[日本語] English
万見
- EMDB-19011: Human PADI4 in complex with cyclic peptide PADI4_3 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-19011
タイトルHuman PADI4 in complex with cyclic peptide PADI4_3
マップデータ
試料
  • 複合体: Human PADI4 in complex with cyclic peptide PADI4_3
    • タンパク質・ペプチド: Protein-arginine deiminase type-4
    • タンパク質・ペプチド: Cyclic Peptide PADI4_3
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードPADI4 / peptidyl arginine deiminase / Cyclic Peptide / CYTOSOLIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


histone arginine deiminase activity / protein-arginine deiminase / histone H3R2 arginine deiminase activity / histone H3R8 arginine deiminase activity / histone H3R17 arginine deiminase activity / histone H3R26 arginine deiminase activity / histone H4R3 arginine deiminase activity / histone H1R54 arginine deiminase activity / histone H2AR3 arginine deiminase activity / protein-arginine deiminase activity ...histone arginine deiminase activity / protein-arginine deiminase / histone H3R2 arginine deiminase activity / histone H3R8 arginine deiminase activity / histone H3R17 arginine deiminase activity / histone H3R26 arginine deiminase activity / histone H4R3 arginine deiminase activity / histone H1R54 arginine deiminase activity / histone H2AR3 arginine deiminase activity / protein-arginine deiminase activity / stem cell population maintenance / Chromatin modifying enzymes / post-translational protein modification / protein modification process / nucleosome assembly / chromatin organization / chromatin remodeling / innate immune response / calcium ion binding / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein-arginine deiminase / Protein-arginine deiminase, C-terminal / Protein-arginine deiminase (PAD), N-terminal / Protein-arginine deiminase (PAD), central domain / Protein-arginine deiminase, central domain superfamily / PAD, N-terminal domain superfamily / Protein-arginine deiminase (PAD) / Protein-arginine deiminase (PAD) N-terminal domain / Protein-arginine deiminase (PAD) middle domain / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein-arginine deiminase type-4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト) / synthetic construct (人工物)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Benton DJ / Bertran MT / Walport LJ
資金援助 英国, 3件
OrganizationGrant number国
The Francis Crick InstituteCC2030 英国
The Francis Crick InstituteFC0010129 英国
The Francis Crick InstituteFC001134 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: A cyclic peptide toolkit reveals mechanistic principles of peptidylarginine deiminase IV regulation.
著者: M Teresa Bertran / Robert Walmsley / Thomas Cummings / Iker Valle Aramburu / Donald J Benton / Rocio Mora Molina / Jayalini Assalaarachchi / Maria Chasampalioti / Tessa Swanton / Dhira Joshi ...著者: M Teresa Bertran / Robert Walmsley / Thomas Cummings / Iker Valle Aramburu / Donald J Benton / Rocio Mora Molina / Jayalini Assalaarachchi / Maria Chasampalioti / Tessa Swanton / Dhira Joshi / Stefania Federico / Hanneke Okkenhaug / Lu Yu / David Oxley / Simon Walker / Venizelos Papayannopoulos / Hiroaki Suga / Maria A Christophorou / Louise J Walport /
要旨: Peptidylarginine deiminase IV (PADI4, PAD4) deregulation promotes the development of autoimmunity, cancer, atherosclerosis and age-related tissue fibrosis. PADI4 additionally mediates immune ...Peptidylarginine deiminase IV (PADI4, PAD4) deregulation promotes the development of autoimmunity, cancer, atherosclerosis and age-related tissue fibrosis. PADI4 additionally mediates immune responses and cellular reprogramming, although the full extent of its physiological roles is unexplored. Despite detailed molecular knowledge of PADI4 activation in vitro, we lack understanding of its regulation within cells, largely due to a lack of appropriate systems and tools. Here, we develop and apply a set of potent and selective PADI4 modulators. Using the mRNA-display-based RaPID system, we screen >10 cyclic peptides for high-affinity, conformation-selective binders. We report PADI4_3, a cell-active inhibitor specific for the active conformation of PADI4; PADI4_7, an inert binder, which we functionalise for the isolation and study of cellular PADI4; and PADI4_11, a cell-active PADI4 activator. Structural studies with PADI4_11 reveal an allosteric binding mode that may reflect the mechanism that promotes cellular PADI4 activation. This work contributes to our understanding of PADI4 regulation and provides a toolkit for the study and modulation of PADI4 across (patho)physiological contexts.
履歴
登録2023年11月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月27日-
マップ公開2024年11月27日-
更新2024年11月27日-
現状2024年11月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_19011.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_19011.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.95 Å/pix.
x 300 pix.
= 285. Å		0.95 Å/pix.
x 300 pix.
= 285. Å		0.95 Å/pix.
x 300 pix.
= 285. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.95 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-2.3539789 - 3.350311
平均 (標準偏差)0.001287551 (±0.059090488)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 285.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_19011_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_19011_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_19011_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Human PADI4 in complex with cyclic peptide PADI4_3

全体名称: Human PADI4 in complex with cyclic peptide PADI4_3
要素
  • 複合体: Human PADI4 in complex with cyclic peptide PADI4_3
    • タンパク質・ペプチド: Protein-arginine deiminase type-4
    • タンパク質・ペプチド: Cyclic Peptide PADI4_3
  • リガンド: CALCIUM ION

-
超分子 #1: Human PADI4 in complex with cyclic peptide PADI4_3

超分子名称: Human PADI4 in complex with cyclic peptide PADI4_3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 150 KDa

-
分子 #1: Protein-arginine deiminase type-4

分子名称: Protein-arginine deiminase type-4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 74.803719 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: GPLGSPQMAQ GTLIRVTPEQ PTHAVCVLGT LTQLDICSSA PDDCTSFSIN ASPGVVVDIA HSPPAKKKST GSSTWPLDPG VEVTLTMKA ASGSTGDQKV QISYYGPKTP PVKALLYLTA VEISLCADIT RTGKVKPTRA VKDQRTWTWG PCGQGAILLV N CDRDNLES ...文字列:
GPLGSPQMAQ GTLIRVTPEQ PTHAVCVLGT LTQLDICSSA PDDCTSFSIN ASPGVVVDIA HSPPAKKKST GSSTWPLDPG VEVTLTMKA ASGSTGDQKV QISYYGPKTP PVKALLYLTA VEISLCADIT RTGKVKPTRA VKDQRTWTWG PCGQGAILLV N CDRDNLES SAMDCEDDEV LDSEDLQDMS LMTLSTKTPK DFFTNHTLVL HVARSEMDKV RVFQATRGKL SSKCSVVLGP KW PSHYLMV PGGKHNMDFY VEALAFPDTD FPGLITLTIS LLDTSNLELP EAVVFQDSVV FRVAPWIMTP NTQPPQEVYA CSI FENEDF LKSVTTLAMK AKCKLTICPE EENMDDQWMQ DEMEIGYIQA PHKTLPVVFD SPRNRGLKEF PIKRVMGPDF GYVT RGPQT GGISGLDSFG NLEVSPPVTV RGKEYPLGRI LFGDSCYPSN DSRQMHQALQ DFLSAQQVQA PVKLYSDWLS VGHVD EFLS FVPAPDRKGF RLLLASPRSC YKLFQEQQNE GHGEALLFEG IKKKKQQKIK NILSNKTLRE HNSFVERCID WNRELL KRE LGLAESDIID IPQLFKLKEF SKAEAFFPNM VNMLVLGKHL GIPKPFGPVI NGRCCLEEKV CSLLEPLGLQ CTFINDF FT YHIRHGEVHC GTNVRRKPFS FKWWNMVP

UniProtKB: Protein-arginine deiminase type-4

-
分子 #2: Cyclic Peptide PADI4_3

分子名称: Cyclic Peptide PADI4_3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: synthetic construct (人工物)
分子量理論値: 1.765995 KDa
配列文字列:
(UNK)YRDHHYRHP KYC

-
分子 #3: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 10 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: FEI VITROBOT MARK III

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 28.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 127000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る