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万見
- EMDB-18485: Ndc80c microtubule complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18485
タイトルNdc80c microtubule complex
マップデータ
試料
  • 複合体: Outer kinetochore Dam1 protomer monomer with staple and Ndc80-Nuf2 coiled-coils
キーワードKinetochore / microtubule / error correction / chromosome segregation / CELL CYCLE
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.11 Å
データ登録者Muir KW / Barford D
資金援助 英国, 2件
OrganizationGrant number国
UK Research and Innovation (UKRI)MC_UP_1201/6 英国
Cancer Research UKC576/A14109 英国
引用
ジャーナル: Science / 年: 2023
タイトル: Structural mechanism of outer kinetochore Dam1-Ndc80 complex assembly on microtubules.
著者: Kyle W Muir / Christopher Batters / Tom Dendooven / Jing Yang / Ziguo Zhang / Alister Burt / David Barford /
要旨: Kinetochores couple chromosomes to the mitotic spindle to segregate the genome during cell division. An error correction mechanism drives the turnover of kinetochore-microtubule attachments until ...Kinetochores couple chromosomes to the mitotic spindle to segregate the genome during cell division. An error correction mechanism drives the turnover of kinetochore-microtubule attachments until biorientation is achieved. The structural basis for how kinetochore-mediated chromosome segregation is accomplished and regulated remains an outstanding question. In this work, we describe the cryo-electron microscopy structure of the budding yeast outer kinetochore Ndc80 and Dam1 ring complexes assembled onto microtubules. Complex assembly occurs through multiple interfaces, and a staple within Dam1 aids ring assembly. Perturbation of key interfaces suppresses yeast viability. Force-rupture assays indicated that this is a consequence of impaired kinetochore-microtubule attachment. The presence of error correction phosphorylation sites at Ndc80-Dam1 ring complex interfaces and the Dam1 staple explains how kinetochore-microtubule attachments are destabilized and reset.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mechanism of outer kinetochore assembly on microtubules and its regulation by mitotic error correction
著者: Muir KW / Batters C / Dendooven T / Yang J / Zhang Z / Burt A / Barford D
履歴
登録2023年9月19日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年3月6日-
マップ公開2024年3月6日-
更新2024年3月6日-
現状2024年3月6日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18485.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18485.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 600.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.06 Å/pix.
x 540 pix.
= 572.4 Å		1.06 Å/pix.
x 540 pix.
= 572.4 Å		1.06 Å/pix.
x 540 pix.
= 572.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.06 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.003
最小 - 最大-0.008780971 - 0.026771812
平均 (標準偏差)0.00031163316 (±0.0022944433)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ540540540
Spacing540540540
セルA=B=C: 572.39996 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_18485_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_18485_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Outer kinetochore Dam1 protomer monomer with staple and Ndc80-Nuf...

全体名称: Outer kinetochore Dam1 protomer monomer with staple and Ndc80-Nuf2 coiled-coils
要素
  • 複合体: Outer kinetochore Dam1 protomer monomer with staple and Ndc80-Nuf2 coiled-coils

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超分子 #1: Outer kinetochore Dam1 protomer monomer with staple and Ndc80-Nuf...

超分子名称: Outer kinetochore Dam1 protomer monomer with staple and Ndc80-Nuf2 coiled-coils
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#12
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
分子量理論値: 673772.36 MDa

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 6.8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.11 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 110704
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
ソフトウェア: (名称: cryoSPARC (ver. 3.3.2), RELION (ver. 4.0-dev))
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2)

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原子モデル構築 1

初期モデルChain - Source name: AlphaFold / Chain - Initial model type: in silico model
詳細Initial rigid body fitting was performed in chimera, with manual correction in coot and real-space refinement in PHENIX
精密化空間: REAL / プロトコル: OTHER / 温度因子: 540.98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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