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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1911 | |||||||||
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タイトル | Tetrameric assembly intermediate of FtsZ1 from Arabidopsis thaliana | |||||||||
マップデータ | This is a tetrameric intermediate of Arabidopsis thaliana FtsZ1 assembly | |||||||||
試料 |
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生物種 | Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 25.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Smith AG / Johnson CB / Vitha S / Holzenburg A | |||||||||
引用 | ジャーナル: Arch Biochem Biophys / 年: 2011 タイトル: Oligomerization of plant FtsZ1 and FtsZ2 plastid division proteins. 著者: Aaron G Smith / Carol B Johnson / Stanislav Vitha / Andreas Holzenburg / 要旨: FtsZ was identified in bacteria as the first protein to localize mid-cell prior to division and homologs have been found in many plant species. Bacterial studies demonstrated that FtsZ forms a ring ...FtsZ was identified in bacteria as the first protein to localize mid-cell prior to division and homologs have been found in many plant species. Bacterial studies demonstrated that FtsZ forms a ring structure that is dynamically exchanged with a soluble pool of FtsZ. Our previous work established that Arabidopsis FtsZ1 and FtsZ2-1 are capable of in vitro self-assembly into two distinct filament types, termed type-I and type-II and noted the presence of filament precursor molecules which prompted this investigation. Using a combination of electron microscopy, gel chromatography and native PAGE revealed that (i) prior to FtsZ assembly initiation the pool consists solely of dimers and (ii) during assembly of the Arabidopsis FtsZ type-II filaments the most common intermediate between the dimer and filament state is a tetramer. Three-dimensional reconstructions of the observed dimer and tetramer suggest these oligomeric forms may represent consecutive steps in type-II filament assembly and a mechanism is proposed, which is expanded to include FtsZ assembly into type-I filaments. Finally, the results permit a discussion of the oligomeric nature of the soluble pool in plants. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1911.map.gz | 263.2 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1911-v30.xml emd-1911.xml | 8.2 KB 8.2 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | EMD-1911.png | 47.1 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1911 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1911 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1911_validation.pdf.gz | 211.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1911_full_validation.pdf.gz | 210.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1911_validation.xml.gz | 4.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1911 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1911 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1911.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 422.9 KB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | This is a tetrameric intermediate of Arabidopsis thaliana FtsZ1 assembly | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 5.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Tetrameric assembly intermediate from Arabidopsis thaliana FtsZ1
全体 | 名称: Tetrameric assembly intermediate from Arabidopsis thaliana FtsZ1 |
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要素 |
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-超分子 #1000: Tetrameric assembly intermediate from Arabidopsis thaliana FtsZ1
超分子 | 名称: Tetrameric assembly intermediate from Arabidopsis thaliana FtsZ1 タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: One homotetramer / Number unique components: 1 |
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分子量 | 実験値: 166 KDa / 理論値: 166 KDa / 手法: Native PAGE |
-分子 #1: Chloroplast
分子 | 名称: Chloroplast / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Chloroplast / 集合状態: tetramer / 組換発現: Yes |
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由来(天然) | 生物種: Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) / 別称: Thale Cress / Organelle: Chloroplast |
分子量 | 実験値: 166 KDa / 理論値: 166 KDa |
組換発現 | 生物種: Komagataella pastoris (菌類) / 組換プラスミド: pPICZ |
-実験情報
-構造解析
手法 | ネガティブ染色法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.6 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 6.5 / 詳細: 100 mM MES, 1 mM EGTA, 5 mM Mg Acetate, 2 mM GTP |
染色 | タイプ: NEGATIVE / 詳細: Negatively stained with 2% w/v uranyl acetate |
グリッド | 詳細: 400 mesh copper |
凍結 | 凍結剤: NONE / 装置: OTHER |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 1200EX |
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日付 | 2010年8月11日 |
撮影 | カテゴリ: CCD / フィルム・検出器のモデル: SIA 15C (3k x 3k) / 実像数: 25 / ビット/ピクセル: 16 |
電子線 | 加速電圧: 100 kV / 電子線源: TUNGSTEN HAIRPIN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 50000 |
試料ステージ | 試料ホルダー: standard / 試料ホルダーモデル: JEOL |
-画像解析
詳細 | autoboxed |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 25.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: EMAN / 使用した粒子像数: 8000 |
最終 2次元分類 | クラス数: 20 |