[日本語] English
万見
- EMDB-18653: Cryo-EM structure of the FB-bound yeast Ceramide Synthase -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18653
タイトルCryo-EM structure of the FB-bound yeast Ceramide Synthase
マップデータ
試料
  • 複合体: Heterotetrameric complex of yeast ceramide synthase with Lag1, Lac1 and Lip1
    • タンパク質・ペプチド: Ceramide synthase LAG1
    • タンパク質・ペプチド: Ceramide synthase LAC1
    • タンパク質・ペプチド: Ceramide synthase subunit LIP1
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
  • リガンド: Macrofusine
  • リガンド: hexacosanoic acid
  • リガンド: [(2S)-1-hexadecanoyloxy-3-[hydroxy-[(2S,3R,5S,6R)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propan-2-yl] heptadecanoate
  • リガンド: AMMONIUM ION
キーワードCeramide Synthase / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


very-long-chain ceramide synthase / acyl-CoA ceramide synthase complex / Sphingolipid de novo biosynthesis / sphingosine N-acyltransferase activity / ceramide biosynthetic process / nuclear periphery / nuclear envelope / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum
類似検索 - 分子機能
TRAM/LAG1/CLN8 homology domain / Sphingosine N-acyltransferase Lag1/Lac1-like / TLC domain / TLC domain profile. / TRAM, LAG1 and CLN8 homology domains.
類似検索 - ドメイン・相同性
Ceramide synthase LAC1 / Ceramide synthase LAG1 / Ceramide synthase subunit LIP1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Schaefer J / Clausmeyer L / Koerner C / Moeller A / Froehlich F
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)SFB1557 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2025
タイトル: Structure of the yeast ceramide synthase.
著者: Jan-Hannes Schäfer / Lena Clausmeyer / Carolin Körner / Bianca M Esch / Verena N Wolf / Jennifer Sapia / Yara Ahmed / Stefan Walter / Stefano Vanni / Dovile Januliene / Arne Moeller / Florian Fröhlich /
要旨: Ceramides are essential lipids involved in forming complex sphingolipids and acting as signaling molecules. They result from the N-acylation of a sphingoid base and a CoA-activated fatty acid, a ...Ceramides are essential lipids involved in forming complex sphingolipids and acting as signaling molecules. They result from the N-acylation of a sphingoid base and a CoA-activated fatty acid, a reaction catalyzed by the ceramide synthase (CerS) family of enzymes. Yet, the precise structural details and catalytic mechanisms of CerSs have remained elusive. Here we used cryo-electron microscopy single-particle analysis to unravel the structure of the yeast CerS complex in both an active and a fumonisin B1-inhibited state. Our results reveal the complex's architecture as a dimer of Lip1 subunits bound to the catalytic subunits Lag1 and Lac1. Each catalytic subunit forms a hydrophobic crevice connecting the cytosolic site with the intermembrane space. The active site, located centrally in the tunnel, was resolved in a substrate preloaded state, representing one intermediate in ceramide synthesis. Our data provide evidence for competitive binding of fumonisin B1 to the acyl-CoA-binding tunnel.
履歴
登録2023年10月13日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年10月23日-
マップ公開2024年10月23日-
更新2025年7月9日-
現状2025年7月9日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

-
構造の表示

添付画像

emd_18653.png

ダウンロードとリンク

-
マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18653.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 347.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.68 Å/pix.
x 450 pix.
= 306. Å		0.68 Å/pix.
x 450 pix.
= 306. Å		0.68 Å/pix.
x 450 pix.
= 306. Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.68 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.12
最小 - 最大-0.61564714 - 1.0430472
平均 (標準偏差)0.00026234167 (±0.0175536)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ450450450
Spacing450450450
セルA=B=C: 306.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
マスク #1

ファイルemd_18653_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #2

ファイルemd_18653_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: #1

ファイルemd_18653_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
試料の構成要素

-
全体 : Heterotetrameric complex of yeast ceramide synthase with Lag1, La...

全体名称: Heterotetrameric complex of yeast ceramide synthase with Lag1, Lac1 and Lip1
要素
  • 複合体: Heterotetrameric complex of yeast ceramide synthase with Lag1, Lac1 and Lip1
    • タンパク質・ペプチド: Ceramide synthase LAG1
    • タンパク質・ペプチド: Ceramide synthase LAC1
    • タンパク質・ペプチド: Ceramide synthase subunit LIP1
  • リガンド: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine
  • リガンド: Macrofusine
  • リガンド: hexacosanoic acid
  • リガンド: [(2S)-1-hexadecanoyloxy-3-[hydroxy-[(2S,3R,5S,6R)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propan-2-yl] heptadecanoate
  • リガンド: AMMONIUM ION

-
超分子 #1: Heterotetrameric complex of yeast ceramide synthase with Lag1, La...

超分子名称: Heterotetrameric complex of yeast ceramide synthase with Lag1, Lac1 and Lip1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#3
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 140 KDa

-
分子 #1: Ceramide synthase LAG1

分子名称: Ceramide synthase LAG1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 37.150789 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: YREMNYRHSW LTPFFILVCV YSAYFLSGNR TESNPLHMFV AISYQVDGTD SYAKGIKDLS FVFFYMIFFT FLREFLMDVV IRPFTVYLN VTSEHRQKRM LEQMYAIFYC GVSGPFGLYI MYHSDLWLFK TKPMYRTYPV ITNPFLFKIF YLGQAAFWAQ Q ACVLVLQL ...文字列:
YREMNYRHSW LTPFFILVCV YSAYFLSGNR TESNPLHMFV AISYQVDGTD SYAKGIKDLS FVFFYMIFFT FLREFLMDVV IRPFTVYLN VTSEHRQKRM LEQMYAIFYC GVSGPFGLYI MYHSDLWLFK TKPMYRTYPV ITNPFLFKIF YLGQAAFWAQ Q ACVLVLQL EKPRKDYKEL VFHHIVTLLL IWSSYVFHFT KMGLAIYITM DVSDFFLSLS KTLNYLNSVF TPFVFGLFVF FW IYLRHVV NIRILWSVLT EFRHEGNYVL NFATQQYKCW ISLPIVFVLI AALQLVNLYW LFLILRILYR LI

UniProtKB: Ceramide synthase LAG1

-
分子 #2: Ceramide synthase LAC1

分子名称: Ceramide synthase LAC1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 35.802074 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: ISYRHAWIAP LMILIAVYSA YFTSGNTTKT NVLHRFVAVS YQIGDTNAYG KGINDLCFVF YYMIFFTFLR EFLMDVVIRP FAIRLHVTS KHRIKRIMEQ MYAIFYTGVS GPFGIYCMYH SDLWFFNTKA MYRTYPDFTN PFLFKVFYLG QAAFWAQQAC I LVLQLEKP ...文字列:
ISYRHAWIAP LMILIAVYSA YFTSGNTTKT NVLHRFVAVS YQIGDTNAYG KGINDLCFVF YYMIFFTFLR EFLMDVVIRP FAIRLHVTS KHRIKRIMEQ MYAIFYTGVS GPFGIYCMYH SDLWFFNTKA MYRTYPDFTN PFLFKVFYLG QAAFWAQQAC I LVLQLEKP RKDHNELTFH HIVTLLLIWS SYVFHFTKMG LPIYITMDVS DFLLSFSKTL NYLDSGLAFF SFAIFVVAWI YL RHYINLK ILWSVLTQFR TEGNYVLNFA TQQYKCWISL PIVFVLIGAL QLVNLYWLFL IFRVL

UniProtKB: Ceramide synthase LAC1

-
分子 #3: Ceramide synthase subunit LIP1

分子名称: Ceramide synthase subunit LIP1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 15.347415 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
KIFNLFRVCF ISLLLIAAVE YFKYGTRINY EWFHCTPIKE PQSGSVIKLW ARGGPSCDKR GEYKTIVKRI TRDYEPNDEH LSFCIIEND NVPPVHYPIH EDKGEPGYVA YVGYDTDSEL VQELCADSTI YHM

UniProtKB: Ceramide synthase subunit LIP1

-
分子 #4: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine

分子名称: 1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 4 / 式: 3PE
分子量理論値: 748.065 Da
Chemical component information

ChemComp-3PE:
1,2-Distearoyl-sn-glycerophosphoethanolamine / DSPE / リン脂質*YM

-
分子 #5: Macrofusine

分子名称: Macrofusine / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: WXE
分子量理論値: 721.83 Da

-
分子 #6: hexacosanoic acid

分子名称: hexacosanoic acid / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: 7PO
分子量理論値: 396.69 Da
Chemical component information

ChemComp-7PO:
hexacosanoic acid / ヘキサコサン酸

-
分子 #7: [(2S)-1-hexadecanoyloxy-3-[hydroxy-[(2S,3R,5S,6R)-2,3,4,5,6-penta...

分子名称: [(2S)-1-hexadecanoyloxy-3-[hydroxy-[(2S,3R,5S,6R)-2,3,4,5,6-pentahydroxycyclohexyl]oxy-phosphoryl]oxy-propan-2-yl] heptadecanoate
タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: PIJ
分子量理論値: 825.059 Da

-
分子 #8: AMMONIUM ION

分子名称: AMMONIUM ION / タイプ: ligand / ID: 8 / コピー数: 2 / 式: NH4
分子量理論値: 18.038 Da
Chemical component information

ChemComp-NH4:
AMMONIUM ION / アンモニウム

-
実験情報

-
構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

-
試料調製

緩衝液pH: 6.5
凍結凍結剤: ETHANE

-
電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: TFS Selectris
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm

+
画像解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 259645
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る