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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||||||||||||||
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タイトル | Structure of avian H5N1 influenza A polymerase in complex with human ANP32B. | |||||||||||||||||||||
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![]() | Influenza virus / replication platform / H5N1 / influenza adaptive mutations / host adaptation / viral polymerase / cryo-EM / HPAI. / VIRAL PROTEIN | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | ![]() ventricular system development / vasculature development / RNA polymerase binding / roof of mouth development / cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / inner ear development / negative regulation of cell differentiation / positive regulation of protein export from nucleus ...ventricular system development / vasculature development / RNA polymerase binding / roof of mouth development / cap snatching / viral transcription / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / inner ear development / negative regulation of cell differentiation / positive regulation of protein export from nucleus / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / nucleosome assembly / histone binding / endonuclease activity / regulation of apoptotic process / host cell cytoplasm / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / host cell nucleus / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.1 Å | |||||||||||||||||||||
![]() | Carrique L / Staller E / Keown JR / Fan H / Fodor E / Grimes JM | |||||||||||||||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structures of H5N1 influenza polymerase with ANP32B reveal mechanisms of genome replication and host adaptation. 著者: Ecco Staller / Loïc Carrique / Olivia C Swann / Haitian Fan / Jeremy R Keown / Carol M Sheppard / Wendy S Barclay / Jonathan M Grimes / Ervin Fodor / ![]() ![]() 要旨: Avian influenza A viruses (IAVs) pose a public health threat, as they are capable of triggering pandemics by crossing species barriers. Replication of avian IAVs in mammalian cells is hindered by ...Avian influenza A viruses (IAVs) pose a public health threat, as they are capable of triggering pandemics by crossing species barriers. Replication of avian IAVs in mammalian cells is hindered by species-specific variation in acidic nuclear phosphoprotein 32 (ANP32) proteins, which are essential for viral RNA genome replication. Adaptive mutations enable the IAV RNA polymerase (FluPolA) to surmount this barrier. Here, we present cryo-electron microscopy structures of monomeric and dimeric avian H5N1 FluPolA with human ANP32B. ANP32B interacts with the PA subunit of FluPolA in the monomeric form, at the site used for its docking onto the C-terminal domain of host RNA polymerase II during viral transcription. ANP32B acts as a chaperone, guiding FluPolA towards a ribonucleoprotein-associated FluPolA to form an asymmetric dimer-the replication platform for the viral genome. These findings offer insights into the molecular mechanisms governing IAV genome replication, while enhancing our understanding of the molecular processes underpinning mammalian adaptations in avian-origin FluPolA. #1: ![]() タイトル: CryoEM architecture of a native stretch-sensitive membrane microdomain 著者: Kefauver JM / Hakala M / Zou L / Alba J / Espadas Moreno J / Tettamanti MG / Estrozi L / Vanni S / Roux A / Desfosses A / Loewith R | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 97.1 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 26.3 KB 26.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 9.9 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 80.9 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 103 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 8.6 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 95.6 MB 95.6 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 8r1lMC ![]() 8r1jC M: このマップから作成された原子モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.932 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_18822_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_18822_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : Avian H5N1 apo influenza A polymerase in complex with human ANP32B.
全体 | 名称: Avian H5N1 apo influenza A polymerase in complex with human ANP32B. |
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要素 |
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-超分子 #1: Avian H5N1 apo influenza A polymerase in complex with human ANP32B.
超分子 | 名称: Avian H5N1 apo influenza A polymerase in complex with human ANP32B. タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: A/turkey/Turkey/1/2005(H5N1) |
-分子 #1: Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member B
分子 | 名称: Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member B タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 28.816652 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MDMKRRIHLE LRNRTPAAVR ELVLDNCKSN DGKIEGLTAE FVNLEFLSLI NVGLISVSNL PKLPKLKKLE LSENRIFGGL DMLAEKLPN LTHLNLSGNK LKDISTLEPL KKLECLKSLD LFNCEVTNLN DYRESVFKLL PQLTYLDGYD REDQEAPDSD A EVDGVDEE ...文字列: MDMKRRIHLE LRNRTPAAVR ELVLDNCKSN DGKIEGLTAE FVNLEFLSLI NVGLISVSNL PKLPKLKKLE LSENRIFGGL DMLAEKLPN LTHLNLSGNK LKDISTLEPL KKLECLKSLD LFNCEVTNLN DYRESVFKLL PQLTYLDGYD REDQEAPDSD A EVDGVDEE EEDEEGEDEE DEDDEDGEEE EFDEEDDEDE DVEGDEDDDE VSEEEEEFGL DEEDEDEDED EEEEEGGKGE KR KRETDDE GEDD UniProtKB: Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member B |
-分子 #2: Polymerase acidic protein
分子 | 名称: Polymerase acidic protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: Polymerase Acidic Protein A / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: Influenza A virus (A/turkey/Turkey/1/2005(H5N1)) |
分子量 | 理論値: 82.600281 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MEDFVRQCFN PMIVELAEKA MKEYGEDPKI ETNKFAAICT HLEVCFMYSD FHFIDERSES IIVESGDPNA LLKHRFEIIE GRDRTMAWT VVNSICNTTG VEKPKFLPDL YDYKENRFIE IGVTRREVHT YYLEKANKIK SEKTHIHIFS FTGEEMATKA D YTLDEESR ...文字列: MEDFVRQCFN PMIVELAEKA MKEYGEDPKI ETNKFAAICT HLEVCFMYSD FHFIDERSES IIVESGDPNA LLKHRFEIIE GRDRTMAWT VVNSICNTTG VEKPKFLPDL YDYKENRFIE IGVTRREVHT YYLEKANKIK SEKTHIHIFS FTGEEMATKA D YTLDEESR ARIKTRLFTI RQEMATRGLW DSFRQSERGE ETIEEKFEIT GTMRRLADQS LPPNFSSLEN FRAYVDGFEP NG CIEGKLS QMSKEVNARI EPFLKTTPRP LKLPDGPPCS QRSKFLLMDA LKLSIEDPSH EGEGIPLYDA IKCMKTFFGW KEP NIVKPH EKGINPNYLL TWKQVLAELQ DIENEEKIPK TKNMKKTSQL RWALGENMAP EKVDFEDCKD VSDLKQYDSD EPES RSLAS WIQSEFNKAC ELTDSSWIEL DEIGEDVAPI EHIASMRRNY FTAEVSHCRA TEYIMKGVYI NTALLNASCA AMDDF QLIP MISKCRTKEG RRKTNLYGFI IKGRSHLRND TDVVNFVSME FSLTDPRLEP HKWEKYCVLE IGNMLLRTAV GRVSRP MFL YVRTNGTSKI KMKWGMEMRR CLLQSLQQIE SMIEAESSVK EKDMTKEFFE NKSETWPIGE SPKGVEEGSI GKVCRTL LA KSVFNSLYAS SQLEGFSAES RKLLLIAQAL RDNLEPGTFD LGGLYEAIEE CLINDPWVLL NASWFNSFLA HALK UniProtKB: Polymerase acidic protein |
-分子 #3: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
分子 | 名称: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: Influenza A virus (A/turkey/Turkey/1/2005(H5N1)) |
分子量 | 理論値: 86.616312 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MDVNPTLLFL KVPVQNAIST TFPYTGDPPY SHGTGTGYTM DTVNRTHQYS EKGKWTKNTE TGAPQLNPID GPLPEDNEPS GYAQTDCVL EAMAFLEESH PGIFENSCLE TMEIVQQTRV DKLTQGRQTY DWTLNRNQPA ATALANTIEI FRSNGLTANE S GRLIDFLK ...文字列: MDVNPTLLFL KVPVQNAIST TFPYTGDPPY SHGTGTGYTM DTVNRTHQYS EKGKWTKNTE TGAPQLNPID GPLPEDNEPS GYAQTDCVL EAMAFLEESH PGIFENSCLE TMEIVQQTRV DKLTQGRQTY DWTLNRNQPA ATALANTIEI FRSNGLTANE S GRLIDFLK DVMESMDKEE MEITTHFQRK RRVRDNMTKK MVTQRTIGKK KQRLNKKSYL IRALTLNTMT KDAERGKLKR RA IATPGMQ IRGFVYFVET LARSICEKLE QSGLPVGGNE KKAKLANVVR KMMTNSQDTE LSFTITGDNT KWNENQNPRM FLA MITYIT RNQPEWFRNV LSIAPIMFSN KMARLGRGYM FESKSMKLRT QIPAEMLANI DLKYFNELTK KKIEKIRPLL IDGT ASLSP GMMMGMFNML STVLGVSILN LGQKRYTKTT YWWDGLQSSD DFALIVNAPN HEGIQAGVDR FYRTCKLVGI NMSKK KSYI NRTGTFEFTS FFYRYGFVAN FSMELPSFGV SGINESADMS IGVTVIKNNM INNDLGPATA QMALQLFIKD YRYTYR CHR GDTQIQTRRS FELEKLWEQT RSKAGLLVSD GGPNLYNIRN LHIPEVCLKW ELMDEDYQGR LCNPLNPFVS HKEIESV NN AVVMPAHGPA KSMEYDAVAT THSWIPKRNR SILNTSQRGI LEDEQMYQKC CNLFEKFFPS SSYRRPVGIS SMVEAMVS R ARIDARIDFE SGRIKKEEFA EIMKICSTIE ELRRPK UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit |
-分子 #4: Polymerase basic protein 2
分子 | 名称: Polymerase basic protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() 株: Influenza A virus (A/turkey/Turkey/1/2005(H5N1)) |
分子量 | 理論値: 101.380016 KDa |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MERIKELRDL MSQSRTREIL TKTTVDHMAI IKKYTSGRQE KNPALRMKWM MAMKYPITAD KRIIEMIPER NEQGQTLWSK TNDAGSDRV MVSPLAVTWW NRNGPTTSTV HYPKVYKTYF EKVERLKHGT FGPVHFRNQV KIRRRVDTNP GHADLSAKEA Q DVIMEVVF ...文字列: MERIKELRDL MSQSRTREIL TKTTVDHMAI IKKYTSGRQE KNPALRMKWM MAMKYPITAD KRIIEMIPER NEQGQTLWSK TNDAGSDRV MVSPLAVTWW NRNGPTTSTV HYPKVYKTYF EKVERLKHGT FGPVHFRNQV KIRRRVDTNP GHADLSAKEA Q DVIMEVVF PNEVGARILT SESQLTITKE KKEELQDCKI APLMVAYMLE RELVRKTRFL PVAGGTSSVY IEVLHLTQGT CW EQMYTPG GEVRNDDVDQ SLIIAARNIV RRATVSADPL ASLLEMCHST QIGGIRMVDI LRQNPTEEQA VDICKAAMGL RIS SSFSFG GFTFKRTSGS SVTKEEEVLT GNLQTLKIRV HEGYEEFTMV GQRATAILRK ATRRLIQLIV SGRNEQSIAE AIIV AMVFS QEDCMIKAVR GDLNFVNRAN QRLNPMHQLL RHFQKDAKVL FQNWGTEPID NVMGMIGILP DMTPSTEMSL RGVRV SKMG VDEYSSTERV VVSIDRFLRV RDQRGNVLLS PEEVSETQGT EKLTITYSSS MMWEINGPES VLVNTYQWII RNWETV KIQ WSQDPTMLYN KMEFEPFQSL VPKAARGQYS GFVRTLFQQM RDVLGTFDTV QIIKLLPFAA APPKQSRMQF SSLTVNV RG SGMRILIRGN SPVFNYNKAT KRLTVLGKDA GALTEDPDEG TAGVESAVLR GFLILGKEDK RYGPALSINE LSNLAKGE K ANVLIGQGDV VLVMKRKRDS SILTDSQTAT KRIRMAINEL KTAALAQHDE AVDNKFNKEQ QNAFYEILHL PNLNEEQRN AFIQSLKDDP SQSANLLAEA KKLNDAQAPK VDNKFNKEQQ NAFYEILHLP NLNEEQRNAF IQSLKADPSQ SANLLAEAKK LNGAQAPKV DANSAGKST |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
濃度 | 0.3 mg/mL | ||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY | ||||||||
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 24.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 5.0 µm |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |