAE PRVIEGEKTK TIFTDDKAEF HKTIGDLQSV VECIVATEHD AEGRRITLLN VGSEDRYIEV TSYMEPVIAS EDDDNAHPLF SRMFVQTEI GRRGDVIRAW RNRRSQNEPG TVIAHLAADN AGPSRPTEFE TDRAKFIGRG RSLREAAAFD AGATLSSSDG F TLDPILSL RRTVRVPAGK KVSVIFWTIA APSREEVDKA IDRYRHPDAF AHELVHAWTR TQVQMRHVGV TSQQAAAFQH LG RYLTYPD MHLRADSETL KTGLASQRAL WPLAISGDFP IFSLRINDDM DMDIAREALS AHEYLRSRGV IFDLVIVNER AAS YAQDMQ HALDHISETQ RRINPADGGR PHVFSVRRDL MDEETWSALL AASRVVLHVR NGKIVDQINR AVSLFAANRG PDGS SDAAQ ARLPVPAFPV AEPVEDAGDL DFWNGFGGFA KNGQEYVVRL NGGQSTPHPW INVISNENFG FHISAEGAGF SWSRN SRDY QLTPWTNDPV INRPGEAFYV ADVETGKLYT PCAALSRDPE AMFETRHGLG YSILTGVADT LEVELTQTVD REKPVK FSQ VIVRNKGSKS RRLKVYAYVE WVLGNNGQKS APFILSRHDA GSNAIFASNP YSIDYSARTS FLTLDSEASG FTTSRRE FI GRFGSAQAPQ GIVAGAALSG TTEVDGDPCA ALMQEIHLKP GEERHMTFIL GDADNAEEAE ALVKDVRQAD FLSVLEES K KFWTGFTGQL QVSTPDAGFN HMVNNWLPYQ ALACRILART AFYQSSGAFG FRDQLQDTLA FLLYQPDLAR TQILRAAGR QFPEGDVQHW WLPLTGAGVR TTISDDVVWL AYAINQYVSA TGDAAILDES IPFLKGPALM PGQHDAFFQP ETSERSATLY EHAALALDL AIHRTGENGL PLILGGDWND GMNRVGVGGK GTSVWLGWFL AGALRDFIEI AEKRGDTDRV GKWASHREKL R HVLETAGW DGSYYRRGYF DDGTPLGSAS SEECQIDSLG QSWSVLSGEG EEGRSRQAMD AVMEHLVDEK TGIIRLFTPP FS RASHDPG YIKGYPPGVR ENGGQYTHAA TWVVLALAKQ GRAQEAWNCF KLLNPVNHAL DAASSETYRV EPYVVTADVY GEG AYAGRG GWSWYTGSAG WLYRAAVEGI LGITRTDGKL HVSPSLPEDW SGFSIRITLD GKARDIAVSR KAGTADVSVS VDG UniProtKB: Cyclic beta 1-2 glucan synthetase |
-分子 #5: water
分子 | 名称: water / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: HOH |
---|---|
分子量 | 理論値: 18.015 Da |
Chemical component information | ChemComp-HOH: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 8 |
---|---|
凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: OTHER / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |