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万見
- EMDB-19112: Cuniculiplasma divulgatum filament -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19112
タイトルCuniculiplasma divulgatum filament
マップデータ
試料
  • 細胞器官・細胞要素: Cuniculiplasma divulgatum type IV filament
    • タンパク質・ペプチド: Flagellin-like protein
キーワードcell surface appendage / N-glycosylation / PROTEIN FIBRIL
機能・相同性Archaeal Type IV pilin, N-terminal / Archaeal Type IV pilin, N-terminal / Flagellin/pilin, N-terminal / membrane / Flagellin-like protein
機能・相同性情報
生物種Cuniculiplasma divulgatum (古細菌)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Isupov MN / Gaines M / Daum B / McLaren M
資金援助European Union, 1件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)109784European Union
引用ジャーナル: ISME J / 年: 2025
タイトル: Unusual cell surfaces, pili, and archaella of Thermoplasmatales archaea.
著者: Matthew C Gaines / Michail N Isupov / Mathew McLaren / Risat Ul Haque / Alejandra Recalde / Rafael Bargiela / Vicki A M Gold / Sonja-Verena Albers / Peter N Golyshin / Olga V Golyshina / Bertram Daum /
要旨: Archaea of the order Thermoplasmatales push the boundaries of our current knowledge of prokaryotic life. They show distinct cellular plasticity, heterogenous cell morphologies, and lack a ...Archaea of the order Thermoplasmatales push the boundaries of our current knowledge of prokaryotic life. They show distinct cellular plasticity, heterogenous cell morphologies, and lack a paracrystalline S-layer. As the S-layer has previously been implicated in acting as a stator scaffold for filaments driving cellular propulsion, particularly archaella, we asked whether the absence of an S-layer precludes the formation of functional archaella or pili in Thermoplasmatales. Using cryoEM, we investigated the two Thermoplasmatales species Cuniculiplasma divulgatum and Oxyplasma meridianum. We found that these species indeed generate pili and archaella and that the latter likely function in cellular propulsion. Whereas C. divulgatum produces pili with terminal hooks using a unique assembly machinery, O. meridianum generates unusually wide, "barbed" archaella with a high degree of glycosylation. Our results show that for the generation of functional archaella and pili, a canonical S-layer is not necessary.
履歴
登録2023年12月12日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年1月1日-
マップ公開2025年1月1日-
更新2025年10月1日-
現状2025年10月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19112.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19112.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.05 Å/pix.
x 300 pix.
= 315. Å		1.05 Å/pix.
x 300 pix.
= 315. Å		1.05 Å/pix.
x 300 pix.
= 315. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.05 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.04
最小 - 最大-0.040326614 - 0.17806588
平均 (標準偏差)0.0013740506 (±0.009652885)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 315.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_19112_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_19112_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Cuniculiplasma divulgatum type IV filament

全体名称: Cuniculiplasma divulgatum type IV filament
要素
  • 細胞器官・細胞要素: Cuniculiplasma divulgatum type IV filament
    • タンパク質・ペプチド: Flagellin-like protein

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超分子 #1: Cuniculiplasma divulgatum type IV filament

超分子名称: Cuniculiplasma divulgatum type IV filament / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Cuniculiplasma divulgatum (古細菌)

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分子 #1: Flagellin-like protein

分子名称: Flagellin-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 36 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Cuniculiplasma divulgatum (古細菌)
分子量理論値: 13.504127 KDa
配列文字列:
VSPIIATILL IAITVVLAAT LVTILGGFTH GVSNTVETAG VTSHITSKYI FINVSSSSSA ISASSITITI TGASFKVTSG DTLAEVAGV SSTSSNATFT GGSDYTVPIS LSSSQTVAGV SFELIYKGNV IYNSAA

UniProtKB: Flagellin-like protein

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 1
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TALOS ARCTICA
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
平均電子線量: 51.4 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 5.188 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 106.047 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.61 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 645487
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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