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万見
- EMDB-1906: Tomographic reconstruction of unstained, frozen-hydrated thylakoi... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1906
タイトルTomographic reconstruction of unstained, frozen-hydrated thylakoid membranes from spinach chloroplasts.
マップデータTomographic reconstruction of photosynthetic membranes from spinach chloroplasts resuspended in an isotonic buffer and imaged in an unstained frozen-hydrated state.
試料
  • 試料: Thylakoid membrane from spinach.
  • 細胞器官・細胞要素: Thylakoid membrane
キーワードPhotosynthesis / thylakoid membrane / CF1-CF0 proton ATPase / photosystem / cytochrome b6f / ribosome / chloroplast.
生物種Spinacia oleracea (ホウレンソウ)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 45.0 Å
データ登録者Ford RC / Holzenburg A
引用ジャーナル: Cystal Research and Technology / 年: 2013
タイトル: Organization of protein complexes and a mechanism for grana formation in photosynthetic membranes as revealed by cryo-electron microscopy
著者: Ford RC / Holzenburg A
履歴
登録2011年6月8日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年6月20日-
マップ公開2012年6月14日-
更新2013年10月2日-
現状2013年10月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • ソリッド表示（ボリュームレンダリング）
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1906.tif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1906.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 294.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS SIGNED INTEGER (2 BYTES)
注釈Tomographic reconstruction of photosynthetic membranes from spinach chloroplasts resuspended in an isotonic buffer and imaged in an unstained frozen-hydrated state.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 17.6 Å
密度
表面レベル登録者による: 150.0
最小 - 最大0.0 - 255.0
平均 (標準偏差)125.452964780000002 (±16.861917500000001)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-1-14
サイズ991991161
Spacing991991161
セルA: 17441.6 Å / B: 17441.6 Å / C: 2833.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Integer*27
Å/pix. X/Y/Z17.617.617.6
M x/y/z991991161
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z17441.60017441.6002833.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-56-56-55
NX/NY/NZ112112112
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-1-14
NC/NR/NS991991161
D min/max/mean0.000255.000125.453

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Thylakoid membrane from spinach.

全体名称: Thylakoid membrane from spinach.
要素
  • 試料: Thylakoid membrane from spinach.
  • 細胞器官・細胞要素: Thylakoid membrane

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超分子 #1000: Thylakoid membrane from spinach.

超分子名称: Thylakoid membrane from spinach. / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Thylakoid membrane

超分子名称: Thylakoid membrane / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: Photosynthetic membrane
詳細: Buffer - 20mM MES, 5mM MgCl2, 15mM NaCl, pH6.5, 150mM sorbitol. 3microlitres of membranes at 2mg per ml chlorophyll were directly applied to electron microscope grids (Quantifoil carbon grids ...詳細: Buffer - 20mM MES, 5mM MgCl2, 15mM NaCl, pH6.5, 150mM sorbitol. 3microlitres of membranes at 2mg per ml chlorophyll were directly applied to electron microscope grids (Quantifoil carbon grids with 1.2 micron holes). After blotting excess liquid, (2x 1s blots at 95 percent relative humidity in a Vitrobot device), the grids were rapidly frozen by plunging into liquid ethane and transferred at less than 110K to the Gatan cryo-stage of the electron microscope.
組換発現: No / データベース: NCBI
由来(天然)生物種: Spinacia oleracea (ホウレンソウ) / 別称: Spinach / 組織: Leaf / Organelle: Chloroplast

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法

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試料調製

濃度2 mg/mL
緩衝液pH: 6.5
詳細: 20mM MES, 5mM MgCl2, 15mM NaCl, pH6.5, 150mM sorbitol.
染色タイプ: NEGATIVE / 詳細: No stain.
グリッド詳細: Quantifoil 400mesh carbon grids with 1.2 micron holes.
凍結凍結剤: NITROGEN / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 97 K / 装置: OTHER
詳細: Vitrification instrument: Vitrobot FEI. Rapid plunging into liquid ethane.
手法: 2 x 1 sec blots before plunging.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度最低: 96 K / 最高: 98 K / 平均: 97 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Astigmatism corrected by live FFT.
撮影デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 57 / 平均電子線量: 45 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 33998 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 8.0 µm / 倍率（公称値）: 34000
試料ステージ試料ホルダー: Single tilt / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -65 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 49 ° / Tilt series - Axis1 - Angle increment: 1 °
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細1 degree increments above 45 deg, 2.5 degree increments below this.
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 45.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: eTOMO
詳細: Standard eTOMO procedures for single axis tilt tomograms. Fiducials were selected from the tomogram and tracked in each image by hand initially.
使用した粒子像数: 57
CTF補正詳細: none

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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