EMDB-19112: Cuniculiplasma divulgatum filament

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: EMDB / ID: EMD-19112

タイトル

Cuniculiplasma divulgatum filament

マップデータ

試料

細胞器官・細胞要素: Cuniculiplasma divulgatum type IV filament
- タンパク質・ペプチド: Flagellin-like protein

キーワード

cell surface appendage / N-glycosylation / PROTEIN FIBRIL

機能・相同性

Archaeal Type IV pilin, N-terminal / Archaeal Type IV pilin, N-terminal / Flagellin/pilin, N-terminal / membrane / Flagellin-like protein

機能・相同性情報

生物種

Cuniculiplasma divulgatum (古細菌)

手法

らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.61 Å

データ登録者

Isupov MN / Gaines M / Daum B / McLaren M

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: CryoEM reveals the structure of an archaeal pilus involved in twitching motility
著者: Isupov MN / Gaines M / Daum B / Hanus C

履歴

登録	2023年12月12日	-
ヘッダ(付随情報) 公開	2025年1月1日	-
マップ公開	2025年1月1日	-
更新	2025年1月1日	-
現状	2025年1月1日	処理サイト: PDBe / 状態: 公開

添付画像	emd_19112.png

-
EMDBアーカイブ

マップデータ	emd_19112.map.gz	51 MB		EMDBマップデータ形式
ヘッダ (付随情報)	emd-19112-v30.xml emd-19112.xml	12.4 KB 12.4 KB	表示表示	EMDBヘッダ
FSC (解像度算出)	emd_19112_fsc.xml	9.8 KB	表示	FSCデータファイル
画像	emd_19112.png	69.8 KB
Filedesc metadata	emd-19112.cif.gz	5.1 KB
その他	emd_19112_half_map_1.map.gz emd_19112_half_map_2.map.gz	95.2 MB 95.2 MB
アーカイブディレクトリ	http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19112 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-19112	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8reyMC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

EMDBのページ	EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource

ファイル

ダウンロード / ファイル: emd_19112.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)

投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他	反転上下逆

軸	Z (Sec.)	Y (Row.)	X (Col.)
	1.05 Å/pix. x 300 pix. = 315. Å	1.05 Å/pix. x 300 pix. = 315. Å	1.05 Å/pix. x 300 pix. = 315. Å
表面
投影像
断面 (1/3)
断面 (1/2)
断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズ

X=Y=Z: 1.05 Å

密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

表面レベル	登録者による: 0.04
最小 - 最大	-0.040326614 - 0.17806588
平均 (標準偏差)	0.0013740506 (±0.009652885)

対称性

空間群: 1

詳細

-
ハーフマップ: #2

ファイル

emd_19112_half_map_1.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイル

emd_19112_half_map_2.map

投影像・断面図

軸	Z	Y	X
投影像
断面 (1/2)

密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
全体 : Cuniculiplasma divulgatum type IV filament

全体	名称: Cuniculiplasma divulgatum type IV filament
要素	細胞器官・細胞要素: Cuniculiplasma divulgatum type IV filament タンパク質・ペプチド: Flagellin-like protein

-
超分子 #1: Cuniculiplasma divulgatum type IV filament

超分子	名称: Cuniculiplasma divulgatum type IV filament / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)	生物種: Cuniculiplasma divulgatum (古細菌)

-
分子 #1: Flagellin-like protein

分子	名称: Flagellin-like protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 36 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)	生物種: Cuniculiplasma divulgatum (古細菌)
分子量	理論値: 13.504127 KDa
配列	文字列: VSPIIATILL IAITVVLAAT LVTILGGFTH GVSNTVETAG VTSHITSKYI FINVSSSSSA ISASSITITI TGASFKVTSG DTLAEVAGV SSTSSNATFT GGSDYTVPIS LSSSQTVAGV SFELIYKGNV IYNSAA UniProtKB: Flagellin-like protein

-
構造解析

手法	クライオ電子顕微鏡法
解析	らせん対称体再構成法
試料の集合状態	filament

-
試料調製

緩衝液	pH: 1
凍結	凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡	FEI TALOS ARCTICA
撮影	フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 平均電子線量: 51.4 e/Å²
電子線	加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系	照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器	モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

最終再構成	想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 5.188 Å 想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 106.047 ° 想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C₁ (非対称) 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.61 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 645487
初期モデル	モデルのタイプ: NONE
最終角度割当	タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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