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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-18413 | |||||||||
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タイトル | Consensus map of UVSSA(VHS)-CSA-DDB1-DDA1 | |||||||||
マップデータ | Consensus map of UVSSA(VHS)-CSA-DDB1-DDA1 | |||||||||
試料 |
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キーワード | Ubiquitin ligase / DNA repair / LIGASE | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of transcription-coupled nucleotide-excision repair / nucleotide-excision repair complex / single strand break repair / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / spindle assembly involved in female meiosis / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / biological process involved in interaction with symbiont ...regulation of transcription-coupled nucleotide-excision repair / nucleotide-excision repair complex / single strand break repair / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / spindle assembly involved in female meiosis / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / biological process involved in interaction with symbiont / regulation of mitotic cell cycle phase transition / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / WD40-repeat domain binding / ubiquitin ligase complex scaffold activity / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / RNA polymerase II complex binding / cullin family protein binding / viral release from host cell / response to X-ray / positive regulation of DNA repair / ectopic germ cell programmed cell death / proteasomal protein catabolic process / protein autoubiquitination / transcription-coupled nucleotide-excision repair / positive regulation of viral genome replication / response to UV / positive regulation of gluconeogenesis / regulation of circadian rhythm / nucleotide-excision repair / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / DNA Damage Recognition in GG-NER / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual Incision in GG-NER / Wnt signaling pathway / Formation of Incision Complex in GG-NER / nuclear matrix / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / protein polyubiquitination / positive regulation of protein catabolic process / rhythmic process / chromosome / cellular response to UV / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Neddylation / protein-macromolecule adaptor activity / site of double-strand break / chromosome, telomeric region / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / response to oxidative stress / damaged DNA binding / protein ubiquitination / DNA repair / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex binding / nucleolus / apoptotic process / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.98 Å | |||||||||
データ登録者 | Lee S-H / Sixma TK | |||||||||
資金援助 | オランダ, European Union, 2件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: CryoEM structure of UVSSA(VHS)-CSA-DDB1-DDA1 著者: Lee S-H / Sixma TK | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_18413.map.gz | 11.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-18413-v30.xml emd-18413.xml | 21.8 KB 21.8 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_18413_fsc.xml | 7.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_18413.png | 26.3 KB | ||
Filedesc metadata | emd-18413.cif.gz | 6.8 KB | ||
その他 | emd_18413_half_map_1.map.gz emd_18413_half_map_2.map.gz | 11.9 MB 11.9 MB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18413 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-18413 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_18413_validation.pdf.gz | 641.5 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_18413_full_validation.pdf.gz | 641.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_18413_validation.xml.gz | 11.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | emd_18413_validation.cif.gz | 15.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18413 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-18413 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_18413.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 15.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Consensus map of UVSSA(VHS)-CSA-DDB1-DDA1 | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 2.18 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-ハーフマップ: Half map 1
ファイル | emd_18413_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 1 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map 2
ファイル | emd_18413_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map 2 | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-試料の構成要素
-全体 : Ternary complex of UVSSA(VHS)-CSA-DDB1-DDA1
全体 | 名称: Ternary complex of UVSSA(VHS)-CSA-DDB1-DDA1 |
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要素 |
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-超分子 #1: Ternary complex of UVSSA(VHS)-CSA-DDB1-DDA1
超分子 | 名称: Ternary complex of UVSSA(VHS)-CSA-DDB1-DDA1 / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: Ternary complex of ubiquitinated UVSSA-USP7-CSA-DDB1-DDA1. USP7 is invisible in the cryoEM map. |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
分子量 | 理論値: 210 KDa |
-分子 #1: DNA excision repair protein ERCC-8
分子 | 名称: DNA excision repair protein ERCC-8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MLGFLSARQT GLEDPLRLRR AESTRRVLGL ELNKDRDVER IHGGGINTLD IEPVEGRYML SGGSDGVIVL YDLENSSRQS YYTCKAVCSI GRDHPDVHRY SVETVQWYPH DTGMFTSSSF DKTLKVWDTN TLQTADVFNF EETVYSHHMS PVSTKHCLVA VGTRGPKVQL ...文字列: MLGFLSARQT GLEDPLRLRR AESTRRVLGL ELNKDRDVER IHGGGINTLD IEPVEGRYML SGGSDGVIVL YDLENSSRQS YYTCKAVCSI GRDHPDVHRY SVETVQWYPH DTGMFTSSSF DKTLKVWDTN TLQTADVFNF EETVYSHHMS PVSTKHCLVA VGTRGPKVQL CDLKSGSCSH ILQGHRQEIL AVSWSPRYDY ILATASADSR VKLWDVRRAS GCLITLDQHN GKKSQAVESA NTAHNGKVNG LCFTSDGLHL LTVGTDNRMR LWNSSNGENT LVNYGKVCNN SKKGLKFTVS CGCSSEFVFV PYGSTIAVYT VYSGEQITML KGHYKTVDCC VFQSNFQELY SGSRDCNILA WVPSLYEPVP DDDETTTKSQ LNPAFEDAWS SSDEEGGTSA WSHPQFEK UniProtKB: DNA excision repair protein ERCC-8 |
-分子 #2: DNA damage-binding protein 1
分子 | 名称: DNA damage-binding protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MAHHHHHHSA ALEVLFQGPG MSYNYVVTAQ KPTAVNGCVT GHFTSAEDLN LLIAKNTRLE IYVVTAEGLR PVKEVGMYGK IAVMELFRPK GESKDLLFIL TAKYNACILE YKQSGESIDI ITRAHGNVQD RIGRPSETGI IGIIDPECRM IGLRLYDGLF KVIPLDRDNK ...文字列: MAHHHHHHSA ALEVLFQGPG MSYNYVVTAQ KPTAVNGCVT GHFTSAEDLN LLIAKNTRLE IYVVTAEGLR PVKEVGMYGK IAVMELFRPK GESKDLLFIL TAKYNACILE YKQSGESIDI ITRAHGNVQD RIGRPSETGI IGIIDPECRM IGLRLYDGLF KVIPLDRDNK ELKAFNIRLE ELHVIDVKFL YGCQAPTICF VYQDPQGRHV KTYEVSLREK EFNKGPWKQE NVEAEASMVI AVPEPFGGAI IIGQESITYH NGDKYLAIAP PIIKQSTIVC HNRVDPNGSR YLLGDMEGRL FMLLLEKEEQ MDGTVTLKDL RVELLGETSI AECLTYLDNG VVFVGSRLGD SQLVKLNVDS NEQGSYVVAM ETFTNLGPIV DMCVVDLERQ GQGQLVTCSG AFKEGSLRII RNGIGIHEHA SIDLPGIKGL WPLRSDPNRE TDDTLVLSFV GQTRVLMLNG EEVEETELMG FVDDQQTFFC GNVAHQQLIQ ITSASVRLVS QEPKALVSEW KEPQAKNISV ASCNSSQVVV AVGRALYYLQ IHPQELRQIS HTEMEHEVAC LDITPLGDSN GLSPLCAIGL WTDISARILK LPSFELLHKE MLGGEIIPRS ILMTTFESSH YLLCALGDGA LFYFGLNIET GLLSDRKKVT LGTQPTVLRT FRSLSTTNVF ACSDRPTVIY SSNHKLVFSN VNLKEVNYMC PLNSDGYPDS LALANNSTLT IGTIDEIQKL HIRTVPLYES PRKICYQEVS QCFGVLSSRI EVQDTSGGTT ALRPSASTQA LSSSVSSSKL FSSSTAPHET SFGEEVEVHN LLIIDQHTFE VLHAHQFLQN EYALSLVSCK LGKDPNTYFI VGTAMVYPEE AEPKQGRIVV FQYSDGKLQT VAEKEVKGAV YSMVEFNGKL LASINSTVRL YEWTTEKELR TECNHYNNIM ALYLKTKGDF ILVGDLMRSV LLLAYKPMEG NFEEIARDFN PNWMSAVEIL DDDNFLGAEN AFNLFVCQKD SAATTDEERQ HLQEVGLFHL GEFVNVFCHG SLVMQNLGET STPTQGSVLF GTVNGMIGLV TSLSESWYNL LLDMQNRLNK VIKSVGKIEH SFWRSFHTER KTEPATGFID GDLIESFLDI SRPKMQEVVA NLQYDDGSGM KREATADDLI KVVEELTRIH UniProtKB: DNA damage-binding protein 1 |
-分子 #3: DET1- and DDB1-associated protein 1
分子 | 名称: DET1- and DDB1-associated protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MADFLKGLPV YNKSNFSRFH ADSVCKASNR RPSVYLPTRE YPSEQIIVTE KTNILLRYLH QQWDKKNAAK KRDQEQVELE GESSAPPRKV ARTDSPDMHE DTDVLFQGPG AWSHPQFEKG GGSGGGSGGG SWSHPQFEKG ASGEDYKDDD DK UniProtKB: DET1- and DDB1-associated protein 1 |
-分子 #4: UV-stimulated scaffold protein A
分子 | 名称: UV-stimulated scaffold protein A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) |
組換発現 | 生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) |
配列 | 文字列: MAHHHHHHSA ALEVLFQGPG MDQKLSKLVE ELTTSGEPRL NPEKMKELKK ICKSSEEQLS RAYRLLIAQL TQEHAEIRLS AFQIVEELFV RSHQFRMLVV SNFQEFLELT LGTDPAQPLP PPREAAQRLR QATTRAVEGW NEKFGEAYKK LALGYHFLRH NKKVDFQDTN ...文字列: MAHHHHHHSA ALEVLFQGPG MDQKLSKLVE ELTTSGEPRL NPEKMKELKK ICKSSEEQLS RAYRLLIAQL TQEHAEIRLS AFQIVEELFV RSHQFRMLVV SNFQEFLELT LGTDPAQPLP PPREAAQRLR QATTRAVEGW NEKFGEAYKK LALGYHFLRH NKKVDFQDTN ARSLAERKRE EEKQKHLDKI YQERASQAER EMQEMSGEIE SCLTEVESCF RLLVPFDFDP NPETESLGMA SGMSDALRSS CAGQVGPCRS GTPDPRDGEQ PCCSRDLPAS AGHPRAGGGA QPSQTATGDP SDEDEDSDLE EFVRSHGLGS HKYTLDVELC SEGLKVQENE DNLALIHAAR DTLKLIRNKF LPAVCSWIQR FTRVGTHGGC LKRAIDLKAE LELVLRKYKE LDIEPEGGER RRTEALGDAE EDEDDEDFVE VPEKEGYEPH IPDHLRPEYG LEAAPEKDTV VRCLRTRTRM DEEVSDPTSA AAQLRQLRDH LPPPSSASPS RALPEPQEAQ KLAAERARAP VVPYGVDLHY WGQELPTAGK IVKSDSQHRF WKPSEVEEEV VNADISEMLR SRHITFAGKF EPVQHWCRAP RPDGRLCERQ DRLKCPFHGK IVPRDDEGRP LDPEDRAREQ RRQLQKQERP EWQDPELMRD VEAATGQDLG SSRYSGKGRG KKRRYPSLTN LKAQADTARA RIGRKVFAKA AVRRVVAAMN RMDQKKHEKF SNQFNYALN UniProtKB: UV-stimulated scaffold protein A |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.13 mg/mL | ||||||||||||
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緩衝液 | pH: 7.5 構成要素:
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凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV | ||||||||||||
詳細 | This sample was glutaraldehyde crosslinked |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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特殊光学系 | エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
詳細 | Collected on Krios 1 at Netherlands Center for Electron Nanoscopy (NeCEN) |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1382 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 3.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 倍率(公称値): 81000 |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |