[日本語] English
万見
- EMDB-19117: Cryo-EM structure of the R243C mutant of human Prolyl Endopeptida... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19117
タイトルCryo-EM structure of the R243C mutant of human Prolyl Endopeptidase-Like (PREPL) protein involved in Congenital myasthenic syndrome-22 (CMS22)
マップデータ
試料
  • 複合体: cryoEM structure of the R243C mutant of prolyl endopeptidase-like (PREPL) protein
    • タンパク質・ペプチド: Prolyl endopeptidase-like
キーワードthio-esterase / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


Golgi to plasma membrane protein transport / retrograde transport, endosome to Golgi / regulation of synaptic vesicle exocytosis / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / trans-Golgi network / peptidase activity / cytoskeleton / serine-type endopeptidase activity / Golgi apparatus / mitochondrion ...Golgi to plasma membrane protein transport / retrograde transport, endosome to Golgi / regulation of synaptic vesicle exocytosis / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / trans-Golgi network / peptidase activity / cytoskeleton / serine-type endopeptidase activity / Golgi apparatus / mitochondrion / proteolysis / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Peptidase S9A, prolyl oligopeptidase / Peptidase S9A, N-terminal domain / Prolyl oligopeptidase, N-terminal beta-propeller domain / Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / Alpha/Beta hydrolase fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Prolyl endopeptidase-like
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.01 Å
データ登録者Theodoropoulou A / Cavani E / Antanasijevic A / Marcaida MJ / Dal Peraro M
資金援助 スイス, 1件
OrganizationGrant number国
Swiss National Science Foundation スイス
引用ジャーナル: JCI Insight / 年: 2024
タイトル: Missense variants in CMS22 patients reveal that PREPL has both enzymatic and nonenzymatic functions.
著者: Yenthe Monnens / Anastasia Theodoropoulou / Karen Rosier / Kritika Bhalla / Alexia Mahy / Roeland Vanhoutte / Sandra Meulemans / Edoardo Cavani / Aleksandar Antanasijevic / Irma Lemmens / ...著者: Yenthe Monnens / Anastasia Theodoropoulou / Karen Rosier / Kritika Bhalla / Alexia Mahy / Roeland Vanhoutte / Sandra Meulemans / Edoardo Cavani / Aleksandar Antanasijevic / Irma Lemmens / Jennifer A Lee / Catherine J Spellicy / Richard J Schroer / Ricardo A Maselli / Chamindra G Laverty / Patrizia Agostinis / David J Pagliarini / Steven Verhelst / Maria J Marcaida / Anne Rochtus / Matteo Dal Peraro / John Wm Creemers /
要旨: Congenital myasthenic syndrome-22 (CMS22, OMIM 616224) is a rare genetic disorder caused by deleterious genetic variation in the prolyl endopeptidase-like (PREPL) gene. Previous reports have ...Congenital myasthenic syndrome-22 (CMS22, OMIM 616224) is a rare genetic disorder caused by deleterious genetic variation in the prolyl endopeptidase-like (PREPL) gene. Previous reports have described patients with deletions and nonsense variants in PREPL, but nothing is known about the effect of missense variants in the pathology of CMS22. In this study, we have functionally characterized missense variants in PREPL from 3 patients with CMS22, all with hallmark phenotypes. Biochemical evaluation revealed that these missense variants do not impair hydrolase activity, thereby challenging the conventional diagnostic criteria and disease mechanism. Structural analysis showed that the variants affect regions most likely involved in intraprotein or protein-protein interactions. Indeed, binding to a selected group of known interactors was differentially reduced for the 3 variants. The importance of nonhydrolytic functions of PREPL was investigated in catalytically inactive PREPL p.Ser559Ala cell lines, which showed that hydrolytic activity of PREPL is needed for normal mitochondrial function but not for regulating AP1-mediated transport in the transgolgi network. In conclusion, these studies showed that CMS22 can be caused not only by deletion and truncation of PREPL but also by missense variants that do not necessarily result in a loss of hydrolytic activity of PREPL.
履歴
登録2023年12月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月4日-
マップ公開2024年9月4日-
更新2024年10月9日-
現状2024年10月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_19117.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19117.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.93 Å/pix.
x 192 pix.
= 177.638 Å		0.93 Å/pix.
x 192 pix.
= 177.638 Å		0.93 Å/pix.
x 192 pix.
= 177.638 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.9252 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.28076097 - 0.46403787
平均 (標準偏差)0.00016275034 (±0.012739886)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 177.6384 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_19117_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_19117_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_19117_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : cryoEM structure of the R243C mutant of prolyl endopeptidase-like...

全体名称: cryoEM structure of the R243C mutant of prolyl endopeptidase-like (PREPL) protein
要素
  • 複合体: cryoEM structure of the R243C mutant of prolyl endopeptidase-like (PREPL) protein
    • タンパク質・ペプチド: Prolyl endopeptidase-like

-
超分子 #1: cryoEM structure of the R243C mutant of prolyl endopeptidase-like...

超分子名称: cryoEM structure of the R243C mutant of prolyl endopeptidase-like (PREPL) protein
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: Prolyl endopeptidase-like

分子名称: Prolyl endopeptidase-like / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
EC番号: 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 73.477398 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: SMDAFEKVRT KLETQPQEEY EIINVEVKHG GFVYYQEGCC LVRSKDEEAD NDNYEVLFNL EELKLDQPFI DCIRVAPDEK YVAAKIRTE DSEASTCVII KLSDQPVMEA SFPNVSSFEW VKDEEDEDVL FYTFQRNLRC HDVYRATFGD NKRNECFYTE K DPSYFVFL ...文字列:
SMDAFEKVRT KLETQPQEEY EIINVEVKHG GFVYYQEGCC LVRSKDEEAD NDNYEVLFNL EELKLDQPFI DCIRVAPDEK YVAAKIRTE DSEASTCVII KLSDQPVMEA SFPNVSSFEW VKDEEDEDVL FYTFQRNLRC HDVYRATFGD NKRNECFYTE K DPSYFVFL YLTKDSRFLT INIMNKTTSE VWLIDGLSPW DPPVLIQKRI HGVLYYVEHR DDELYILTNV GEPTEFKLMR TA ADTPAIM NWDLFFTMKR NTKVIDLDMF KDHCVLFLKH SNLLYVNVIG LADDSVRSLK LPPWACGFIM DTNSDPKNCP FQL CSPIRP PKYYTYKFAE GKLFEETGHE DPITKTSRVL RLEAKSKDGK LVPMTVFHKT DSEDLQKKPL LVHVYGAYGM DLKM NFRPE RRVLVDDGWI LAYCHVRGGG ELGLQWHADG RLTKKLNGLA DLEACIKTLH GQGFSQPSLT TLTAFSAGGV LAGAL CNSN PELVRAVTLE APFLDVLNTM MDTTLPLTLE ELEEWGNPSS DEKHKNYIKR YCPYQNIKPQ HYPSIHITAY ENDERV PLK GIVSYTEKLK EAIAEHAKDT GEGYQTPNII LDIQPGGNHV IEDSHKKITA QIKFLYEELG LDSTSVFEDL KKYLKF

UniProtKB: Prolyl endopeptidase-like

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度13 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
150.0 mMNaClsodium chloride
20.0 mMHepes2-[4-(2-hydroxyethyl)piperazin-1-yl]ethanesulfonic acid
1.0 mMTCEPTris-(2-Carboxyethyl)phosphine, Hydrochloride
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 支持フィルム - Film thickness: 50 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 90 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 4 K / 装置: LEICA EM GP

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.01 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 137436
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る