[日本語] English
万見
- EMDB-19026: Structure of the three-fold capsomer of the PNMA2 capsid -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19026
タイトルStructure of the three-fold capsomer of the PNMA2 capsid
マップデータ
試料
  • 複合体: Structure of the three-fold capsomer of the PNMA2 capsid
    • タンパク質・ペプチド: Paraneoplastic antigen Ma2 homolog
キーワードEndogenous retrovirus. PNMA2 / PNMA / Paraneoplastic syndrome / Paraneoplastic antigen Ma2 / VLP. / VIRUS LIKE PARTICLE
機能・相同性Paraneoplastic antigen Ma / : / : / PNMA / PNMA N-terminal RRM-like domain / nucleolus / Paraneoplastic antigen Ma2 homolog
機能・相同性情報
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Erlendsson S / Xu J / Shepherd JD / Briggs JAG
資金援助 米国, 英国, デンマーク, 3件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of Neurological Disorders and Stroke (NIH/NINDS)NIH R01 NS115716 米国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/16 英国
Novo Nordisk FoundationNNF17OC0030788 デンマーク
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: PNMA2 forms immunogenic non-enveloped virus-like capsids associated with paraneoplastic neurological syndrome.
著者: Junjie Xu / Simon Erlendsson / Manvendra Singh / G Aaron Holling / Matthew Regier / Iosune Ibiricu / Jenifer Einstein / Michael P Hantak / Gregory S Day / Amanda L Piquet / Tammy L Smith / ...著者: Junjie Xu / Simon Erlendsson / Manvendra Singh / G Aaron Holling / Matthew Regier / Iosune Ibiricu / Jenifer Einstein / Michael P Hantak / Gregory S Day / Amanda L Piquet / Tammy L Smith / Stacey L Clardy / Alexandra M Whiteley / Cédric Feschotte / John A G Briggs / Jason D Shepherd /
要旨: The paraneoplastic Ma antigen (PNMA) proteins are associated with cancer-induced paraneoplastic syndromes that present with an autoimmune response and neurological symptoms. Why PNMA proteins are ...The paraneoplastic Ma antigen (PNMA) proteins are associated with cancer-induced paraneoplastic syndromes that present with an autoimmune response and neurological symptoms. Why PNMA proteins are associated with this severe autoimmune disease is unclear. PNMA genes are predominantly expressed in the central nervous system and are ectopically expressed in some tumors. We show that PNMA2, which has been co-opted from a Ty3 retrotransposon, encodes a protein that is released from cells as non-enveloped virus-like capsids. Recombinant PNMA2 capsids injected into mice induce autoantibodies that preferentially bind external "spike" PNMA2 capsid epitopes, whereas a capsid-assembly-defective PNMA2 protein is not immunogenic. PNMA2 autoantibodies in cerebrospinal fluid of patients with anti-Ma2 paraneoplastic disease show similar preferential binding to spike capsid epitopes. PNMA2 capsid-injected mice develop learning and memory deficits. These observations suggest that PNMA2 capsids act as an extracellular antigen, capable of generating an autoimmune response that results in neurological deficits.
履歴
登録2023年12月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年2月14日-
マップ公開2024年2月14日-
更新2024年2月28日-
現状2024年2月28日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_19026.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19026.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 40.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
0.83 Å/pix.
x 220 pix.
= 183.04 Å		0.83 Å/pix.
x 220 pix.
= 183.04 Å		0.83 Å/pix.
x 220 pix.
= 183.04 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.832 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.015
最小 - 最大-0.06211795 - 0.119476534
平均 (標準偏差)0.001940517 (±0.0066924905)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ220220220
Spacing220220220
セルA=B=C: 183.04001 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
追加マップ: #1

ファイルemd_19026_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_19026_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_19026_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Structure of the three-fold capsomer of the PNMA2 capsid

全体名称: Structure of the three-fold capsomer of the PNMA2 capsid
要素
  • 複合体: Structure of the three-fold capsomer of the PNMA2 capsid
    • タンパク質・ペプチド: Paraneoplastic antigen Ma2 homolog

-
超分子 #1: Structure of the three-fold capsomer of the PNMA2 capsid

超分子名称: Structure of the three-fold capsomer of the PNMA2 capsid
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)

-
分子 #1: Paraneoplastic antigen Ma2 homolog

分子名称: Paraneoplastic antigen Ma2 homolog / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
分子量理論値: 20.667789 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
LLPVKYCKMR IFSGSTAAAP EEEPFEVWLE QATEIAKEWP IPEAEKKRWV AESLRGPALD LMHIVQADNP SISVGECLEA FKQVFGSTE SRRTSQVKYL RTYQQEGEKI SAYVLRLETL LRRAVEKRAI PRNIADQVRL EQVMAGANLG NVLWCRLQEL K DQGPLPTF LQLMKVIREE EE

UniProtKB: Paraneoplastic antigen Ma2 homolog

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
377.0 mMNa2HPO4+7(H2O)Sodium Phosphate Dibasic Heptahydrate
0.5 mM(HO2CCH2)2NCH2CH2N(CH2CO2H)2EDTA
122.0 mMNaH2PO4+H2OSodium Phosphate Monobasic Monohydrate
50.0 mMNH2C(CH2OH)3Tris
グリッドモデル: Quantifoil R2/2 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 200
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 278 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4096 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4096 pixel / 実像数: 3005 / 平均露光時間: 40.0 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 96000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

粒子像選択選択した数: 2125200
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4) / 使用した粒子像数: 972807
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4)
最終 3次元分類クラス数: 10 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4)

-
原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 105
得られたモデル

PDB-8rb5:
Structure of the three-fold capsomer of the PNMA2 capsid

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る