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- EMDB-18536: Cryo-EM structure of the yeast SPT-Orm2-Dimer complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18536
タイトルCryo-EM structure of the yeast SPT-Orm2-Dimer complex
マップデータ
試料
  • 複合体: C2 symmetric complex of Lcb1, Lcb2, Orm2 and Tsc3
    • タンパク質・ペプチド: Serine palmitoyltransferase 1
    • タンパク質・ペプチド: Serine palmitoyltransferase-regulating protein TSC3
    • タンパク質・ペプチド: ORM2 isoform 1
    • タンパク質・ペプチド: Serine palmitoyltransferase 2
  • リガンド: ~{N}-[(2~{S},3~{S},4~{R})-1,3,4-tris(oxidanyl)octadecan-2-yl]heptacosanamide
  • リガンド: PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE
  • リガンド: 2-{[(4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranosyl)oxy]methyl}-4-{[(3beta,9beta,14beta,17beta,25R)-spirost-5-en-3-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranoside
キーワードSerine-Palmitoyl-Transferase / TRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of sphingolipid biosynthetic process / 3-keto-sphinganine metabolic process / serine palmitoyltransferase complex / intracellular sphingolipid homeostasis / serine C-palmitoyltransferase activity / serine C-palmitoyltransferase / sphingosine biosynthetic process / sphingolipid biosynthetic process / ceramide biosynthetic process / enzyme activator activity ...positive regulation of sphingolipid biosynthetic process / 3-keto-sphinganine metabolic process / serine palmitoyltransferase complex / intracellular sphingolipid homeostasis / serine C-palmitoyltransferase activity / serine C-palmitoyltransferase / sphingosine biosynthetic process / sphingolipid biosynthetic process / ceramide biosynthetic process / enzyme activator activity / pyridoxal phosphate binding / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / membrane
類似検索 - 分子機能
: / Aminotransferase, class-II, pyridoxal-phosphate binding site / Aminotransferases class-II pyridoxal-phosphate attachment site. / Aminotransferase, class I/classII / Aminotransferase class I and II / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Serine palmitoyltransferase 1 / Serine palmitoyltransferase 2 / Serine palmitoyltransferase-regulating protein TSC3
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Schaefer J / Koerner C / Moeller A / Froehlich F
資金援助 ドイツ, 1件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)SFB1557 ドイツ
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2024
タイトル: The structure of the Orm2-containing serine palmitoyltransferase complex reveals distinct inhibitory potentials of yeast Orm proteins.
著者: Carolin Körner / Jan-Hannes Schäfer / Bianca M Esch / Kristian Parey / Stefan Walter / David Teis / Dovile Januliene / Oliver Schmidt / Arne Moeller / Florian Fröhlich /
要旨: Sphingolipid levels are crucial determinants of neurodegenerative disorders and therefore require tight regulation. The Orm protein family and ceramides inhibit the rate-limiting step of sphingolipid ...Sphingolipid levels are crucial determinants of neurodegenerative disorders and therefore require tight regulation. The Orm protein family and ceramides inhibit the rate-limiting step of sphingolipid biosynthesis-the condensation of L-serine and palmitoyl-coenzyme A (CoA). The yeast isoforms Orm1 and Orm2 form a complex with the serine palmitoyltransferase (SPT). While Orm1 and Orm2 have highly similar sequences, they are differentially regulated, though the mechanistic details remain elusive. Here, we determine the cryoelectron microscopy structure of the SPT complex containing Orm2. Complementary in vitro activity assays and genetic experiments with targeted lipidomics demonstrate a lower activity of the SPT-Orm2 complex than the SPT-Orm1 complex. Our results suggest a higher inhibitory potential of Orm2, despite the similar structures of the Orm1- and Orm2-containing complexes. The high conservation of SPT from yeast to man implies different regulatory capacities for the three human ORMDL isoforms, which might be key for understanding their role in sphingolipid-mediated neurodegenerative disorders.
履歴
登録2023年9月28日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年9月4日-
マップ公開2024年9月4日-
更新2024年9月4日-
現状2024年9月4日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18536.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18536.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 216 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.92 Å/pix.
x 384 pix.
= 354.816 Å		0.92 Å/pix.
x 384 pix.
= 354.816 Å		0.92 Å/pix.
x 384 pix.
= 354.816 Å

表面

投影像

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.924 Å
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表面レベル登録者による: 0.18
最小 - 最大-0.8789488 - 1.5033578
平均 (標準偏差)0.000710704 (±0.031268198)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ384384384
Spacing384384384
セルA=B=C: 354.816 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_18536_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_18536_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_18536_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : C2 symmetric complex of Lcb1, Lcb2, Orm2 and Tsc3

全体名称: C2 symmetric complex of Lcb1, Lcb2, Orm2 and Tsc3
要素
  • 複合体: C2 symmetric complex of Lcb1, Lcb2, Orm2 and Tsc3
    • タンパク質・ペプチド: Serine palmitoyltransferase 1
    • タンパク質・ペプチド: Serine palmitoyltransferase-regulating protein TSC3
    • タンパク質・ペプチド: ORM2 isoform 1
    • タンパク質・ペプチド: Serine palmitoyltransferase 2
  • リガンド: ~{N}-[(2~{S},3~{S},4~{R})-1,3,4-tris(oxidanyl)octadecan-2-yl]heptacosanamide
  • リガンド: PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE
  • リガンド: 2-{[(4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranosyl)oxy]methyl}-4-{[(3beta,9beta,14beta,17beta,25R)-spirost-5-en-3-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranoside

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超分子 #1: C2 symmetric complex of Lcb1, Lcb2, Orm2 and Tsc3

超分子名称: C2 symmetric complex of Lcb1, Lcb2, Orm2 and Tsc3 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 320 KDa

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分子 #1: Serine palmitoyltransferase 1

分子名称: Serine palmitoyltransferase 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1
詳細: N-FLAG-Tag Insertion (): MAHIPEVLP(DYKDHDGDYKDHDIDYKDDDDK)KSIPIPAFI...
コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: serine C-palmitoyltransferase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 64.98552 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MAHIPEVLPD YKDHDGDYKD HDIDYKDDDD KKSIPIPAFI VTTSSYLWYY FNLVLTQIPG GQFIVSYIKK SHHDDPYRTT VEIGLILYG IIYYLSKPQQ KKSLQAQKPN LSPQEIDALI EDWEPEPLVD PSATDEQSWR VAKTPVTMEM PIQNHITITR N NLQEKYTN ...文字列:
MAHIPEVLPD YKDHDGDYKD HDIDYKDDDD KKSIPIPAFI VTTSSYLWYY FNLVLTQIPG GQFIVSYIKK SHHDDPYRTT VEIGLILYG IIYYLSKPQQ KKSLQAQKPN LSPQEIDALI EDWEPEPLVD PSATDEQSWR VAKTPVTMEM PIQNHITITR N NLQEKYTN VFNLASNNFL QLSATEPVKE VVKTTIKNYG VGACGPAGFY GNQDVHYTLE YDLAQFFGTQ GSVLYGQDFC AA PSVLPAF TKRGDVIVAD DQVSLPVQNA LQLSRSTVYY FNHNDMNSLE CLLNELTEQE KLEKLPAIPR KFIVTEGIFH NSG DLAPLP ELTKLKNKYK FRLFVDETFS IGVLGATGRG LSEHFNMDRA TAIDITVGSM ATALGSTGGF VLGDSVMCLH QRIG SNAYC FSACLPAYTV TSVSKVLKLM DSNNDAVQTL QKLSKSLHDS FASDDSLRSY VIVTSSPVSA VLHLQLTPAY RSRKF GYTC EQLFETMSAL QKKSQTNKFI EPYEEEEKFL QSIVDHALIN YNVLITRNTI VLKQETLPIV PSLKICCNAA MSPEEL KNA CESVKQSILA CCQESNK

UniProtKB: Serine palmitoyltransferase 1

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分子 #2: Serine palmitoyltransferase-regulating protein TSC3

分子名称: Serine palmitoyltransferase-regulating protein TSC3 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: Tsc3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 9.590233 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列:
MTQHKSSMVY IPTTKEAKRR NGKSEGILNT IEEVVEKLYW TYYIHLPFYL MASFDSFFLH VFFLTIFSLS FFGILKYCFL

UniProtKB: Serine palmitoyltransferase-regulating protein TSC3

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分子 #3: ORM2 isoform 1

分子名称: ORM2 isoform 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 24.830602 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MIDRTKNESP AFEESPLTPN VSNLKPFPSQ SNKISTPVTD HRRRRAAAVI SHVEQETFED ENDQQMLPNM NATWVDQRGA WLIHIVVIV LLRLFYSLFG STPKWTWTLT NMTYIIGFYI MFHLVKGTPF DFNGGAYDNL TMWEQINDET LYTPTRKFLL I VPIVLFLI ...文字列:
MIDRTKNESP AFEESPLTPN VSNLKPFPSQ SNKISTPVTD HRRRRAAAVI SHVEQETFED ENDQQMLPNM NATWVDQRGA WLIHIVVIV LLRLFYSLFG STPKWTWTLT NMTYIIGFYI MFHLVKGTPF DFNGGAYDNL TMWEQINDET LYTPTRKFLL I VPIVLFLI SNQYYRNDMT LFLSNLAVTV LIGVVPKLGI THRLRISIPG ITGRAQIS

UniProtKB: UNIPROTKB: A0A6L0ZQC3

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分子 #4: Serine palmitoyltransferase 2

分子名称: Serine palmitoyltransferase 2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO / EC番号: serine C-palmitoyltransferase
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 63.189707 KDa
組換発現生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
配列文字列: MSTPANYTRV PLCEPEELPD DIQKENEYGT LDSPGHLYQV KSRHGKPLPE PVVDTPPYYI SLLTYLNYLI LIILGHVHDF LGMTFQKNK HLDLLEHDGL APWFSNFESF YVRRIKMRID DCFSRPTTGV PGRFIRCIDR ISHNINEYFT YSGAVYPCMN L SSYNYLGF ...文字列:
MSTPANYTRV PLCEPEELPD DIQKENEYGT LDSPGHLYQV KSRHGKPLPE PVVDTPPYYI SLLTYLNYLI LIILGHVHDF LGMTFQKNK HLDLLEHDGL APWFSNFESF YVRRIKMRID DCFSRPTTGV PGRFIRCIDR ISHNINEYFT YSGAVYPCMN L SSYNYLGF AQSKGQCTDA ALESVDKYSI QSGGPRAQIG TTDLHIKAEK LVARFIGKED ALVFSMGYGT NANLFNAFLD KK CLVISDE LNHTSIRTGV RLSGAAVRTF KHGDMVGLEK LIREQIVLGQ PKTNRPWKKI LICAEGLFSM EGTLCNLPKL VEL KKKYKC YLFIDEAHSI GAMGPTGRGV CEIFGVDPKD VDILMGTFTK SFGAAGGYIA ADQWIIDRLR LDLTTVSYSE SMPA PVLAQ TISSLQTISG EICPGQGTER LQRIAFNSRY LRLALQRLGF IVYGVADSPV IPLLLYCPSK MPAFSRMMLQ RRIAV VVVA YPATPLIESR VRFCMSASLT KEDIDYLLRH VSEVGDKLNL KSNSGKSSYD GKRQRWDIEE VIRRTPEDCK DDKYFV N

UniProtKB: Serine palmitoyltransferase 2

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分子 #5: ~{N}-[(2~{S},3~{S},4~{R})-1,3,4-tris(oxidanyl)octadecan-2-yl]hept...

分子名称: ~{N}-[(2~{S},3~{S},4~{R})-1,3,4-tris(oxidanyl)octadecan-2-yl]heptacosanamide
タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 2 / 式: WAR
分子量理論値: 710.208 Da

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分子 #6: PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE

分子名称: PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 2 / 式: PLP
分子量理論値: 247.142 Da
Chemical component information

ChemComp-PLP:
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE

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分子 #7: 2-{[(4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranosyl)oxy]methyl...

分子名称: 2-{[(4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranosyl)oxy]methyl}-4-{[(3beta,9beta,14beta,17beta,25R)-spirost-5-en-3-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranoside
タイプ: ligand / ID: 7 / コピー数: 2 / 式: Q7G
分子量理論値: 1.165315 KDa
Chemical component information

ChemComp-Q7G:
2-{[(4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranosyl)oxy]methyl}-4-{[(3beta,9beta,14beta,17beta,25R)-spirost-5-en-3-yl]oxy}butyl 4-O-alpha-D-glucopyranosyl-alpha-D-glucopyranoside

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: TFS FALCON 4i (4k x 4k)
平均電子線量: 50.0 e/Å2
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 148610
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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