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- EMDB-18818: Structure of avian H5N1 influenza A polymerase dimer in complex w... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18818
タイトルStructure of avian H5N1 influenza A polymerase dimer in complex with human ANP32B.
マップデータ
試料
  • 複合体: Structure of avian H5N1 influenza A polymerase dimer in complex with human ANP32B.
    • タンパク質・ペプチド: Polymerase acidic protein
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
    • タンパク質・ペプチド: Polymerase basic protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member B
キーワードInfluenza virus / replication platform / H5N1 / influenza adaptive mutations / host adaptation / viral polymerase / cryo-EM / HPAI. / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


ventricular system development / vasculature development / RNA polymerase binding / roof of mouth development / cap snatching / viral transcription / inner ear development / negative regulation of cell differentiation / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / positive regulation of protein export from nucleus ...ventricular system development / vasculature development / RNA polymerase binding / roof of mouth development / cap snatching / viral transcription / inner ear development / negative regulation of cell differentiation / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / positive regulation of protein export from nucleus / : / nucleosome assembly / histone binding / endonuclease activity / regulation of apoptotic process / host cell cytoplasm / RNA-directed RNA polymerase / viral translational frameshifting / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / host cell nucleus / RNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 / U2A'/phosphoprotein 32 family A, C-terminal / occurring C-terminal to leucine-rich repeats / Leucine-rich repeat / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Polymerase acidic protein / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA ...Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 / U2A'/phosphoprotein 32 family A, C-terminal / occurring C-terminal to leucine-rich repeats / Leucine-rich repeat / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PB1 / Polymerase acidic protein / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA, endonuclease domain / Influenza RNA-dependent RNA polymerase subunit PA / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile. / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / Polymerase acidic protein / Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member B
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) / Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Carrique L / Staller E / Keown JR / Fan H / Fodor E / Grimes JM
資金援助 英国, 6件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust200835/Z/16/Z 英国
Wellcome Trust222510/Z/21/Z 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MR/R009945/1 英国
Wellcome Trust093305/Z/10/Z 英国
Wellcome Trust060208/Z/00/Z 英国
Wellcome Trust203141/Z/16/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structures of H5N1 influenza polymerase with ANP32B reveal mechanisms of genome replication and host adaptation.
著者: Ecco Staller / Loïc Carrique / Olivia C Swann / Haitian Fan / Jeremy R Keown / Carol M Sheppard / Wendy S Barclay / Jonathan M Grimes / Ervin Fodor /
要旨: Avian influenza A viruses (IAVs) pose a public health threat, as they are capable of triggering pandemics by crossing species barriers. Replication of avian IAVs in mammalian cells is hindered by ...Avian influenza A viruses (IAVs) pose a public health threat, as they are capable of triggering pandemics by crossing species barriers. Replication of avian IAVs in mammalian cells is hindered by species-specific variation in acidic nuclear phosphoprotein 32 (ANP32) proteins, which are essential for viral RNA genome replication. Adaptive mutations enable the IAV RNA polymerase (FluPolA) to surmount this barrier. Here, we present cryo-electron microscopy structures of monomeric and dimeric avian H5N1 FluPolA with human ANP32B. ANP32B interacts with the PA subunit of FluPolA in the monomeric form, at the site used for its docking onto the C-terminal domain of host RNA polymerase II during viral transcription. ANP32B acts as a chaperone, guiding FluPolA towards a ribonucleoprotein-associated FluPolA to form an asymmetric dimer-the replication platform for the viral genome. These findings offer insights into the molecular mechanisms governing IAV genome replication, while enhancing our understanding of the molecular processes underpinning mammalian adaptations in avian-origin FluPolA.
履歴
登録2023年11月2日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月8日-
マップ公開2024年5月8日-
更新2024年5月29日-
現状2024年5月29日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18818.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18818.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.24 Å/pix.
x 300 pix.
= 372.81 Å		1.24 Å/pix.
x 300 pix.
= 372.81 Å		1.24 Å/pix.
x 300 pix.
= 372.81 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.2427 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 5.84
最小 - 最大-29.041754000000001 - 43.207929999999998
平均 (標準偏差)0.0015852298 (±0.968764)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 372.81 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Structure of avian H5N1 influenza A polymerase dimer in complex w...

全体名称: Structure of avian H5N1 influenza A polymerase dimer in complex with human ANP32B.
要素
  • 複合体: Structure of avian H5N1 influenza A polymerase dimer in complex with human ANP32B.
    • タンパク質・ペプチド: Polymerase acidic protein
    • タンパク質・ペプチド: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit
    • タンパク質・ペプチド: Polymerase basic protein 2
    • タンパク質・ペプチド: Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member B

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超分子 #1: Structure of avian H5N1 influenza A polymerase dimer in complex w...

超分子名称: Structure of avian H5N1 influenza A polymerase dimer in complex with human ANP32B.
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/turkey/Turkey/1/2005(H5N1)
分子量理論値: 550 KDa

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分子 #1: Polymerase acidic protein

分子名称: Polymerase acidic protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/turkey/Turkey/1/2005(H5N1)
分子量理論値: 82.600281 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MEDFVRQCFN PMIVELAEKA MKEYGEDPKI ETNKFAAICT HLEVCFMYSD FHFIDERSES IIVESGDPNA LLKHRFEIIE GRDRTMAWT VVNSICNTTG VEKPKFLPDL YDYKENRFIE IGVTRREVHT YYLEKANKIK SEKTHIHIFS FTGEEMATKA D YTLDEESR ...文字列:
MEDFVRQCFN PMIVELAEKA MKEYGEDPKI ETNKFAAICT HLEVCFMYSD FHFIDERSES IIVESGDPNA LLKHRFEIIE GRDRTMAWT VVNSICNTTG VEKPKFLPDL YDYKENRFIE IGVTRREVHT YYLEKANKIK SEKTHIHIFS FTGEEMATKA D YTLDEESR ARIKTRLFTI RQEMATRGLW DSFRQSERGE ETIEEKFEIT GTMRRLADQS LPPNFSSLEN FRAYVDGFEP NG CIEGKLS QMSKEVNARI EPFLKTTPRP LKLPDGPPCS QRSKFLLMDA LKLSIEDPSH EGEGIPLYDA IKCMKTFFGW KEP NIVKPH EKGINPNYLL TWKQVLAELQ DIENEEKIPK TKNMKKTSQL RWALGENMAP EKVDFEDCKD VSDLKQYDSD EPES RSLAS WIQSEFNKAC ELTDSSWIEL DEIGEDVAPI EHIASMRRNY FTAEVSHCRA TEYIMKGVYI NTALLNASCA AMDDF QLIP MISKCRTKEG RRKTNLYGFI IKGRSHLRND TDVVNFVSME FSLTDPRLEP HKWEKYCVLE IGNMLLRTAV GRVSRP MFL YVRTNGTSKI KMKWGMEMRR CLLQSLQQIE SMIEAESSVK EKDMTKEFFE NKSETWPIGE SPKGVEEGSI GKVCRTL LA KSVFNSLYAS SQLEGFSAES RKLLLIAQAL RDNLEPGTFD LGGLYEAIEE CLINDPWVLL NASWFNSFLA HALK

UniProtKB: Polymerase acidic protein

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分子 #2: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

分子名称: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: RNA-directed RNA polymerase
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/turkey/Turkey/1/2005(H5N1)
分子量理論値: 86.616312 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDVNPTLLFL KVPVQNAIST TFPYTGDPPY SHGTGTGYTM DTVNRTHQYS EKGKWTKNTE TGAPQLNPID GPLPEDNEPS GYAQTDCVL EAMAFLEESH PGIFENSCLE TMEIVQQTRV DKLTQGRQTY DWTLNRNQPA ATALANTIEI FRSNGLTANE S GRLIDFLK ...文字列:
MDVNPTLLFL KVPVQNAIST TFPYTGDPPY SHGTGTGYTM DTVNRTHQYS EKGKWTKNTE TGAPQLNPID GPLPEDNEPS GYAQTDCVL EAMAFLEESH PGIFENSCLE TMEIVQQTRV DKLTQGRQTY DWTLNRNQPA ATALANTIEI FRSNGLTANE S GRLIDFLK DVMESMDKEE MEITTHFQRK RRVRDNMTKK MVTQRTIGKK KQRLNKKSYL IRALTLNTMT KDAERGKLKR RA IATPGMQ IRGFVYFVET LARSICEKLE QSGLPVGGNE KKAKLANVVR KMMTNSQDTE LSFTITGDNT KWNENQNPRM FLA MITYIT RNQPEWFRNV LSIAPIMFSN KMARLGRGYM FESKSMKLRT QIPAEMLANI DLKYFNELTK KKIEKIRPLL IDGT ASLSP GMMMGMFNML STVLGVSILN LGQKRYTKTT YWWDGLQSSD DFALIVNAPN HEGIQAGVDR FYRTCKLVGI NMSKK KSYI NRTGTFEFTS FFYRYGFVAN FSMELPSFGV SGINESADMS IGVTVIKNNM INNDLGPATA QMALQLFIKD YRYTYR CHR GDTQIQTRRS FELEKLWEQT RSKAGLLVSD GGPNLYNIRN LHIPEVCLKW ELMDEDYQGR LCNPLNPFVS HKEIESV NN AVVMPAHGPA KSMEYDAVAT THSWIPKRNR SILNTSQRGI LEDEQMYQKC CNLFEKFFPS SSYRRPVGIS SMVEAMVS R ARIDARIDFE SGRIKKEEFA EIMKICSTIE ELRRPK

UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase catalytic subunit

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分子 #3: Polymerase basic protein 2

分子名称: Polymerase basic protein 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/turkey/Turkey/1/2005(H5N1)
分子量理論値: 101.380016 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MERIKELRDL MSQSRTREIL TKTTVDHMAI IKKYTSGRQE KNPALRMKWM MAMKYPITAD KRIIEMIPER NEQGQTLWSK TNDAGSDRV MVSPLAVTWW NRNGPTTSTV HYPKVYKTYF EKVERLKHGT FGPVHFRNQV KIRRRVDTNP GHADLSAKEA Q DVIMEVVF ...文字列:
MERIKELRDL MSQSRTREIL TKTTVDHMAI IKKYTSGRQE KNPALRMKWM MAMKYPITAD KRIIEMIPER NEQGQTLWSK TNDAGSDRV MVSPLAVTWW NRNGPTTSTV HYPKVYKTYF EKVERLKHGT FGPVHFRNQV KIRRRVDTNP GHADLSAKEA Q DVIMEVVF PNEVGARILT SESQLTITKE KKEELQDCKI APLMVAYMLE RELVRKTRFL PVAGGTSSVY IEVLHLTQGT CW EQMYTPG GEVRNDDVDQ SLIIAARNIV RRATVSADPL ASLLEMCHST QIGGIRMVDI LRQNPTEEQA VDICKAAMGL RIS SSFSFG GFTFKRTSGS SVTKEEEVLT GNLQTLKIRV HEGYEEFTMV GQRATAILRK ATRRLIQLIV SGRNEQSIAE AIIV AMVFS QEDCMIKAVR GDLNFVNRAN QRLNPMHQLL RHFQKDAKVL FQNWGTEPID NVMGMIGILP DMTPSTEMSL RGVRV SKMG VDEYSSTERV VVSIDRFLRV RDQRGNVLLS PEEVSETQGT EKLTITYSSS MMWEINGPES VLVNTYQWII RNWETV KIQ WSQDPTMLYN KMEFEPFQSL VPKAARGQYS GFVRTLFQQM RDVLGTFDTV QIIKLLPFAA APPKQSRMQF SSLTVNV RG SGMRILIRGN SPVFNYNKAT KRLTVLGKDA GALTEDPDEG TAGVESAVLR GFLILGKEDK RYGPALSINE LSNLAKGE K ANVLIGQGDV VLVMKRKRDS SILTDSQTAT KRIRMAINEL KTAALAQHDE AVDNKFNKEQ QNAFYEILHL PNLNEEQRN AFIQSLKDDP SQSANLLAEA KKLNDAQAPK VDNKFNKEQQ NAFYEILHLP NLNEEQRNAF IQSLKADPSQ SANLLAEAKK LNGAQAPKV DANSAGKST

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分子 #4: Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member B

分子名称: Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member B
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.816652 KDa
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MDMKRRIHLE LRNRTPAAVR ELVLDNCKSN DGKIEGLTAE FVNLEFLSLI NVGLISVSNL PKLPKLKKLE LSENRIFGGL DMLAEKLPN LTHLNLSGNK LKDISTLEPL KKLECLKSLD LFNCEVTNLN DYRESVFKLL PQLTYLDGYD REDQEAPDSD A EVDGVDEE ...文字列:
MDMKRRIHLE LRNRTPAAVR ELVLDNCKSN DGKIEGLTAE FVNLEFLSLI NVGLISVSNL PKLPKLKKLE LSENRIFGGL DMLAEKLPN LTHLNLSGNK LKDISTLEPL KKLECLKSLD LFNCEVTNLN DYRESVFKLL PQLTYLDGYD REDQEAPDSD A EVDGVDEE EEDEEGEDEE DEDDEDGEEE EFDEEDDEDE DVEGDEDDDE VSEEEEEFGL DEEDEDEDED EEEEEGGKGE KR KRETDDE GEDD

UniProtKB: Acidic leucine-rich nuclear phosphoprotein 32 family member B

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.3 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度名称
25.0 mMHEPES
150.0 mMKCl
5.0 %Glycerol
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 293 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris X / エネルギーフィルター - スリット幅: 10 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 24.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 5.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成使用したクラス数: 2 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. V4.2) / 使用した粒子像数: 105000
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2)
最終 3次元分類クラス数: 10 / 平均メンバー数/クラス: 25000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2)

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原子モデル構築 1

初期モデル
Chain詳細PDB ID
source_name: AlphaFold, initial_model_type: in silico modelANP32 model
source_name: PDB, initial_model_type: experimental model

6rr7

精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8r1j:
Structure of avian H5N1 influenza A polymerase dimer in complex with human ANP32B.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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