[日本語] English
万見
- EMDB-18829: MUC5AC D3 assembly. SNPs rs36189285, rs878913005: Arg996Gln, Arg1... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18829
タイトルMUC5AC D3 assembly. SNPs rs36189285, rs878913005: Arg996Gln, Arg1201Trp.
マップデータ
試料
  • 複合体: MUC5AC D3 assembly
    • タンパク質・ペプチド: Mucin-5AC
  • リガンド: CALCIUM ION
キーワードgelforming glycoprotein / Mucin / STRUCTURAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


mucus layer / Defective GALNT3 causes HFTC / Defective C1GALT1C1 causes TNPS / Defective GALNT12 causes CRCS1 / Termination of O-glycan biosynthesis / O-linked glycosylation of mucins / extracellular matrix structural constituent / Dectin-2 family / extracellular matrix / Golgi lumen ...mucus layer / Defective GALNT3 causes HFTC / Defective C1GALT1C1 causes TNPS / Defective GALNT12 causes CRCS1 / Termination of O-glycan biosynthesis / O-linked glycosylation of mucins / extracellular matrix structural constituent / Dectin-2 family / extracellular matrix / Golgi lumen / extracellular space / extracellular exosome / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
WxxW domain / Mucin-2 protein WxxW repeating region / : / C8 domain / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain / VWFD domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type D domain ...WxxW domain / Mucin-2 protein WxxW repeating region / : / C8 domain / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain / VWFD domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type D domain / C-terminal cystine knot signature. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / Trypsin Inhibitor-like, cysteine rich domain / Serine protease inhibitor-like superfamily / Trypsin Inhibitor like cysteine rich domain / C-terminal cystine knot domain profile. / Cystine knot, C-terminal / C-terminal cystine knot-like domain (CTCK) / VWFC domain signature. / VWFC domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / VWFC domain
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Trillo-Muyo S / Hansson GC
資金援助European Union, 米国, スウェーデン, 4件
OrganizationGrant number国
European Research Council (ERC)694181European Union
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U01AI095473 米国
Swedish Research Council2017-00958 スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation2017-0028 スウェーデン
引用ジャーナル: EMBO Rep / 年: 2025
タイトル: Structure of the MUC5AC VWD3 assembly responsible for the formation of net-like mucin polymers.
著者: Sergio Trillo-Muyo / Anna Ermund / Gunnar C Hansson /
要旨: Gel-forming mucins MUC5AC and MUC5B constitute the main structural component of the mucus in the respiratory system. Secreted mucins interact specifically with each other and other molecules giving ...Gel-forming mucins MUC5AC and MUC5B constitute the main structural component of the mucus in the respiratory system. Secreted mucins interact specifically with each other and other molecules giving mucus specific properties. We determined the cryoEM structures of the wild type D3 assembly of the human MUC5AC mucin and the structural single nucleotide polymorphisms (SNP) variants Arg996Gln and Arg1201Trp that affect intermolecular interactions. Our structures explain the MUC5AC N-terminal non-covalent oligomerization after secretion. The D3 assembly forms covalent dimers that can appear in two alternative conformations, open and closed, where the closed conformation dimers interact through an arginine-rich loop in the TIL3 domain to form tetramers. Our study provides a model to explain MUC5AC net-like structures and how the two SNPs will affect mucus organization, something that might affect lung and other diseases.
履歴
登録2023年11月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2025年3月12日-
マップ公開2025年3月12日-
更新2025年4月2日-
現状2025年4月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_18829.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18829.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 64 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 216.678 Å		0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 216.678 Å		0.85 Å/pix.
x 256 pix.
= 216.678 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.8464 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.11
最小 - 最大-0.20099755 - 0.4583895
平均 (標準偏差)0.0015402597 (±0.013546997)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ256256256
Spacing256256256
セルA=B=C: 216.6784 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_18829_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_18829_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : MUC5AC D3 assembly

全体名称: MUC5AC D3 assembly
要素
  • 複合体: MUC5AC D3 assembly
    • タンパク質・ペプチド: Mucin-5AC
  • リガンド: CALCIUM ION

-
超分子 #1: MUC5AC D3 assembly

超分子名称: MUC5AC D3 assembly / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

-
分子 #1: Mucin-5AC

分子名称: Mucin-5AC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 55.587156 KDa
組換発現生物種: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
配列文字列: DAAQPARRAV RSSRHHHHHH GSATCAVYGD GHYLTFDGQS YSFNGDCEYT LVQNHCGGKD STQDSFRVVT ENVPCGTTGT TCSKAIKIF LGGFELKLSH GKVEVIGTDE SQEVPYTIQQ MGIYLVVDTD IGLVLLWDKK TSIFINLSPE FKGRVCGLCG N FDDIAVND ...文字列:
DAAQPARRAV RSSRHHHHHH GSATCAVYGD GHYLTFDGQS YSFNGDCEYT LVQNHCGGKD STQDSFRVVT ENVPCGTTGT TCSKAIKIF LGGFELKLSH GKVEVIGTDE SQEVPYTIQQ MGIYLVVDTD IGLVLLWDKK TSIFINLSPE FKGRVCGLCG N FDDIAVND FATRSRSVVG DVLEFGNSWK LSPSCPDALA PKDPCTANPF RKSWAQKQCS ILHGPTFAAC HAHVEPARYY EA CVNDACA CDSGGDCECF CTAVAAYAQA CHEVGLCVSW RTPSICPLFC DYYNPEGQCE WHYQPCGVPC LRTCRNPRGD CLR DVWGLE GCYPKCPPEA PIFDEDKMQC VATCPTPPLP PRCHVHGKSY RPGAVVPSDK NCQSCLCTER GVECTYKAEA CVCT YNGQR FHPGDVIYHT TDGTGGCISA RCGANGTIER RVYPCSPTTP VPPTTFSFST PPLVVSSTHT PSNGPSSAHT GPPSS AWPT TAGTDDDDKT SEQKLISEED LSRKLTR

UniProtKB: Mucin-5AC

-
分子 #2: CALCIUM ION

分子名称: CALCIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 2 / 式: CA
分子量理論値: 40.078 Da

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

濃度0.28 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMNH2C(CH2OH)3.HClTris-HCl
150.0 mMNaClSodium Chloride
10.0 mMCaCl2Calcium Chloride
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 7125 / 平均電子線量: 1.26 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.75 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

+
画像解析

初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1) / 使用した粒子像数: 330230
初期 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
最終 角度割当タイプ: ANGULAR RECONSTITUTION / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

-
原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

8qtv


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-8r1z:
MUC5AC D3 assembly. SNPs rs36189285, rs878913005: Arg996Gln, Arg1201Trp.

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る