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- EMDB-18852: Structure of the BeeR filament -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18852
タイトルStructure of the BeeR filament
マップデータStructure of the BeeR filament
試料
  • 複合体: BeeR filament
    • タンパク質・ペプチド: Actin/actin family protein
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: water
キーワードBacterial cytoskeleton / actin homologue / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性: / MreB/Mbl protein / Actin family / Actin / ATPase, nucleotide binding domain / cytoplasm / Actin/actin family protein
機能・相同性情報
生物種Opitutus terrae (バクテリア)
手法らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Bergeron JRC / Kollman JM
資金援助 英国, フランス, 米国, 3件
OrganizationGrant number国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/R009759/2 英国
Human Frontier Science Program (HFSP)RGY0080/2021 フランス
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R35149542 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2025
タイトル: A family of bacterial actin homologs forms a three-stranded tubular structure.
著者: Julien R C Bergeron / Shamar L M Lale-Farjat / Hanna M Lewicka / Chloe Parry / Justin M Kollman /
要旨: The cytoskeleton is crucial for cell organization and movement. In Eukaryotes, it largely consists of the protein actin, that forms a double-stranded linear filamentous structure in the presence of ...The cytoskeleton is crucial for cell organization and movement. In Eukaryotes, it largely consists of the protein actin, that forms a double-stranded linear filamentous structure in the presence of ATP and disassemble upon ATP hydrolysis. Bacteria also possess actin homologs, that drive fundamental cellular processes, including cell division, shape maintenance, and DNA segregation. Like eukaryotic actin, bacterial actins assemble into dynamic polymers upon ATP binding, however variation in interactions between strands gives rise to striking diversity of filament architectures. Here, we report a family of bacterial actins of unknown function, conserved among the phylum, which assembles into a unique tubular structure in the presence of ATP. A cryo-EM structure of the filaments reveals that it consists of three strands, unlike other described bacterial actin structures. This architecture provides further insights into the organization of actin-like filaments and has implications for understanding the diversity and evolution of the bacterial cytoskeleton.
履歴
登録2023年11月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月5日-
マップ公開2025年3月5日-
更新2025年3月26日-
現状2025年3月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18852.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18852.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Structure of the BeeR filament
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.75 Å/pix.
x 400 pix.
= 300. Å		0.75 Å/pix.
x 400 pix.
= 300. Å		0.75 Å/pix.
x 400 pix.
= 300. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.75 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.129
最小 - 最大-0.7491335 - 1.1607919
平均 (標準偏差)0.0012009754 (±0.040681712)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ400400400
Spacing400400400
セルA=B=C: 300.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_18852_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_18852_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : BeeR filament

全体名称: BeeR filament
要素
  • 複合体: BeeR filament
    • タンパク質・ペプチド: Actin/actin family protein
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: CALCIUM ION
  • リガンド: water

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超分子 #1: BeeR filament

超分子名称: BeeR filament / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Opitutus terrae (バクテリア)

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分子 #1: Actin/actin family protein

分子名称: Actin/actin family protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Opitutus terrae (バクテリア)
分子量理論値: 41.104875 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列: MIPASTEKPV PSAAIPANAP NVAVSKPAAP GTRTKTVLVG FDFGTNKSCV LAGTAGATDI AISKIVPTVV GYVKEGIVDG IVAGNRSVL FGDDALQNRL HARLVAPMEH GVIAHPDAAR DFVQHLRSLA DPSGQAEIRA VVGVPANATE QAREDVRRCA F GIFDRILL ...文字列:
MIPASTEKPV PSAAIPANAP NVAVSKPAAP GTRTKTVLVG FDFGTNKSCV LAGTAGATDI AISKIVPTVV GYVKEGIVDG IVAGNRSVL FGDDALQNRL HARLVAPMEH GVIAHPDAAR DFVQHLRSLA DPSGQAEIRA VVGVPANATE QAREDVRRCA F GIFDRILL IPEPFLAALG YRDDARLGQS NYIDPVVNSL FIDIGGGTSD ICLVQGYFPG PDDQISIPFA GDAIDQLLQE EL NRTYPNN GLSLHKVREI KEAHGYVGPS RKPLDVKVVI GGKAHTLELG DTLARACNAL IDKIYPALTT LIQRASSDSV VTL LQNIII TGGGSQIKGI DTLLQKKLTE DGFESPKVRL AGHDYKRYVA LGALKAARAA RENQWQVLLG

UniProtKB: Actin/actin family protein

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分子 #2: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 12 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM

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分子 #3: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 12 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

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分子 #4: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 549 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析らせん対称体再構成法
試料の集合状態filament

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試料調製

緩衝液pH: 7
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm

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画像解析

最終 再構成想定した対称性 - らせんパラメータ - Δz: 17.4 Å
想定した対称性 - らせんパラメータ - ΔΦ: 126.5 °
想定した対称性 - らせんパラメータ - 軸対称性: C1 (非対称)
解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.1 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 882189
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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