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- EMDB-18826: In situ sub-tomogram average of the E. coli 70S ribosome obtained... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18826
タイトルIn situ sub-tomogram average of the E. coli 70S ribosome obtained using honeycomb gold supports
マップデータA sub-tomogram average of the 70S ribosome with E-site tRNA bound, obtained from FIB-milled vertically trapped Escherichia coli cells.
試料
  • 複合体: 70S ribosome with E-site tRNA
キーワードribosome / tomography / sub-tomogram averaging
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.7 Å
データ登録者Hale VL / Hooker JA / Russo CJ / Lowe J
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom) 英国
引用ジャーナル: J Struct Biol / 年: 2024
タイトル: Honeycomb gold specimen supports enabling orthogonal focussed ion beam-milling of elongated cells for cryo-ET.
著者: Victoria L Hale / James Hooker / Christopher J Russo / Jan Löwe /
要旨: Cryo-focussed ion beam (FIB)-milling is a powerful technique that opens up thick, cellular specimens to high-resolution structural analysis by electron cryotomography (cryo-ET). FIB-milled lamellae ...Cryo-focussed ion beam (FIB)-milling is a powerful technique that opens up thick, cellular specimens to high-resolution structural analysis by electron cryotomography (cryo-ET). FIB-milled lamellae can be produced from cells on grids, or cut from thicker, high-pressure frozen specimens. However, these approaches can put geometrical constraints on the specimen that may be unhelpful, particularly when imaging structures within the cell that have a very defined orientation. For example, plunge frozen rod-shaped bacteria orient parallel to the plane of the grid, yet the Z-ring, a filamentous structure of the tubulin-like protein FtsZ and the key organiser of bacterial division, runs around the circumference of the cell such that it is perpendicular to the imaging plane. It is therefore difficult or impractical to image many complete rings with current technologies. To circumvent this problem, we have fabricated monolithic gold specimen supports with a regular array of cylindrical wells in a honeycomb geometry, which trap bacteria in a vertical orientation. These supports, which we call "honeycomb gold discs", replace standard EM grids and when combined with FIB-milling enable the production of lamellae containing cross-sections through cells. The resulting lamellae are more stable and resistant to breakage and charging than conventional lamellae. The design of the honeycomb discs can be modified according to need and so will also enable cryo-ET and cryo-EM imaging of other specimens in otherwise difficult to obtain orientations.
履歴
登録2023年11月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年6月5日-
マップ公開2024年6月5日-
更新2024年6月5日-
現状2024年6月5日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18826.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18826.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 28.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈A sub-tomogram average of the 70S ribosome with E-site tRNA bound, obtained from FIB-milled vertically trapped Escherichia coli cells.
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.659 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.00178
最小 - 最大-0.004542594 - 0.0090929065
平均 (標準偏差)-0.000015406655 (±0.00037909532)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ196196196
Spacing196196196
セルA=B=C: 521.164 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_18826_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_18826_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 70S ribosome with E-site tRNA

全体名称: 70S ribosome with E-site tRNA
要素
  • 複合体: 70S ribosome with E-site tRNA

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超分子 #1: 70S ribosome with E-site tRNA

超分子名称: 70S ribosome with E-site tRNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 詳細: Native ribosomes
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌) / 株: C41(DE3) / 細胞中の位置: cytoplasm
分子量理論値: 2.5 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析サブトモグラム平均法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.7
グリッド材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 240 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.025 kPa / 詳細: 30 mA, 2 minutes per side
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: HOMEMADE PLUNGER / 詳細: Manually back-blotted at room temperature.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4088 pixel / 実像数: 5 / 平均露光時間: 0.3 sec. / 平均電子線量: 3.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 6.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 倍率（公称値）: 33000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 6.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: Warp (ver. 1.0.9) / ソフトウェア - 詳細: M / 使用したサブトモグラム数: 15500
抽出トモグラム数: 23 / 使用した粒子像数: 83000
ソフトウェア: (名称: crYOLO (ver. 1.8.3), Warp (ver. 1.0.9))
最終 角度割当タイプ: PROJECTION MATCHING / ソフトウェア - 名称: Warp (ver. 1.0.9) / ソフトウェア - 詳細: M
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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