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- EMDB-19018: Cryo-EM structure of the inward-facing choline-bound FLVCR2 with heme -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19018
タイトルCryo-EM structure of the inward-facing choline-bound FLVCR2 with heme
マップデータSharpend map with -80 B-factor
試料
  • 複合体: FLVCR2
    • タンパク質・ペプチド: FLVCR1
キーワードMFS / choline transport / human transporter / heme / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


heme export / ethanolamine transmembrane transporter activity / choline transmembrane transporter activity / heme transmembrane transporter activity / choline transport / transport across blood-brain barrier / mitochondrial membrane / heme binding / endoplasmic reticulum membrane / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Major facilitator superfamily / Major Facilitator Superfamily / Major facilitator superfamily domain / Major facilitator superfamily (MFS) profile. / MFS transporter superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Choline/ethanolamine transporter FLVCR2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Weng T-H / Wu D / Safarian S
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Cryo-EM structure of the inward-facing choline-bound FLVCR2
著者: Weng T-H / Wu D / Safarian S
履歴
登録2023年12月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年12月11日-
マップ公開2024年12月11日-
更新2024年12月11日-
現状2024年12月11日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_19018.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19018.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 11.4 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Sharpend map with -80 B-factor
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.15 Å/pix.
x 144 pix.
= 165.024 Å		1.15 Å/pix.
x 144 pix.
= 165.024 Å		1.15 Å/pix.
x 144 pix.
= 165.024 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.146 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.62
最小 - 最大-2.8426385 - 3.2884974
平均 (標準偏差)0.0021334614 (±0.109620005)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ144144144
Spacing144144144
セルA=B=C: 165.024 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: Unsharpend map

ファイルemd_19018_additional_1.map
注釈Unsharpend map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_19018_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_19018_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : FLVCR2

全体名称: FLVCR2
要素
  • 複合体: FLVCR2
    • タンパク質・ペプチド: FLVCR1

-
超分子 #1: FLVCR2

超分子名称: FLVCR2 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 58 KDa

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分子 #1: FLVCR1

分子名称: FLVCR1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MVNEGPNQEE SDDTPVPESA LQADPSVSVH PSVSVHPSVS INPSVSVHPS SSAHPSALAQ PSGLAHPSSS GPEDLSVIKV SRRRWAVVLV FSCYSMCNSF QWIQYGSINN IFMHFYGVSA FAIDWLSMCY MLTYIPLLLP VAWLLEKFGL RTIALTGSAL NCLGAWVKLG ...文字列:
MVNEGPNQEE SDDTPVPESA LQADPSVSVH PSVSVHPSVS INPSVSVHPS SSAHPSALAQ PSGLAHPSSS GPEDLSVIKV SRRRWAVVLV FSCYSMCNSF QWIQYGSINN IFMHFYGVSA FAIDWLSMCY MLTYIPLLLP VAWLLEKFGL RTIALTGSAL NCLGAWVKLG SLKPHLFPVT VVGQLICSVA QVFILGMPSR IASVWFGANE VSTACSVAVF GNQLGIAIGF LVPPVLVPNI EDRDELAYHI SIMFYIIGGV ATLLLILVII VFKEKPKYPP SRAQSLSYAL TSPDASYLGS IARLFKNLNF VLLVITYGLN AGAFYALSTL LNRMVIWHYP GEEVNAGRIG LTIVIAGMLG AVISGIWLDR SKTYKETTLV VYIMTLVGMV VYTFTLNLGH LWVVFITAGT MGFFMTGYLP LGFEFAVELT YPESEGISSG LLNISAQVFG IIFTISQGQI IDNYGTKPGN IFLCVFLTLG AALTAFIKAD LRRQKANKET LENKLQEEEE ESNTSKVPTA VSEDHLDYKD DDDK

UniProtKB: Choline/ethanolamine transporter FLVCR2

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 55.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.1 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 1975710
初期モデルモデルのタイプ: OTHER / 詳細: Ab initio reconstruction
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC / 使用した粒子像数: 37044
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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