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万見
- EMDB-1864: Cryo-EM reconstruction of native and expanded Turnip Crinkle virus -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1864
タイトルCryo-EM reconstruction of native and expanded Turnip Crinkle virus
マップデータ3D cryo-EM reconstruction of the expanded form of Turnip Crinkle Virus
試料
  • 試料: Turnip crinkle virus
  • ウイルス: Turnip crinkle virus (ウイルス)
キーワードTurnip crinkle virus / genomic RNA structure / genome uncoating / ssRNA virus
機能・相同性Plant viruses icosahedral capsid proteins 'S' region signature. / Icosahedral viral capsid protein, S domain / Viral coat protein (S domain) / T=3 icosahedral viral capsid / Viral coat protein subunit / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / structural molecule activity / RNA binding / Capsid protein
機能・相同性情報
生物種Turnip crinkle virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 17.0 Å
データ登録者Bakker SE / Robottom J / Pearson AR / Stockley PG / Ranson NA
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 1986
タイトル: Structure and assembly of turnip crinkle virus. I. X-ray crystallographic structure analysis at 3.2 A resolution.
要旨: The structure of turnip crinkle virus has been determined at 3.2 A resolution, using the electron density of tomato bushy stunt virus as a starting point for phase refinement by non-crystallographic ...The structure of turnip crinkle virus has been determined at 3.2 A resolution, using the electron density of tomato bushy stunt virus as a starting point for phase refinement by non-crystallographic symmetry. The structures are very closely related, especially in the subunit arm and S domain, where only small insertions and deletions and small co-ordinate shifts relate one chain to another. The P domains, although quite similar in fold, are oriented somewhat differently with respect to the S domains. Understanding of the structure of turnip crinkle virus has been important for analyzing its assembly, as described in an accompanying paper.
履歴
登録2011年1月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2012年7月9日-
マップ公開2012年7月9日-
更新2014年4月30日-
現状2014年4月30日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 3.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 3.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3zx9
  • 表面レベル: 3.2
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-3zx9
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_1864.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1864.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 51.5 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D cryo-EM reconstruction of the expanded form of Turnip Crinkle Virus
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.89 Å/pix.
x 240 pix.
= 453.6 Å		1.89 Å/pix.
x 240 pix.
= 453.6 Å		1.89 Å/pix.
x 240 pix.
= 453.6 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.89 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 3.2 / ムービー #1: 3.2
最小 - 最大-1.86774302 - 4.17278814
平均 (標準偏差)0.16210388 (±1.48636842)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin-120-120-120
サイズ240240240
Spacing240240240
セルA=B=C: 453.6 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.891.891.89
M x/y/z240240240
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z453.600453.600453.600
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ-160-160-159
NX/NY/NZ320320320
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS-120-120-120
NC/NR/NS240240240
D min/max/mean-1.8684.1730.162

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Turnip crinkle virus

全体名称: Turnip crinkle virus (ウイルス)
要素
  • 試料: Turnip crinkle virus
  • ウイルス: Turnip crinkle virus (ウイルス)

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超分子 #1000: Turnip crinkle virus

超分子名称: Turnip crinkle virus / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Icosahedral virus / Number unique components: 1
分子量理論値: 6.8 MDa

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超分子 #1: Turnip crinkle virus

超分子名称: Turnip crinkle virus / タイプ: virus / ID: 1 / Name.synonym: Turnip crinkle virus / NCBI-ID: 11988 / 生物種: Turnip crinkle virus / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: STRAIN / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No / Syn species name: Turnip crinkle virus
宿主生物種: Brassica rapa subsp. rapa (カブラ)
分子量理論値: 6.8 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 名称: Expanded / 直径: 380 Å / T番号(三角分割数): 3

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度3 mg/mL
緩衝液pH: 8.5 / 詳細: 100 mM Tris pH 8.5, 5 mM EDTA
グリッド詳細: 400 mesh copper grid
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 77 K / 装置: HOMEMADE PLUNGER
詳細: Vitrification instrument: Double sided automated blotter and plunger
手法: Blot 1.6 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TECNAI F20
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 10 µm / 実像数: 41 / 平均電子線量: 15 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 52911 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 50000
試料ステージ試料ホルダー: Gatan 626 / 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Phase-flipping each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 17.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: SPIDER / 使用した粒子像数: 5121
最終 2次元分類クラス数: 110

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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