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- EMDB-1904: Labeling and Localization of the Herpes Simplex Virus Capsid Prot... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1904
タイトルLabeling and Localization of the Herpes Simplex Virus Capsid Protein UL25 and Its Interaction with the Two Triplexes Closest to the Penton.
マップデータSurface rendered view of HSV-1 C-capsid where protein UL25 has been genetically tagged with GFP at amino acid 50.
試料
  • 試料: HSV-1 C-capsid with protein UL25 genetically labeled with GFP at amino acid 50.
  • ウイルス: Human herpesvirus 1 strain KOS (ヘルペスウイルス)
キーワードHSV-1 / capsid / UL25 / cryo-EM
生物種Human herpesvirus 1 strain KOS (ヘルペスウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.7 Å
データ登録者Conway JF / Cockrell SK / Copeland AM / Newcomb WW / Brown JC / Homa FL
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2010
タイトル: Labeling and localization of the herpes simplex virus capsid protein UL25 and its interaction with the two triplexes closest to the penton.
著者: James F Conway / Shelley K Cockrell / Anna Maria Copeland / William W Newcomb / Jay C Brown / Fred L Homa /
要旨: The herpes simplex virus type 1 UL25 protein is one of seven viral proteins that are required for DNA cleavage and packaging. Together with UL17, UL25 forms part of an elongated molecule referred to ...The herpes simplex virus type 1 UL25 protein is one of seven viral proteins that are required for DNA cleavage and packaging. Together with UL17, UL25 forms part of an elongated molecule referred to as the C-capsid-specific component (CCSC). Five copies of the CCSC are located at each of the capsid vertices on DNA-containing capsids. To study the conformation of UL25 as it is folded on the capsid surface, we identified the sequence recognized by a UL25-specific monoclonal antibody and localized the epitope on the capsid surface by immunogold electron microscopy. The epitope mapped to amino acids 99-111 adjacent to the region of the protein (amino acids 1-50) that is required for capsid binding. In addition, cryo-EM reconstructions of C-capsids in which the green fluorescent protein (GFP) was fused within the N-terminus of UL25 localized the point of contact between UL25 and GFP. The result confirmed the modeled location of the UL25 protein in the CCSC density as the region that is distal to the penton with the N-terminus of UL25 making contact with the triplex one removed from the penton. Immunofluorescence experiments at early times during infection demonstrated that UL25-GFP was present on capsids located within the cytoplasm and adjacent to the nucleus. These results support the view that UL25 is present on incoming capsids with the capsid-binding domain of UL25 located on the surface of the mature DNA-containing capsid.
履歴
登録2011年6月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年10月3日-
マップ公開2012年10月3日-
更新2012年10月10日-
現状2012年10月10日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.1
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-1904.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1904.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 985.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Surface rendered view of HSV-1 C-capsid where protein UL25 has been genetically tagged with GFP at amino acid 50.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.12 Å/pix.
x 642 pix.
= 1361.04 Å		2.12 Å/pix.
x 642 pix.
= 1361.04 Å		2.12 Å/pix.
x 642 pix.
= 1361.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.12 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.1 / ムービー #1: 0.1
最小 - 最大-3.73272991 - 4.35211754
平均 (標準偏差)-0.00000001 (±0.99999994)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ642642642
Spacing642642642
セルA=B=C: 1361.0399 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.122.122.12
M x/y/z642642642
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z1361.0401361.0401361.040
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-56-56-55
NX/NY/NZ112112112
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS642642642
D min/max/mean-3.7334.352-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : HSV-1 C-capsid with protein UL25 genetically labeled with GFP at ...

全体名称: HSV-1 C-capsid with protein UL25 genetically labeled with GFP at amino acid 50.
要素
  • 試料: HSV-1 C-capsid with protein UL25 genetically labeled with GFP at amino acid 50.
  • ウイルス: Human herpesvirus 1 strain KOS (ヘルペスウイルス)

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超分子 #1000: HSV-1 C-capsid with protein UL25 genetically labeled with GFP at ...

超分子名称: HSV-1 C-capsid with protein UL25 genetically labeled with GFP at amino acid 50.
タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1

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超分子 #1: Human herpesvirus 1 strain KOS

超分子名称: Human herpesvirus 1 strain KOS / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: HSV-1 / NCBI-ID: 10306 / 生物種: Human herpesvirus 1 strain KOS / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: HSV-1
宿主生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: VERTEBRATES
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 1250 Å / T番号(三角分割数): 16

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5 / 詳細: 500 mM NaCl, 10 mM Tris, 1 mM EDTA
凍結凍結剤: OTHER / 装置: FEI VITROBOT MARK III
詳細: Vitrification instrument: Vitrobot mark III. Cryogen was an equal mix of ethane-propane.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
デジタル化 - スキャナー: NIKON SUPER COOLSCAN 9000
デジタル化 - サンプリング間隔: 6.35 µm / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 30000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.0 mm / 倍率（公称値）: 29000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Phase flip each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: AUTO3DEM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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