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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18763 | |||||||||
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タイトル | Human CENP-A nucleosome assembled on alpha-satellite DNA in complex with CENP-B (partially unwrapped DNA) | |||||||||
マップデータ | Human CENP-A nucleosome assembled on alpha-satellite DNA in complex with CENP-B (partially unwrapped DNA) | |||||||||
試料 |
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キーワード | Nucleosome / centromere / centromeric / CENP-A / Histones / Human / DNA / DNA BINDING PROTEIN | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Ali-Ahmad A / Sekulic N | |||||||||
資金援助 | ノルウェー, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2023 タイトル: CENP-A and CENP-B collaborate to create an open centromeric chromatin state. 著者: Harsh Nagpal / Ahmad Ali-Ahmad / Yasuhiro Hirano / Wei Cai / Mario Halic / Tatsuo Fukagawa / Nikolina Sekulić / Beat Fierz / 要旨: Centromeres are epigenetically defined via the presence of the histone H3 variant CENP-A. Contacting CENP-A nucleosomes, the constitutive centromere associated network (CCAN) and the kinetochore ...Centromeres are epigenetically defined via the presence of the histone H3 variant CENP-A. Contacting CENP-A nucleosomes, the constitutive centromere associated network (CCAN) and the kinetochore assemble, connecting the centromere to spindle microtubules during cell division. The DNA-binding centromeric protein CENP-B is involved in maintaining centromere stability and, together with CENP-A, shapes the centromeric chromatin state. The nanoscale organization of centromeric chromatin is not well understood. Here, we use single-molecule fluorescence and cryoelectron microscopy (cryoEM) to show that CENP-A incorporation establishes a dynamic and open chromatin state. The increased dynamics of CENP-A chromatin create an opening for CENP-B DNA access. In turn, bound CENP-B further opens the chromatin fiber structure and induces nucleosomal DNA unwrapping. Finally, removal of CENP-A increases CENP-B mobility in cells. Together, our studies show that the two centromere-specific proteins collaborate to reshape chromatin structure, enabling the binding of centromeric factors and establishing a centromeric chromatin state. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18763.map.gz | 8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-18763-v30.xml emd-18763.xml | 17.3 KB 17.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_18763_fsc.xml | 5.2 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_18763.png | 45.2 KB | ||
マスクデータ | emd_18763_msk_1.map | 15.6 MB | マスクマップ | |
Filedesc metadata | emd-18763.cif.gz | 5.3 KB | ||
その他 | emd_18763_half_map_1.map.gz emd_18763_half_map_2.map.gz | 14.5 MB 14.5 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18763 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18763 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_18763_validation.pdf.gz | 957.8 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_18763_full_validation.pdf.gz | 957.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_18763_validation.xml.gz | 12.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_18763_validation.cif.gz | 15.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18763 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18763 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18763.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Human CENP-A nucleosome assembled on alpha-satellite DNA in complex with CENP-B (partially unwrapped DNA) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
投影像・断面図 | 画像のコントロール
画像は Spider により作成 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.584 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | emd_18763_msk_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #2
ファイル | emd_18763_half_map_1.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: #1
ファイル | emd_18763_half_map_2.map | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Human CENP-A nucleosome assembled on alpha-satellite DNA in compl...
全体 | 名称: Human CENP-A nucleosome assembled on alpha-satellite DNA in complex with CENP-B (partially unwrapped DNA) |
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要素 |
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-超分子 #1: Human CENP-A nucleosome assembled on alpha-satellite DNA in compl...
超分子 | 名称: Human CENP-A nucleosome assembled on alpha-satellite DNA in complex with CENP-B (partially unwrapped DNA) タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
-分子 #1: Human Histone CENP-A
分子 | 名称: Human Histone CENP-A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MARTKQTARK STGGKAPRKQ LATKAARKSA PATGGVKKPH RYRPGTVALR EIRKLQKSTH LLIRKLPFSR LAREICVKFT RGVDFNWQAQ ALLALQEAAE AFLVHLFEDA YLLTLHAGRV TLFPKDVQLA RRIRGLEEGL G |
-分子 #2: Human histone H4
分子 | 名称: Human histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: MSGRGKGGKG LGKGGAKRHR KVLRDNIQGI TKPAIRRLAR RGGVKRISGL IYEETRGVLK VFLENVIRDA VTYTEHAKRK TVTAMDVVYA LKRQGRTLYG FGG |
-分子 #3: Human histone H2A
分子 | 名称: Human histone H2A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: GPLGMSGRGK QGGKARAKAK SRSSRAGLQF PVGRVHRLLR KGNYAERVGA GAPVYMAAVL EYLTAEILEL AGNAARDNKK TRIIPRHLQL AIRNDEELNK LLGKVTIAQG GVLPNIQAVL LPKKTESHHK AKGK |
-分子 #4: Human histone H2B
分子 | 名称: Human histone H2B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) |
配列 | 文字列: MPEPAKSAPA PKKGSKKAVT KAQKKDGKKR KRSRKESYSV YVYKVLKQVH PDTGISSKAM GIMNSFVNDI FERIAGEASR LAHYNKRSTI TSREIQTAVR LLLPGELAKH AVSEGTKAVT KYTSSK |
-分子 #5: Human CENP-B
分子 | 名称: Human CENP-B / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: DSLEFIASKL AGPKRRQLTF REKSRIIQEV EENPDLRKGE IARRFNIPPS TLSTILKNKR AILASERKYG VASTCRKTNK LSPYDKLEGL LIAWFQQIRA AGLPVKGIIL KEKALRIAEE LGMDDFTASN GWLDRFRRRH GVVSCSGVAR ARARNAAPRT PAAPASPAAV ...文字列: DSLEFIASKL AGPKRRQLTF REKSRIIQEV EENPDLRKGE IARRFNIPPS TLSTILKNKR AILASERKYG VASTCRKTNK LSPYDKLEGL LIAWFQQIRA AGLPVKGIIL KEKALRIAEE LGMDDFTASN GWLDRFRRRH GVVSCSGVAR ARARNAAPRT PAAPASPAAV PSEGSGGSTT GWRAREEQPP SVAEGYASQD VFSATETSLW YDFLPDQAAG LCGGDGRPRQ ATQRLSVLLC ANADGSEKLP PLVAGKSAKP RAGQAGLPCD YTANSKGGVT TQALAKYLKA LDTRMAAESR RVLLLAGRLA AQSLDTSGLR HVQLAFFPPG TVHPLERGVV QQVKGHYRQA MLLKAMAALE GQDPSGLQLG LTEALHFVAA AWQAVEPSDI AACFREAGFG GGPNATITTS LKSEGEEEEE EEEEEEEEEG EGEEEEEEGE EEEEEGGEGE ELGEEEEVEE EGDVDSDEEE EEDEESSSEG LEAEDWAQGV VEAGGSFGAY GAQEEAQCPT LHFLEGGEDS DSDSEEEDDE EEDDEDEDDD DDEEDGDEVP VPSFGEAMAY FAMVKRYLTS FPIDDRVQSH ILHLEHDLVH VTRKNHARQA GVRGLGHQSP HHHHHH |
-分子 #6: Human alpha-satellite DNA
分子 | 名称: Human alpha-satellite DNA / タイプ: dna / ID: 6 / 分類: DNA |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
配列 | 文字列: GGAGGATTTC GTTGGAAACG GGATCAACTT CCCATAACTG AACGGAAGCA AACTCAGAAC ATTCTTTGTG ATGTTTGTAT TCAACTCACA GAGTTGAACC TTCCTTTGAT AGTTCAGGTT TGCAACACCC TTGTAGTAGA ATCTGCAAGT GTATATTTTG ACCACTTTGG A |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |