+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18946 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Cryo-EM structure of the FIGNL1 AAA hexamer bound to RAD51 | |||||||||
マップデータ | An unsharpened post-processed map of the FIGNL1-RAD51 complex from RELION 4.0 | |||||||||
試料 |
| |||||||||
キーワード | AAA / ATPase / DNA repair / HYDROLASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 microtubule severing ATPase activity / presynaptic intermediate filament cytoskeleton / mitotic recombination-dependent replication fork processing / osteoblast proliferation / chromosome organization involved in meiotic cell cycle / cellular response to camptothecin / telomere maintenance via telomere lengthening / positive regulation of DNA ligation / male meiotic nuclear division / nuclear ubiquitin ligase complex ...microtubule severing ATPase activity / presynaptic intermediate filament cytoskeleton / mitotic recombination-dependent replication fork processing / osteoblast proliferation / chromosome organization involved in meiotic cell cycle / cellular response to camptothecin / telomere maintenance via telomere lengthening / positive regulation of DNA ligation / male meiotic nuclear division / nuclear ubiquitin ligase complex / double-strand break repair involved in meiotic recombination / cellular response to hydroxyurea / DNA recombinase assembly / lateral element / replication-born double-strand break repair via sister chromatid exchange / telomere maintenance via recombination / DNA strand invasion / regulation of DNA damage checkpoint / mitotic recombination / Impaired BRCA2 binding to PALB2 / DNA strand exchange activity / single-stranded DNA helicase activity / reciprocal meiotic recombination / Defective homologous recombination repair (HRR) due to BRCA1 loss of function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA1 binding function / Defective HDR through Homologous Recombination Repair (HRR) due to PALB2 loss of BRCA2/RAD51/RAD51C binding function / Homologous DNA Pairing and Strand Exchange / Resolution of D-loop Structures through Synthesis-Dependent Strand Annealing (SDSA) / Resolution of D-loop Structures through Holliday Junction Intermediates / ATP-dependent DNA damage sensor activity / HDR through Single Strand Annealing (SSA) / Impaired BRCA2 binding to RAD51 / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / nuclear chromosome / DNA unwinding involved in DNA replication / replication fork processing / Transcriptional Regulation by E2F6 / Presynaptic phase of homologous DNA pairing and strand exchange / ATP-dependent activity, acting on DNA / interstrand cross-link repair / DNA polymerase binding / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / condensed chromosome / ATP metabolic process / condensed nuclear chromosome / male germ cell nucleus / meiotic cell cycle / cellular response to ionizing radiation / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / regulation of protein phosphorylation / double-strand break repair via homologous recombination / HDR through Homologous Recombination (HRR) / PML body / Meiotic recombination / osteoblast differentiation / site of double-strand break / single-stranded DNA binding / double-stranded DNA binding / DNA recombination / chromosome, telomeric region / regulation of cell cycle / hydrolase activity / mitochondrial matrix / DNA repair / centrosome / DNA damage response / chromatin binding / chromatin / nucleolus / negative regulation of apoptotic process / perinuclear region of cytoplasm / enzyme binding / magnesium ion binding / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / mitochondrion / extracellular exosome / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | |||||||||
データ登録者 | Carver A / Yates LA / Zhang X | |||||||||
資金援助 | 英国, 2件
| |||||||||
引用 | ジャーナル: bioRxiv / 年: 2024 タイトル: Molecular basis of FIGNL1 in dissociating RAD51 from DNA and chromatin. 著者: Alexander Carver / Tai-Yuan Yu / Luke A Yates / Travis White / Raymond Wang / Katie Lister / Maria Jasin / Xiaodong Zhang / 要旨: Maintaining genome integrity is an essential and challenging process. RAD51 recombinase, the central player of several crucial processes in repairing and protecting genome integrity, forms filaments ...Maintaining genome integrity is an essential and challenging process. RAD51 recombinase, the central player of several crucial processes in repairing and protecting genome integrity, forms filaments on DNA. RAD51 filaments are tightly regulated. One of these regulators is FIGNL1, that prevents persistent RAD51 foci post-damage and genotoxic chromatin association in cells. The cryogenic electron microscopy structure of FIGNL1 in complex with RAD51 reveals that the FIGNL1 forms a non-planar hexamer and RAD51 N-terminus is enclosed in the FIGNL1 hexamer pore. Mutations in pore loop or catalytic residues of FIGNL1 render it defective in filament disassembly and are lethal in mouse embryonic stem cells. Our study reveals a unique mechanism for removing RAD51 from DNA and provides the molecular basis for FIGNL1 in maintaining genome stability. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
添付画像 |
---|
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18946.map.gz | 25.3 MB | EMDBマップデータ形式 | |
---|---|---|---|---|
ヘッダ (付随情報) | emd-18946-v30.xml emd-18946.xml | 20.5 KB 20.5 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_18946_fsc.xml | 6.9 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_18946.png | 58.9 KB | ||
マスクデータ | emd_18946_msk_1.map | 27 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-18946.cif.gz | 6.7 KB | ||
その他 | emd_18946_half_map_1.map.gz emd_18946_half_map_2.map.gz | 20.7 MB 20.7 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18946 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18946 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_18946_validation.pdf.gz | 982.3 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | emd_18946_full_validation.pdf.gz | 981.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_18946_validation.xml.gz | 12.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_18946_validation.cif.gz | 17.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18946 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18946 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8r64MC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
---|---|
「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18946.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | An unsharpened post-processed map of the FIGNL1-RAD51 complex from RELION 4.0 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
|
-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_18946_msk_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 2
ファイル | emd_18946_half_map_1.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: half map 1
ファイル | emd_18946_half_map_2.map | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
注釈 | half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
| ||||||||||||
密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : FIGNL1 hexamer bound to the N-terminus of RAD51
全体 | 名称: FIGNL1 hexamer bound to the N-terminus of RAD51 |
---|---|
要素 |
|
-超分子 #1: FIGNL1 hexamer bound to the N-terminus of RAD51
超分子 | 名称: FIGNL1 hexamer bound to the N-terminus of RAD51 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 190 KDa |
-分子 #1: Fidgetin-like protein 1
分子 | 名称: Fidgetin-like protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 6 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 46.154504 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MAHHHHHHSS GLEVLFQGPK EDSSLPTFKT AKEQLWVDQQ KKYHQPQRAS GSSYGGVKKS LGASRSRGIL GKFVPPIPKQ DGGEQNGGM QCKPYGAGPT EPAHPVDERL KNLEPKMIEL IMNEIMDHGP PVNWEDIAGV EFAKATIKEI VVWPMLRPDI F TGLRGPPK ...文字列: MAHHHHHHSS GLEVLFQGPK EDSSLPTFKT AKEQLWVDQQ KKYHQPQRAS GSSYGGVKKS LGASRSRGIL GKFVPPIPKQ DGGEQNGGM QCKPYGAGPT EPAHPVDERL KNLEPKMIEL IMNEIMDHGP PVNWEDIAGV EFAKATIKEI VVWPMLRPDI F TGLRGPPK GILLFGPPGT GKTLIGKCIA SQSGATFFSI SASSLTSKWV GEGEKMVRAL FAVARCQQPA VIFIDQIDSL LS QRGDGEH ESSRRIKTEF LVQLDGATTS SEDRILVVGA TNRPQEIDEA ARRRLVKRLY IPLPEASARK QIVINLMSKE QCC LSEEEI EQIVQQSDAF SGADMTQLCR EASLGPIRSL QTADIATITP DQVRPIAYID FENAFRTVRP SVSPKDLELY ENWN KTFGC GKSAWSHPQF EK UniProtKB: Fidgetin-like protein 1 |
-分子 #2: DNA repair protein RAD51 homolog 1
分子 | 名称: DNA repair protein RAD51 homolog 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
---|---|
由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 37.009125 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MAMQMQLEAN ADTSVEEESF GPQPISRLEQ CGINANDVKK LEEAGFHTVE AVAYAPKKEL INIKGISEAK ADKILAEAAK LVPMGFTTA TEFHQRRSEI IQITTGSKEL DKLLQGGIET GSITEMFGEF RTGKTQICHT LAVTCQLPID RGGGEGKAMY I DTEGTFRP ...文字列: MAMQMQLEAN ADTSVEEESF GPQPISRLEQ CGINANDVKK LEEAGFHTVE AVAYAPKKEL INIKGISEAK ADKILAEAAK LVPMGFTTA TEFHQRRSEI IQITTGSKEL DKLLQGGIET GSITEMFGEF RTGKTQICHT LAVTCQLPID RGGGEGKAMY I DTEGTFRP ERLLAVAERY GLSGSDVLDN VAYARAFNTD HQTQLLYQAS AMMVESRYAL LIVDSATALY RTDYSGRGEL SA RQMHLAR FLRMLLRLAD EFGVAVVITN QVVAQVDGAA MFAADPKKPI GGNIIAHAST TRLYLRKGRG ETRICKIYDS PCL PEAEAM FAINADGVGD AKD UniProtKB: DNA repair protein RAD51 homolog 1 |
-分子 #3: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 6 / 式: MG |
---|---|
分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-分子 #4: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 5 / 式: ATP |
---|---|
分子量 | 理論値: 507.181 Da |
Chemical component information | ChemComp-ATP: |
-分子 #5: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: ADP |
---|---|
分子量 | 理論値: 427.201 Da |
Chemical component information | ChemComp-ADP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
---|---|
解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL | ||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
緩衝液 | pH: 8 構成要素:
| ||||||||||||||||||
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 10 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: Harrick Plasma Cleaner | ||||||||||||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
---|---|
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 15406 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.1 µm 最小 デフォーカス(公称値): 0.7000000000000001 µm 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
+画像解析
-原子モデル構築 1
初期モデル | Chain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model |
---|---|
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: OTHER |
得られたモデル | PDB-8r64: |