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万見
- EMDB-18680: FZD3 in complex with nanobody 9 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18680
タイトルFZD3 in complex with nanobody 9
マップデータFZD3 main map
試料
  • 細胞: FZD3 Nanobody Nb9 complex
    • タンパク質・ペプチド: Frizzled-3
    • タンパク質・ペプチド: Nanobody Nb9
キーワードFZD3 Nanobody / CELL ADHESION
機能・相同性
機能・相同性情報


dopaminergic neuron axon guidance / serotonergic neuron axon guidance / cell proliferation in midbrain / negative regulation of mitotic cell cycle, embryonic / establishment of planar polarity / midbrain morphogenesis / Wnt receptor activity / motor neuron migration / non-canonical Wnt signaling pathway / sympathetic ganglion development ...dopaminergic neuron axon guidance / serotonergic neuron axon guidance / cell proliferation in midbrain / negative regulation of mitotic cell cycle, embryonic / establishment of planar polarity / midbrain morphogenesis / Wnt receptor activity / motor neuron migration / non-canonical Wnt signaling pathway / sympathetic ganglion development / filopodium tip / Wnt-protein binding / post-anal tail morphogenesis / commissural neuron axon guidance / negative regulation of execution phase of apoptosis / PCP/CE pathway / Class B/2 (Secretin family receptors) / Wnt signaling pathway, planar cell polarity pathway / inner ear morphogenesis / positive regulation of neuroblast proliferation / lateral plasma membrane / response to electrical stimulus / hair follicle development / canonical Wnt signaling pathway / presynaptic active zone membrane / Asymmetric localization of PCP proteins / neural tube closure / PDZ domain binding / G protein-coupled receptor activity / neuron differentiation / Ca2+ pathway / apical plasma membrane / response to xenobiotic stimulus / axon / neuronal cell body / dendrite / glutamatergic synapse / cell surface / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Frizzled 3, cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. ...Frizzled 3, cysteine-rich domain / Frizzled/Smoothened, transmembrane domain / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/Smoothened family membrane region / Frizzled/secreted frizzled-related protein / Frizzled / Frizzled domain / Frizzled cysteine-rich domain superfamily / Fz domain / Frizzled (fz) domain profile. / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2.
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト) / Lama glama (ラマ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Zhao Y / Jones EY
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust223133/Z/21/Z 英国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural insights into Frizzled3 through nanobody modulators.
著者: James Hillier / Yuguang Zhao / Loic Carrique / Tomas Malinauskas / Reinis R Ruza / Tao-Hsin Chang / Gangshun Yi / Helen M E Duyvesteyn / Jing Yu / Weixian Lu / Els Pardon / Jan Steyaert / ...著者: James Hillier / Yuguang Zhao / Loic Carrique / Tomas Malinauskas / Reinis R Ruza / Tao-Hsin Chang / Gangshun Yi / Helen M E Duyvesteyn / Jing Yu / Weixian Lu / Els Pardon / Jan Steyaert / Yanan Zhu / Tao Ni / E Yvonne Jones /
要旨: The Wnt receptor Frizzled3 (FZD3) is important for brain axonal development and cancer progression. We report structures of FZD3 in complex with extracellular and intracellular binding nanobodies (Nb) ...The Wnt receptor Frizzled3 (FZD3) is important for brain axonal development and cancer progression. We report structures of FZD3 in complex with extracellular and intracellular binding nanobodies (Nb). The crystal structure of Nb8 in complex with the FZD3 cysteine-rich domain (CRD) reveals that the nanobody binds at the base of the lipid-binding groove and can compete with Wnt5a. Nb8 fused with the Dickkopf-1 C-terminal domain behaves as a FZD3-specific Wnt surrogate, activating β-catenin signalling. The cryo-EM structure of FZD3 in complex with Nb9 reveals partially resolved density for the CRD, which exhibits positional flexibility, and a transmembrane conformation that resembles active GPCRs. Nb9 binds to the cytoplasmic region of FZD3 at the putative Dishevelled (DVL) or G protein-binding site, competes with DVL binding, and inhibits GαS coupling. In combination, our FZD3 structures with nanobody modulators map extracellular and intracellular interaction surfaces of functional, and potentially therapeutic, relevance.
履歴
登録2023年10月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月4日-
マップ公開2024年9月4日-
更新2024年10月23日-
現状2024年10月23日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18680.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18680.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈FZD3 main map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 425.472 Å		0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 425.472 Å		0.83 Å/pix.
x 512 pix.
= 425.472 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.831 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.4
最小 - 最大-1.6515971 - 2.4066694
平均 (標準偏差)-0.0006204813 (±0.018870935)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 425.472 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_18680_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: FZD3 DeepEMhancer

ファイルemd_18680_additional_1.map
注釈FZD3 DeepEMhancer
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: FZD3 3Dflex

ファイルemd_18680_additional_2.map
注釈FZD3 3Dflex
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: FZD3 half A

ファイルemd_18680_half_map_1.map
注釈FZD3 half A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: FZD3 half B

ファイルemd_18680_half_map_2.map
注釈FZD3 half B
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : FZD3 Nanobody Nb9 complex

全体名称: FZD3 Nanobody Nb9 complex
要素
  • 細胞: FZD3 Nanobody Nb9 complex
    • タンパク質・ペプチド: Frizzled-3
    • タンパク質・ペプチド: Nanobody Nb9

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超分子 #1: FZD3 Nanobody Nb9 complex

超分子名称: FZD3 Nanobody Nb9 complex / タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)

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分子 #1: Frizzled-3

分子名称: Frizzled-3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 60.55927 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト)
配列文字列: MAMTWIVFSL WPLTVFMGHI GGHSLFSCEP ITLRMCQDLP YNTTFMPNLL NHYDQQTAAL AMEPFHPMVN LDCSRDFRPF LCALYAPIC MEYGRVTLPC RRLCQRAYSE CSKLMEMFGV PWPEDMECSR FPDCDEPYPR LVDLNLAGEP TEGAPVAVQR D YGFWCPRE ...文字列:
MAMTWIVFSL WPLTVFMGHI GGHSLFSCEP ITLRMCQDLP YNTTFMPNLL NHYDQQTAAL AMEPFHPMVN LDCSRDFRPF LCALYAPIC MEYGRVTLPC RRLCQRAYSE CSKLMEMFGV PWPEDMECSR FPDCDEPYPR LVDLNLAGEP TEGAPVAVQR D YGFWCPRE LKIDPDLGYS FLHVRDCSPP CPNMYFRREE LSFARYFIGL ISIICLSATL FTFLTFLIDV TRFRYPERPI IF YAVCYMM VSLIFFIGFL LEDRVACNAS IPAQYKASTV TQGSHNKACT MLFMILYFFT MAGSVWWVIL TITWFLAAVP KWG SEAIEK KALLFHASAW GIPGTLTIIL LAMNKIEGDN ISGVCFVGLY DVDALRYFVL APLCLYVVVG VSLLLAGIIS LNRV RIEIP LEKENQDKLV KFMIRIGVFS ILYLVPLLVV IGCYFYEQAY RGIWETTWIQ ERCREYHIPC PYQVTQMSRP DLILF LMKY LMALIVGIPS VFWVGSKKTC FEWASFFHGR RKKGTLEVLF Q

UniProtKB: Frizzled-3

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分子 #2: Nanobody Nb9

分子名称: Nanobody Nb9 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Lama glama (ラマ)
分子量理論値: 14.084658 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
QVQLVESGGG LVQSGDSLRL SCTASGRIFN LDVMGWYRQA PGKRRELVAD ITSGGKINYA DSVKGRFTIS RDNTKDTVYL QMNSLKPED TAVYYCNAEV EWLDMDYWGK GTQVTVSSHH HHHHHH

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 8
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: NONE
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 330717
初期 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
最終 角度割当タイプ: NOT APPLICABLE
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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