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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | E2/E3BP core of the human pyruvate dehydrogenase complex (map 1; 3.4 A) | |||||||||
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![]() | pyruvate dehydrogenase complex / PDHc / E2 / E3BP / cryo-EM / TRANSFERASE | |||||||||
機能・相同性 | ![]() dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase / dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from pyruvate / : / pyruvate dehydrogenase complex / Pyruvate metabolism / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / Signaling by Retinoic Acid / acyltransferase activity ...dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase / dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase activity / acetyl-CoA biosynthetic process from pyruvate / : / pyruvate dehydrogenase complex / Pyruvate metabolism / Glyoxylate metabolism and glycine degradation / Regulation of pyruvate dehydrogenase (PDH) complex / Signaling by Retinoic Acid / acyltransferase activity / tricarboxylic acid cycle / glucose metabolic process / mitochondrial matrix / intracellular membrane-bounded organelle / mitochondrion / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.4 Å | |||||||||
![]() | Zdanowicz R / Afanasyev P / Boehringer D / Glockshuber R | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Stoichiometry and architecture of the human pyruvate dehydrogenase complex 著者: Zdanowicz R / Afanasyev P / Pruska A / Harrison JA / Boehringer D / Leitner A / Zenobi R / Glockshuber R | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 13.2 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 18.3 KB 18.3 KB | 表示 表示 | ![]() |
FSC (解像度算出) | ![]() | 11.6 KB | 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 150.1 KB | ||
Filedesc metadata | ![]() | 5.8 KB | ||
その他 | ![]() ![]() | 127.9 MB 127.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 760 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 759.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 17691 ![]() 17694 ![]() 18617 ![]() 8piuC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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「今月の分子」の関連する項目 |
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マップ
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.0929 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
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試料の構成要素
-全体 : E2/E3BP core of the human pyruvate dehydrogenase complex
全体 | 名称: E2/E3BP core of the human pyruvate dehydrogenase complex |
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要素 |
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-超分子 #1: E2/E3BP core of the human pyruvate dehydrogenase complex
超分子 | 名称: E2/E3BP core of the human pyruvate dehydrogenase complex タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
分子量 | 理論値: 3.4 MDa |
-分子 #1: Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruva...
分子 | 名称: Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO / EC番号: dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MHHHHHHENL YFQSLPPHQK VPLPSLSPTM QAGTIARWEK KEGDKINEGD LIAEVETDKA TVGFESLEEC YMAKILVAEG TRDVPIGAII CITVGKPEDI EAFKNYTLDS SAAPTPQAAP APTPAATASP PTPSAQAPGS SYPPHMQVLL PALSPTMTMG TVQRWEKKVG ...文字列: MHHHHHHENL YFQSLPPHQK VPLPSLSPTM QAGTIARWEK KEGDKINEGD LIAEVETDKA TVGFESLEEC YMAKILVAEG TRDVPIGAII CITVGKPEDI EAFKNYTLDS SAAPTPQAAP APTPAATASP PTPSAQAPGS SYPPHMQVLL PALSPTMTMG TVQRWEKKVG EKLSEGDLLA EIETDKATIG FEVQEEGYLA KILVPEGTRD VPLGTPLCII VEKEADISAF ADYRPTEVTD LKPQVPPPTP PPVAAVPPTP QPLAPTPSAP CPATPAGPKG RVFVSPLAKK LAVEKGIDLT QVKGTGPDGR ITKKDIDSFV PSKVAPAPAA VVPPTGPGMA PVPTGVFTDI PISNIRRVIA QRLMQSKQTI PHYYLSIDVN MGEVLLVRKE LNKILEGRSK ISVNDFIIKA SALACLKVPE ANSSWMDTVI RQNHVVDVSV AVSTPAGLIT PIVFNAHIKG VETIANDVVS LATKAREGKL QPHEFQGGTF TISNLGMFGI KNFSAIINPP QACILAIGAS EDKLVPADNE KGFDVASMMS VTLSCDHRVV DGAVGAQWLA EFRKYLEKPI TMLL UniProtKB: Dihydrolipoyllysine-residue acetyltransferase component of pyruvate dehydrogenase complex, mitochondrial |
-分子 #2: Pyruvate dehydrogenase protein X component
分子 | 名称: Pyruvate dehydrogenase protein X component / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MGDPIKILMP SLSPTMEEGN IVKWLKKEGE AVSAGDALCE IETDKAVVTL DASDDGILAK IVVEEGSKNI RLGSLIGLIV EEGEDWKHVE IPKDVGPPPP VSKPSEPRPS PEPQISIPVK KEHIPGTLRF RLSPAARNIL EKHSLDASQG TATGPRGIFT KEDALKLVQL ...文字列: MGDPIKILMP SLSPTMEEGN IVKWLKKEGE AVSAGDALCE IETDKAVVTL DASDDGILAK IVVEEGSKNI RLGSLIGLIV EEGEDWKHVE IPKDVGPPPP VSKPSEPRPS PEPQISIPVK KEHIPGTLRF RLSPAARNIL EKHSLDASQG TATGPRGIFT KEDALKLVQL KQTGKITESR PTPAPTATPT APSPLQATAG PSYPRPVIPP VSTPGQPNAV GTFTEIPASN IRRVIAKRLT ESKSTVPHAY ATADCDLGAV LKVRQDLVKD DIKVSVNDFI IKAAAVTLKQ MPDVNVSWDG EGPKQLPFID ISVAVATDKG LLTPIIKDAA AKGIQEIADS VKALSKKARD GKLLPEEYQG GSFSISNLGM FGIDEFTAVI NPPQACILAV GRFRPVLKLT EDEEGNAKLQ QRQLITVTMS SDSRVVDDEL ATRFLKSFKA NLENPIRLA UniProtKB: Pyruvate dehydrogenase protein X component, mitochondrial |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.4 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/2 / 材質: COPPER / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 検出モード: COUNTING / 平均電子線量: 80.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD 最大 デフォーカス(公称値): 2.8000000000000003 µm 最小 デフォーカス(公称値): 1.6 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: OTHER / 詳細: RELION 3D initial model |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: T (正4面体型対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.2) / 使用した粒子像数: 513329 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) |