[日本語] English
万見
- EMDB-18994: pentameric IgMFc-AIM complex focused refinement -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18994
タイトルpentameric IgMFc-AIM complex focused refinement
マップデータ
試料
  • 複合体: human IgM-Fc/AIM complex
    • タンパク質・ペプチド: CD5 antigen-like
    • タンパク質・ペプチド: Ig-like domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin J chain
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードScavenger Receptor Cysteine-Rich / IgM / IMMUNE SYSTEM
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of complement-dependent cytotoxicity / dimeric IgA immunoglobulin complex / secretory dimeric IgA immunoglobulin complex / pentameric IgM immunoglobulin complex / monomeric IgA immunoglobulin complex / secretory IgA immunoglobulin complex / IgA binding / regulation of complement activation / glomerular filtration / immunoglobulin receptor binding ...positive regulation of complement-dependent cytotoxicity / dimeric IgA immunoglobulin complex / secretory dimeric IgA immunoglobulin complex / pentameric IgM immunoglobulin complex / monomeric IgA immunoglobulin complex / secretory IgA immunoglobulin complex / IgA binding / regulation of complement activation / glomerular filtration / immunoglobulin receptor binding / positive regulation of respiratory burst / humoral immune response / immune system process / cellular defense response / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / Cell surface interactions at the vascular wall / antibacterial humoral response / protein-containing complex assembly / protein-macromolecule adaptor activity / blood microparticle / adaptive immune response / immune response / inflammatory response / innate immune response / apoptotic process / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin J chain / Immunoglobulin J chain / SRCR domain signature. / Scavenger receptor cysteine-rich domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / SRCR domain / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site ...Immunoglobulin J chain / Immunoglobulin J chain / SRCR domain signature. / Scavenger receptor cysteine-rich domain / SRCR domain profile. / SRCR-like domain superfamily / Scavenger receptor Cys-rich / SRCR domain / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Ig-like domain-containing protein / CD5 antigen-like / Immunoglobulin J chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.6 Å
データ登録者Chen Q / Arai S / Miyazaki T / Rosenthal P
資金援助 英国, 日本, 5件
OrganizationGrant number国
Cancer Research UK 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom) 英国
Wellcome Trust 英国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED) 日本
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Cryo-EM reveals structural basis for human AIM/CD5L recognition of polymeric immunoglobulin M.
著者: Qu Chen / Kazuhiro Ishii / Haruka Mori / Akemi Nishijima / Satoko Arai / Toru Miyazaki / Peter B Rosenthal /
要旨: Cell surface scavenger receptors contribute to homoeostasis and the response to pathogens and products associated with damage by binding to common molecular features on a wide range of targets. ...Cell surface scavenger receptors contribute to homoeostasis and the response to pathogens and products associated with damage by binding to common molecular features on a wide range of targets. Apoptosis inhibitor of macrophage (AIM/CD5L) is a soluble protein belonging to the scavenger receptor cysteine-rich (SRCR) superfamily that contributes to prevention of a wide range of diseases associated with infection, inflammation, and cancer. AIM forms complexes with IgM pentamers which helps maintain high-levels of circulating AIM in serum for subsequent activation on release from the complex. The structural basis for AIM recognition of IgM as well as other binding targets is unknown. Here we apply cryogenic electron microscopy imaging (cryo-EM) to show how interfaces on both of AIM's C-terminal SRCR domains interact with the Fcμ constant region and J chain components of the IgM core. Both SRCR interfaces are also shown to contribute interactions important for AIM binding to damage-associated molecular patterns (DAMPs).
履歴
登録2023年11月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年11月6日-
マップ公開2024年11月6日-
更新2024年11月27日-
現状2024年11月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_18994.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18994.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 824 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 600 pix.
= 507.6 Å		0.85 Å/pix.
x 600 pix.
= 507.6 Å		0.85 Å/pix.
x 600 pix.
= 507.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.846 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.18
最小 - 最大-1.3729639 - 2.1046956
平均 (標準偏差)0.00047235127 (±0.015111393)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ600600600
Spacing600600600
セルA=B=C: 507.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_18994_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: unsharpened map

ファイルemd_18994_additional_1.map
注釈unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_18994_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_18994_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : human IgM-Fc/AIM complex

全体名称: human IgM-Fc/AIM complex
要素
  • 複合体: human IgM-Fc/AIM complex
    • タンパク質・ペプチド: CD5 antigen-like
    • タンパク質・ペプチド: Ig-like domain-containing protein
    • タンパク質・ペプチド: Immunoglobulin J chain
  • リガンド: CALCIUM ION

-
超分子 #1: human IgM-Fc/AIM complex

超分子名称: human IgM-Fc/AIM complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: CD5 antigen-like

分子名称: CD5 antigen-like / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 36.10025 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: SPSGVRLVGG LHRCEGRVEV EQKGQWGTVC DDGWDIKDVA VLCRELGCGA ASGTPSGILY EPPAEKEQKV LIQSVSCTGT EDTLAQCEQ EEVYDCSHDE DAGASCENPE SSFSPVPEGV RLADGPGHCK GRVEVKHQNQ WYTVCQTGWS LRAAKVVCRQ L GCGRAVLT ...文字列:
SPSGVRLVGG LHRCEGRVEV EQKGQWGTVC DDGWDIKDVA VLCRELGCGA ASGTPSGILY EPPAEKEQKV LIQSVSCTGT EDTLAQCEQ EEVYDCSHDE DAGASCENPE SSFSPVPEGV RLADGPGHCK GRVEVKHQNQ WYTVCQTGWS LRAAKVVCRQ L GCGRAVLT QKRCNKHAYG RKPIWLSQMS CSGREATLQD CPSGPWGKNT CNHDEDTWVE CEDPFDLRLV GGDNLCSGRL EV LHKGVWG SVCDDNWGEK EDQVVCKQLG CGKSLSPSFR DRKCYGPGVG RIWLDNVRCS GEEQSLEQCQ HRFWGFHDCT HQE DVAVIC SG

UniProtKB: CD5 antigen-like

-
分子 #2: Ig-like domain-containing protein

分子名称: Ig-like domain-containing protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 4 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.715379 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: DYKDDDDKGS GSGIAELPPK VSVFVPPRDG FFGNPRKSKL ICQATGFSPR QIQVSWLREG KQVGSGVTTD QVQAEAKESG PTTYKVTST LTIKESDWLS QSMFTCRVDH RGLTFQQNAS SMCVPDQDTA IRVFAIPPSF ASIFLTKSTK LTCLVTDLTT Y DSVTISWT ...文字列:
DYKDDDDKGS GSGIAELPPK VSVFVPPRDG FFGNPRKSKL ICQATGFSPR QIQVSWLREG KQVGSGVTTD QVQAEAKESG PTTYKVTST LTIKESDWLS QSMFTCRVDH RGLTFQQNAS SMCVPDQDTA IRVFAIPPSF ASIFLTKSTK LTCLVTDLTT Y DSVTISWT RQNGEAVKTH TNISESHPNA TFSAVGEASI CEDDWNSGER FTCTVTHTDL PSPLKQTISR PKGVALHRPD VY LLPPARE QLNLRESATI TCLVTGFSPA DVFVQWMQRG QPLSPEKYVT SAPMPEPQAP GRYFAHSILT VSEEEWNTGE TYT CVVAHE ALPNRVTERT VDKSTGKPTL YNVSLVMSDT AGTCY

UniProtKB: Ig-like domain-containing protein

-
分子 #3: Immunoglobulin J chain

分子名称: Immunoglobulin J chain / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 19.306881 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列:
MKNHLLFWGV LAVFIKAVHV KAQEDERIVL VDNKCKCARI TSRIIRSSED PNEDIVERNI RIIVPLNNRE NISDPTSPLR TRFVYHLSD LCKKCDPTEV ELDNQIVTAT QSNICDEDSA TETCYTYDRN KCYTAVVPLV YGGETKMVET ALTPDACYPD E QKLISEED L

UniProtKB: Immunoglobulin J chain

-
分子 #5: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度1.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
平均電子線量: 52.4 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8bpf

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 501789
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る