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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18687
タイトルCryo-EM Structure of Regulated CBS Domain-Containing Pyrophosphatase without One Catalytic Domain
マップデータ
試料
  • 複合体: Homotetrameric CBS-PPase_delta_DHHA2-domain
    • タンパク質・ペプチド: pyrophosphatase containing cystathionine beta-synthase domains and lacking one catalytic domain
キーワードcystathionine beta-synthase domain / DHH-domain / domain swapping / HYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


inorganic diphosphatase / inorganic diphosphate phosphatase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DRTGG / DRTGG domain / HPr(Ser) kinase/phosphorylase-like, N-terminal domain superfamily / DHHA2 domain / DHHA2 domain superfamily / DHHA2 domain / DHHA2 / DDH domain / DHH family / DHH phosphoesterase superfamily ...DRTGG / DRTGG domain / HPr(Ser) kinase/phosphorylase-like, N-terminal domain superfamily / DHHA2 domain / DHHA2 domain superfamily / DHHA2 domain / DHHA2 / DDH domain / DHH family / DHH phosphoesterase superfamily / CBS domain superfamily / Domain in cystathionine beta-synthase and other proteins. / CBS domain / CBS domain / CBS domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
inorganic diphosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfitobacterium hafniense DCB-2 (バクテリア)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.3 Å
データ登録者Moiseenko AV / Anashkin VA / Zamakhov IM / Sokolova OS / Baykov AA
資金援助 ロシア, 1件
OrganizationGrant number国
Russian Science Foundation22-74-00031 ロシア
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023
タイトル: The Structure and Nucleotide-Binding Characteristics of Regulated Cystathionine β-Synthase Domain-Containing Pyrophosphatase without One Catalytic Domain.
著者: Ilya M Zamakhov / Viktor A Anashkin / Andrey V Moiseenko / Victor N Orlov / Natalia N Vorobyeva / Olga S Sokolova / Alexander A Baykov /
要旨: Regulatory adenine nucleotide-binding cystathionine β-synthase (CBS) domains are widespread in proteins; however, information on the mechanism of their modulating effects on protein function is ...Regulatory adenine nucleotide-binding cystathionine β-synthase (CBS) domains are widespread in proteins; however, information on the mechanism of their modulating effects on protein function is scarce. The difficulty in obtaining structural data for such proteins is ascribed to their unusual flexibility and propensity to form higher-order oligomeric structures. In this study, we deleted the most movable domain from the catalytic part of a CBS domain-containing bacterial inorganic pyrophosphatase (CBS-PPase) and characterized the deletion variant both structurally and functionally. The truncated CBS-PPase was inactive but retained the homotetrameric structure of the full-size enzyme and its ability to bind a fluorescent AMP analog (inhibitor) and diadenosine tetraphosphate (activator) with the same or greater affinity. The deletion stabilized the protein structure against thermal unfolding, suggesting that the deleted domain destabilizes the structure in the full-size protein. A "linear" 3D structure with an unusual type of domain swapping predicted for the truncated CBS-PPase by Alphafold2 was confirmed by single-particle electron microscopy. The results suggest a dual role for the CBS domains in CBS-PPase regulation: they allow for enzyme tetramerization, which impedes the motion of one catalytic domain, and bind adenine nucleotides to mitigate or aggravate this effect.
履歴
登録2023年10月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年1月31日-
マップ公開2024年1月31日-
更新2024年1月31日-
現状2024年1月31日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18687.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18687.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 103 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 2.33 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.925
最小 - 最大-0.93799376 - 5.981531
平均 (標準偏差)-0.0004022014 (±0.078003906)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 699.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_18687_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_18687_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Homotetrameric CBS-PPase_delta_DHHA2-domain

全体名称: Homotetrameric CBS-PPase_delta_DHHA2-domain
要素
  • 複合体: Homotetrameric CBS-PPase_delta_DHHA2-domain
    • タンパク質・ペプチド: pyrophosphatase containing cystathionine beta-synthase domains and lacking one catalytic domain

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超分子 #1: Homotetrameric CBS-PPase_delta_DHHA2-domain

超分子名称: Homotetrameric CBS-PPase_delta_DHHA2-domain / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: 2,5 mg/ml 0.1 M MOPS/KOH, 2 mM MgCl2, 150 mM KCl, pH 7.2
由来(天然)生物種: Desulfitobacterium hafniense DCB-2 (バクテリア)

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分子 #1: pyrophosphatase containing cystathionine beta-synthase domains an...

分子名称: pyrophosphatase containing cystathionine beta-synthase domains and lacking one catalytic domain
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: CBS-PPase without DHHA2-domain. / 光学異性体: LEVO / EC番号: inorganic diphosphatase
由来(天然)生物種: Desulfitobacterium hafniense DCB-2 (バクテリア)
株: DCB-2
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MSKKIHVVGH RNPDTDSICA AIAYARLKQR LGMDHVIPYR AGKINRETEF VLNAFGVEAP ELLKDLHLR VKDMLNGPIP AVKPRTSLLE AWKIMKESNQ KTLPVVDHTE QMIGMITVGD L SGSYIESM ADHELESLHI PVENVIRTLN GRLLVGSAEQ DLKGNVYVGA ...文字列:
MSKKIHVVGH RNPDTDSICA AIAYARLKQR LGMDHVIPYR AGKINRETEF VLNAFGVEAP ELLKDLHLR VKDMLNGPIP AVKPRTSLLE AWKIMKESNQ KTLPVVDHTE QMIGMITVGD L SGSYIESM ADHELESLHI PVENVIRTLN GRLLVGSAEQ DLKGNVYVGA MRHETLEAYV GN GNIVLMG DRQTAQESVL RQGVSALILT GGATLAPELE DLARQQNCVV ISVPYDTFTA ARL LPMTAP VQNAMKTEGI VAFNEDDLIS EVKEKMLETR FRNYPVLDEQ GKVVGLISRY HLLS LSRKQ VILVDHNEFG QAVVGTDQAQ ILEVVDHHRV GGIQTGEPIL FRNEPVGSTC TIVAK CYRD WDVVPEKAIA GIMLGAILSD TVIFKSPTCT EIDRENATYL ASIAGVDPKE FGVQMF KAA

UniProtKB: inorganic diphosphatase

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.5 mg/mL
緩衝液pH: 7.2
構成要素:
濃度式名称
0.1 MMOPS/KOHMOPS/KOH
0.002 MMgCl2magnesiium chloride
0.15 MKClPotassium cloride
グリッドモデル: EMS Lacey Carbon / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: LACEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.026000000000000002 kPa
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: LEICA EM GP

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電子顕微鏡法

顕微鏡JEOL 2100
温度最低: 97.0 K / 最高: 103.0 K
撮影フィルム・検出器のモデル: DIRECT ELECTRON DE-20 (5k x 3k)
検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 3.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（補正後）: 0.6 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 1.4 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: JEOL / ホルダー冷却材: NITROGEN

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画像解析

粒子像選択選択した数: 223576
初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1) / 使用した粒子像数: 14850
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1) / 詳細: Cryosparc Ab initio
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1)
最終 3次元分類クラス数: 50 / 平均メンバー数/クラス: 840 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.3.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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