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- EMDB-1887: Flagellar basal body - Salmonella Typhimurium. -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1887
タイトルFlagellar basal body - Salmonella Typhimurium.
マップデータ34-fold C ring 25-fold M ring for the basal body of S. Typhimurium.
試料
  • 試料: Isolated hook-basal body
  • 細胞器官・細胞要素: Basal body
キーワードbacterial flagellum / Salmonella / C-ring / M-ring / basal body / FliF / FliG
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / ネガティブ染色法
データ登録者Thomas DR / Francis NR / Xu C / DeRosier DJ
引用ジャーナル: J Bacteriol / 年: 2006
タイトル: The three-dimensional structure of the flagellar rotor from a clockwise-locked mutant of Salmonella enterica serovar Typhimurium.
著者: Dennis R Thomas / Noreen R Francis / Chen Xu / David J DeRosier /
要旨: Three-dimensional reconstructions from electron cryomicrographs of the rotor of the flagellar motor reveal that the symmetry of individual M rings varies from 24-fold to 26-fold while that of the C ...Three-dimensional reconstructions from electron cryomicrographs of the rotor of the flagellar motor reveal that the symmetry of individual M rings varies from 24-fold to 26-fold while that of the C rings, containing the two motor/switch proteins FliM and FliN, varies from 32-fold to 36-fold, with no apparent correlation between the symmetries of the two rings. Results from other studies provided evidence that, in addition to the transmembrane protein FliF, at least some part of the third motor/switch protein, FliG, contributes to a thickening on the face of the M ring, but there was no evidence as to whether or not any portion of FliG also contributes to the C ring. Of the four morphological features in the cross section of the C ring, the feature closest to the M ring is not present with the rotational symmetry of the rest of the C ring, but instead it has the symmetry of the M ring. We suggest that this inner feature arises from a domain of FliG. We present a hypothetical docking in which the C-terminal motor domain of FliG lies in the C ring, where it can interact intimately with FliM.
履歴
登録2011年3月30日-
ヘッダ(付随情報) 公開2011年4月8日-
マップ公開2011年4月8日-
更新2011年4月8日-
現状2011年4月8日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 68
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 68
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1887.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1887.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 14.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈34-fold C ring 25-fold M ring for the basal body of S. Typhimurium.
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
2.8 Å/pix.
x 120 pix.
= 336. Å		2.8 Å/pix.
x 180 pix.
= 504. Å		2.8 Å/pix.
x 180 pix.
= 504. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.8 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 68.0 / ムービー #1: 68
最小 - 最大-584.956000000000017 - 575.816000000000031
平均 (標準偏差)2.65061 (±87.968800000000002)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ180180120
Spacing180180120
セルA: 504 Å / B: 504 Å / C: 336 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z2.82.82.8
M x/y/z180180120
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z504.000504.000336.000
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-56-56-55
NX/NY/NZ112112112
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS180180120
D min/max/mean-584.956575.8162.651

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Isolated hook-basal body

全体名称: Isolated hook-basal body
要素
  • 試料: Isolated hook-basal body
  • 細胞器官・細胞要素: Basal body

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超分子 #1000: Isolated hook-basal body

超分子名称: Isolated hook-basal body / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 4

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超分子 #1: Basal body

超分子名称: Basal body / タイプ: organelle_or_cellular_component / ID: 1 / Name.synonym: Rotor / 詳細: Frozen-hydrated / 集合状態: 34-mer C ring, 25-mer M ring / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
別称: Salmonella Typhimurium / 細胞中の位置: Plasma membrane and cytoplasm
組換発現生物種: Salmonella (サルモネラ菌)

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法, クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 8 / 詳細: 10mM Tris-HCl, 5 mM EDTA, 0.1% Triton X-100
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Sample put onto Quantifoil grids(R1.2/1.3), blotted with no. 1 Whatman filter paper, plunged into liquid nitrogen-cooled liquid ethane.
グリッド詳細: Quantifoil grids R1.2/1.3
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 100 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Vitrification instrument: Home made

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
温度平均: 100 K
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 7 µm / 平均電子線量: 10 e/Å2 / Od range: 2 / ビット/ピクセル: 8
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

詳細The images were sorted into classes. 20 classes depending on symmetry of M ring (23 to 26) and symmetry of C ring (32 to 36).
CTF補正詳細: CTFFIND, HELIXBOXER
最終 再構成ソフトウェア - 名称: SPIDER / 使用した粒子像数: 90

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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