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基本情報
登録情報 | ![]() | ||||||||||||
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タイトル | DNA bound type IV-A3 CRISPR effector complex from K. pneumoniae | ||||||||||||
![]() | sharpened map used for model refinement | ||||||||||||
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![]() | CRISPR / crRNA / DNA binding / type IV CRISPR-Cas / CRISPRi / nuclease deficient / GENE REGULATION | ||||||||||||
機能・相同性 | CRISPR type AFERR-associated protein Csf2 / Uncharacterized protein / Uncharacterized protein![]() | ||||||||||||
生物種 | ![]() | ||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | ||||||||||||
![]() | Miksys A / Cepaite R / Malinauskaite L / Pausch P | ||||||||||||
資金援助 | European Union, 3件
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![]() | ![]() タイトル: Structural variation of types IV-A1- and IV-A3-mediated CRISPR interference. 著者: R Čepaitė / N Klein / A Mikšys / S Camara-Wilpert / V Ragožius / F Benz / A Skorupskaitė / H Becker / G Žvejytė / N Steube / G K A Hochberg / L Randau / R Pinilla-Redondo / L ...著者: R Čepaitė / N Klein / A Mikšys / S Camara-Wilpert / V Ragožius / F Benz / A Skorupskaitė / H Becker / G Žvejytė / N Steube / G K A Hochberg / L Randau / R Pinilla-Redondo / L Malinauskaitė / P Pausch / ![]() ![]() ![]() ![]() 要旨: CRISPR-Cas mediated DNA-interference typically relies on sequence-specific binding and nucleolytic degradation of foreign genetic material. Type IV-A CRISPR-Cas systems diverge from this general ...CRISPR-Cas mediated DNA-interference typically relies on sequence-specific binding and nucleolytic degradation of foreign genetic material. Type IV-A CRISPR-Cas systems diverge from this general mechanism, using a nuclease-independent interference pathway to suppress gene expression for gene regulation and plasmid competition. To understand how the type IV-A system associated effector complex achieves this interference, we determine cryo-EM structures of two evolutionarily distinct type IV-A complexes (types IV-A1 and IV-A3) bound to cognate DNA-targets in the presence and absence of the type IV-A signature DinG effector helicase. The structures reveal how the effector complexes recognize the protospacer adjacent motif and target-strand DNA to form an R-loop structure. Additionally, we reveal differences between types IV-A1 and IV-A3 in DNA interactions and structural motifs that allow for in trans recruitment of DinG. Our study provides a detailed view of type IV-A mediated DNA-interference and presents a structural foundation for engineering type IV-A-based genome editing tools. | ||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 92.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 28.7 KB 28.7 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 11.8 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 64 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 7.8 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() | 89.7 MB 147.9 MB 165.4 MB 165.4 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 935.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 934.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | sharpened map used for model refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: unfiltered map
ファイル | emd_19045_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | unfiltered map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: EMReady processed map used for initial model building
ファイル | emd_19045_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | EMReady processed map used for initial model building | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_19045_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_19045_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Type IV-A3 CRISPR-Cas effector complex from Klebsiella pneumoniae...
全体 | 名称: Type IV-A3 CRISPR-Cas effector complex from Klebsiella pneumoniae bound to crRNA and target DNA |
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要素 |
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-超分子 #1: Type IV-A3 CRISPR-Cas effector complex from Klebsiella pneumoniae...
超分子 | 名称: Type IV-A3 CRISPR-Cas effector complex from Klebsiella pneumoniae bound to crRNA and target DNA タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#6 詳細: The Cas6 subunit found in the type IVA3 system from Klebsiella pneumoniae was present during expression, purification and complex assembly, but was not resolved due to high flexibility |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 332 KDa |
-分子 #1: CRISPR type AFERR-associated protein Csf2
分子 | 名称: CRISPR type AFERR-associated protein Csf2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 38.654406 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MRTLNFNGKI STLEPLTVTV KNAVSTSGHR LPRNGGFNAA PYFPGTSIRG TLRHAAHKVI VDRVGLNADG KSPFDLAEHF MLAQGVDIN GEAETFAPGE INAGAELRSK NPLISLFGRW GLSGKVGIGN AIPDGDNQWG MFGGGARSIM FQRDESLMEF L ETDQVDRL ...文字列: MRTLNFNGKI STLEPLTVTV KNAVSTSGHR LPRNGGFNAA PYFPGTSIRG TLRHAAHKVI VDRVGLNADG KSPFDLAEHF MLAQGVDIN GEAETFAPGE INAGAELRSK NPLISLFGRW GLSGKVGIGN AIPDGDNQWG MFGGGARSIM FQRDESLMEF L ETDQVDRL ERLLEEQAEA SVDISQIKTE QDALKKAMKS ADKDTKAELQ IKVRELDEKI QARKDQKQES RESIRRPIDP YE AFITGAE LSHRMSIKNA TDEEAGLFIS ALIRFAAEPR FGGHANHNCG LVEAHWTVTT WKPGELVPVT LGEIVITPNG VEI TGDELF AMVKAFNENQ SFDFTARGHH HHHH UniProtKB: CRISPR type AFERR-associated protein Csf2 |
-分子 #2: CRISPR type AFERR-associated protein Csf3
分子 | 名称: CRISPR type AFERR-associated protein Csf3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 25.474385 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MLNFKPYRVI MSSLTPVVIS GIAPSLDGIL YEALSQAIPS NEPGVVLARL KEILLFNDEL GVFHASSLRF GITPEQGIGA TTSMRCDYL SPEKLSTAMF SPRTRRGLFT RVLLTGGPTK RRMTTRPAYS APYLTFDFVG SSEAVEILLN HAHVGVGYDY F SAANGEFN ...文字列: MLNFKPYRVI MSSLTPVVIS GIAPSLDGIL YEALSQAIPS NEPGVVLARL KEILLFNDEL GVFHASSLRF GITPEQGIGA TTSMRCDYL SPEKLSTAMF SPRTRRGLFT RVLLTGGPTK RRMTTRPAYS APYLTFDFVG SSEAVEILLN HAHVGVGYDY F SAANGEFN NVTILPLDID TSISNEGMAL RPVPVNSGLN GIKGVSPLIP PYFVGEKLNI VHPAPVRTQL ISSLLRG UniProtKB: Uncharacterized protein |
-分子 #3: CRISPR type AFERR-associated protein Csf1
分子 | 名称: CRISPR type AFERR-associated protein Csf1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 29.762467 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MNHPVESVYS ALTSILLPYM GEPVPVQRNC SCCGRAPSEF DGVGFELVNA YRERVVHCRP CQTFFVSAPE LMGVENPKKP TTGQKFGMW SGVGAVINVE DNSSVLLAPQ GVVNKLPEHF FDHVEVITAT SGQHLEYLFN TELKFPLIYI QNFGVKTYEL V RSLRVSLS ...文字列: MNHPVESVYS ALTSILLPYM GEPVPVQRNC SCCGRAPSEF DGVGFELVNA YRERVVHCRP CQTFFVSAPE LMGVENPKKP TTGQKFGMW SGVGAVINVE DNSSVLLAPQ GVVNKLPEHF FDHVEVITAT SGQHLEYLFN TELKFPLIYI QNFGVKTYEL V RSLRVSLS ADAIYTCADQ LLTRQNEVLY MLDLKKAKEL HQEIKNYSKK EMDIFIRTVT LLAYSRITPE AASNEFKKNN LI PLLLLLP TDPHQRLSIL HLLKKV UniProtKB: Uncharacterized protein |
-分子 #4: crRNA
分子 | 名称: crRNA / タイプ: rna / ID: 4 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 19.672641 KDa |
配列 | 文字列: UUAUCGGCGA GACCGGGAUG CACCUCCCGA AGGGUCUCGG UGUUUCCCCU GCGUGCGGGG G |
-分子 #5: Target Strand (TS)-DNA
分子 | 名称: Target Strand (TS)-DNA / タイプ: dna / ID: 5 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 18.196562 KDa |
配列 | 文字列: (DC)(DC)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DC)(DC) (DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DA)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DC)(DG)(DG) (DG)(DA)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DA)(DT)(DC) (DC) (DC)(DG)(DG)(DT)(DC) ...文字列: (DC)(DC)(DC)(DT)(DC)(DC)(DC)(DT)(DC)(DC) (DA)(DG)(DC)(DT)(DT)(DC)(DC)(DG)(DA)(DG) (DA)(DC)(DC)(DC)(DT)(DT)(DC)(DG)(DG) (DG)(DA)(DG)(DG)(DT)(DG)(DC)(DA)(DT)(DC) (DC) (DC)(DG)(DG)(DT)(DC)(DT)(DC)(DG) (DC)(DT)(DT)(DG)(DG)(DC)(DC)(DT)(DC)(DC) (DT)(DC) |
-分子 #6: Non-Target Strand (NTS)-DNA
分子 | 名称: Non-Target Strand (NTS)-DNA / タイプ: dna / ID: 6 / コピー数: 1 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 18.743031 KDa |
配列 | 文字列: (DG)(DA)(DG)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DA) (DA)(DG)(DA)(DT)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT) (DT)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DA)(DA) (DG)(DA)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DT)(DT) (DG) (DA)(DG)(DA)(DT)(DG) ...文字列: (DG)(DA)(DG)(DG)(DA)(DG)(DG)(DC)(DC)(DA) (DA)(DG)(DA)(DT)(DC)(DT)(DC)(DA)(DA)(DT) (DT)(DT)(DC)(DG)(DT)(DA)(DC)(DA)(DA) (DG)(DA)(DA)(DA)(DT)(DC)(DC)(DT)(DT)(DT) (DG) (DA)(DG)(DA)(DT)(DG)(DA)(DA)(DG) (DC)(DT)(DG)(DG)(DA)(DG)(DG)(DG)(DA)(DG) (DG)(DG) |
-分子 #7: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 1 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL | ||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 / 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 20 mA current | ||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS GLACIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1120 / 平均露光時間: 48.0 sec. / 平均電子線量: 30.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 最大 デフォーカス(補正後): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(補正後): 1.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 92000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
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画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model |
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精密化 | 空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL |
得られたモデル | ![]() PDB-8rc2: |