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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Integrator cleavage module assembly intermediate | |||||||||||||||||||||||||||
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![]() | chaperone / Integrator complex / nuclear import / TRANSCRIPTION | |||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() snRNA 3'-end processing / snRNA processing / mitochondrion localization / integrator complex / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / response to ionizing radiation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA endonuclease activity / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway ...snRNA 3'-end processing / snRNA processing / mitochondrion localization / integrator complex / regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / response to ionizing radiation / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA endonuclease activity / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / glucose metabolic process / cell migration / positive regulation of cell growth / cell population proliferation / blood microparticle / positive regulation of protein phosphorylation / DNA damage response / nucleolus / apoptotic process / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å | |||||||||||||||||||||||||||
![]() | Sabath K / Qiu C / Jonas S | |||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]() ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Assembly mechanism of Integrator's RNA cleavage module. 著者: Kevin Sabath / Chunhong Qiu / Stefanie Jonas / ![]() 要旨: The modular Integrator complex is a transcription regulator that is essential for embryonic development. It attenuates coding gene expression via premature transcription termination and performs 3'- ...The modular Integrator complex is a transcription regulator that is essential for embryonic development. It attenuates coding gene expression via premature transcription termination and performs 3'-processing of non-coding RNAs. For both activities, Integrator requires endonuclease activity that is harbored by an RNA cleavage module consisting of INTS4-9-11. How correct assembly of Integrator modules is achieved remains unknown. Here, we show that BRAT1 and WDR73 are critical biogenesis factors for the human cleavage module. They maintain INTS9-11 inactive during maturation by physically blocking the endonuclease active site and prevent premature INTS4 association. Furthermore, BRAT1 facilitates import of INTS9-11 into the nucleus, where it is joined by INTS4. Final BRAT1 release requires locking of the mature cleavage module conformation by inositol hexaphosphate (IP). Our data explain several neurodevelopmental disorders caused by BRAT1, WDR73, and INTS11 mutations as Integrator assembly defects and reveal that IP is an essential co-factor for cleavage module maturation. | |||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 43.8 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 22.8 KB 22.8 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 7.6 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 56.6 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 7.6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() | 43.9 MB 43.1 MB 43.1 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.296 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-追加マップ: Locally refined cryo-EM map around INTS4-INTS9
ファイル | emd_18839_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Locally refined cryo-EM map around INTS4-INTS9 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_18839_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_18839_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : INTS4-INTS9-INTS11-BRAT1 complex
全体 | 名称: INTS4-INTS9-INTS11-BRAT1 complex |
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要素 |
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-超分子 #1: INTS4-INTS9-INTS11-BRAT1 complex
超分子 | 名称: INTS4-INTS9-INTS11-BRAT1 complex / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1, #3-#4, #2 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
-分子 #1: BRCA1-associated ATM activator 1
分子 | 名称: BRCA1-associated ATM activator 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 88.766328 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: GPSQSNMDPE CAQLLPALCA VLVDPRQPVA DDTCLEKLLD WFKTVTEGES SVVLLQEHPC LVELLSHVLK VQDLSSGVLS FSLRLAGTF AAQENCFQYL QQGELLPGLF GEPGPLGRAT WAVPTVRSGW IQGLRSLAQH PSALRFLADH GAVDTIFSLQ G DSSLFVAS ...文字列: GPSQSNMDPE CAQLLPALCA VLVDPRQPVA DDTCLEKLLD WFKTVTEGES SVVLLQEHPC LVELLSHVLK VQDLSSGVLS FSLRLAGTF AAQENCFQYL QQGELLPGLF GEPGPLGRAT WAVPTVRSGW IQGLRSLAQH PSALRFLADH GAVDTIFSLQ G DSSLFVAS AASQLLVHVL ALSMRGGAEG QPCLPGGDWP ACAQKIMDHV EESLCSAATP KVTQALNVLT TTFGRCQSPW TE ALWVRLS PRVACLLERD PIPAAHSFVD LLLCVARSPV FSSSDGSLWE TVARALSCLG PTHMGPLALG ILKLEHCPQA LRT QAFQVL LQPLACVLKA TVQAPGPPGL LDGTADDATT VDTLLASKSS CAGLLCRTLA HLEELQPLPQ RPSPWPQASL LGAT VTVLR LCDGSAAPAS SVGGHLCGTL AGCVRVQRAA LDFLGTLSQG TGPQELVTQA LAVLLECLES PGSSPTVLKK AFQAT LRWL LSSPKTPGCS DLGPLIPQFL RELFPVLQKR LCHPCWEVRD SALEFLTQLS RHWGGQADFR CALLASEVPQ LALQLL QDP ESYVRASAVT AMGQLSSQGL HAPTSPEHAE ARQSLFLELL HILSVDSEGF PRRAVMQVFT EWLRDGHADA AQDTEQF VA TVLQAASRDL DWEVRAQGLE LALVFLGQTL GPPRTHCPYA VALPEVAPAQ PLTEALRALC HVGLFDFAFC ALFDCDRP V AQKSCDLLLF LRDKIASYSS LREARGSPNT ASAEATLPRW RAGEQAQPPG DQEPEAVLAM LRSLDLEGLR STLAESSDH VEKSPQSLLQ DMLATGGFLQ GDEADCY UniProtKB: BRCA1-associated ATM activator 1 |
-分子 #2: Integrator complex subunit 9
分子 | 名称: Integrator complex subunit 9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 73.891219 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: MKLYCLSGHP TLPCNVLKFK STTIMLDCGL DMTSTLNFLP LPLVQSPRLS NLPGWSLKDG NAFLDKELKE CSGHVFVDSV PEFCLPETE LIDLSTVDVI LISNYHCMMA LPYITEHTGF TGTVYATEPT VQIGRLLMEE LVNFIERVPK AQSASLWKNK D IQRLLPSP ...文字列: MKLYCLSGHP TLPCNVLKFK STTIMLDCGL DMTSTLNFLP LPLVQSPRLS NLPGWSLKDG NAFLDKELKE CSGHVFVDSV PEFCLPETE LIDLSTVDVI LISNYHCMMA LPYITEHTGF TGTVYATEPT VQIGRLLMEE LVNFIERVPK AQSASLWKNK D IQRLLPSP LKDAVEVSTW RRCYTMQEVN SALSKIQLVG YSQKIELFGA VQVTPLSSGY ALGSSNWIIQ SHYEKVSYVS GS SLLTTHP QPMDQASLKN SDVLVLTGLT QIPTANPDGM VGEFCSNLAL TVRNGGNVLV PCYPSGVIYD LLECLYQYID SAG LSSVPL YFISPVANSS LEFSQIFAEW LCHNKQSKVY LPEPPFPHAE LIQTNKLKHY PSIHGDFSND FRQPCVVFTG HPSL RFGDV VHFMELWGKS SLNTVIFTEP DFSYLEALAP YQPLAMKCIY CPIDTRLNFI QVSKLLKEVQ PLHVVCPEQY TQPPP AQSH RMDLMIDCQP PAMSYRRAEV LALPFKRRYE KIEIMPELAD SLVPMEIKPG ISLATVSAVL HTKDNKHLLQ PPPRPA QPT SGKKRKRVSD DVPDCKVLKP LLSGSIPVEQ FVQTLEKHGF SDIKVEDTAK GHIVLLQEAE TLIQIEEDST HIICDND EM LRVRLRDLVL KFLQKF UniProtKB: Integrator complex subunit 9 |
-分子 #3: Integrator complex subunit 11
分子 | 名称: Integrator complex subunit 11 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 68.997906 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: GPSDPGPKRA EFMPEIRVTP LGAGQDVGRS CILVSIAGKN VMLDCGMHMG FNDDRRFPDF SYITQNGRLT DFLDCVIISH FHLDHCGAL PYFSEMVGYD GPIYMTHPTQ AICPILLEDY RKIAVDKKGE ANFFTSQMIK DCMKKVVAVH LHQTVQVDDE L EIKAYYAG ...文字列: GPSDPGPKRA EFMPEIRVTP LGAGQDVGRS CILVSIAGKN VMLDCGMHMG FNDDRRFPDF SYITQNGRLT DFLDCVIISH FHLDHCGAL PYFSEMVGYD GPIYMTHPTQ AICPILLEDY RKIAVDKKGE ANFFTSQMIK DCMKKVVAVH LHQTVQVDDE L EIKAYYAG HVLGAAMFQI KVGSESVVYT GDYNMTPDRH LGAAWIDKCR PNLLITESTY ATTIRDSKRC RERDFLKKVH ET VERGGKV LIPVFALGRA QELCILLETF WERMNLKVPI YFSTGLTEKA NHYYKLFIPW TNQKIRKTFV QRNMFEFKHI KAF DRAFAD NPGPMVVFAT PGMLHAGQSL QIFRKWAGNE KNMVIMPGYC VQGTVGHKIL SGQRKLEMEG RQVLEVKMQV EYMS FSAHA DAKGIMQLVG QAEPESVLLV HGEAKKMEFL KQKIEQELRV NCYMPANGET VTLPTSPSIP VGISLGLLKR EMAQG LLPE AKKPRLLHGT LIMKDSNFRL VSSEQALKEL GLAEHQLRFT CRVHLHDTRK EQETALRVYS HLKSVLKDHC VQHLPD GSV TVESVLLQAA APSEDPGTKV LLVSWTYQDE ELGSFLTSLL KKGLPQAPS UniProtKB: Integrator complex subunit 11 |
-分子 #4: Integrator complex subunit 4
分子 | 名称: Integrator complex subunit 4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 109.271836 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() |
配列 | 文字列: GPSDPGPKRA MAAHLKKRVY EEFTKVVQPQ EEIATKKLRL TKPSKSAALH IDLCKATSPA DALQYLLQFA RKPVEAESVE GVVRILLEH YYKENDPSVR LKIASLLGLL SKTAGFSPDC IMDDAINILQ NEKSHQVLAQ LLDTLLAIGT KLPENQAIQM R LVDVACKH ...文字列: GPSDPGPKRA MAAHLKKRVY EEFTKVVQPQ EEIATKKLRL TKPSKSAALH IDLCKATSPA DALQYLLQFA RKPVEAESVE GVVRILLEH YYKENDPSVR LKIASLLGLL SKTAGFSPDC IMDDAINILQ NEKSHQVLAQ LLDTLLAIGT KLPENQAIQM R LVDVACKH LTDTSHGVRN KCLQLLGNLG SLEKSVTKDA EGLAARDVQK IIGDYFSDQD PRVRTAAIKA MLQLHERGLK LH QTIYNQA CKLLSDDYEQ VRSAAVQLIW VVSQLYPESI VPIPSSNEEI RLVDDAFGKI CHMVSDGSWV VRVQAAKLLG SME QVSSHF LEQTLDKKLM SDLRRKRTAH ERAKELYSSG EFSSGRKWGD DAPKEEVDTG AVNLIESGAC GAFVHGLEDE MYEV RIAAV EALCMLAQSS PSFAEKCLDF LVDMFNDEIE EVRLQSIHTM RKISNNITLR EDQLDTVLAV LEDSSRDIRE ALHEL LCCT NVSTKEGIHL ALVELLKNLT KYPTDRDSIW KCLKFLGSRH PTLVLPLVPE LLSTHPFFDT AEPDMDDPAY IAVLVL IFN AAKTCPTMPA LFSDHTFRHY AYLRDSLSHL VPALRLPGRK LVSSAVSPSI IPQEDPSQQF LQQSLERVYS LQHLDPQ GA QELLEFTIRD LQRLGELQSE LAGVADFSAT YLRCQLLLIK ALQEKLWNVA APLYLKQSDL ASAAAKQIME ETYKMEFM Y SGVENKQVVI IHHMRLQAKA LQLIVTARTT RGLDPLFGMC EKFLQEVDFF QRYFIADLPH LQDSFVDKLL DLMPRLMTS KPAEVVKILQ TMLRQSAFLH LPLPEQIHKA SATIIEPAGE SDNPLRFTSG LVVALDVDAT LEHVQDPQNT VKVQVLYPDG QAQMIHPKP ADFRNPGPGR HRLITQVYLS HTAWTEACQV EVRLLLAYNS SARIPKCPWM EGGEMSPQVE TSIEGTIPFS K PVKVYIMP KPARR UniProtKB: Integrator complex subunit 4 |
-分子 #5: ZINC ION
分子 | 名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: ZN |
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分子量 | 理論値: 65.409 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE-PROPANE |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 59.5 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 3.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.3 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |