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- EMDB-18406: Cryo-EM of Hantaan virus polymerase in hexameric state -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18406
タイトルCryo-EM of Hantaan virus polymerase in hexameric state
マップデータHTNV-L Hexamer Apo
試料
  • 複合体: Hantaan virus polymerase
    • タンパク質・ペプチド: Hantaan virus polymerase
キーワードBunyavirus / Hantaan virus / polymerase / dimer / VIRAL PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA-templated viral transcription / negative stranded viral RNA replication / cap snatching / endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / host cell perinuclear region of cytoplasm / RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
RNA-directed RNA polymerase, hantavirus / RNA-directed RNA polymerase, hantavirus, N-terminal / : / RNA dependent RNA polymerase / Cap-snatching endonuclease / : / RNA-dependent RNA polymerase, bunyaviral / Bunyavirus RNA dependent RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase, negative-strand RNA virus / RdRp of negative ssRNA viruses with segmented genomes catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA-directed RNA polymerase L
類似検索 - 構成要素
生物種Hantaan virus 76-118 (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.24 Å
データ登録者Durieux Trouilleton Q / Arragain B / Malet H
資金援助 フランス, 1件
OrganizationGrant number国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)ANR-19-CE11-0024 フランス
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2024
タイトル: Structural characterization of the oligomerization of full-length Hantaan virus polymerase into symmetric dimers and hexamers.
著者: Quentin Durieux Trouilleton / Dominique Housset / Paco Tarillon / Benoît Arragain / Hélène Malet /
要旨: Hantaan virus is a dangerous human pathogen whose segmented negative-stranded RNA genome is replicated and transcribed by a virally-encoded multi-functional polymerase. Here we describe the complete ...Hantaan virus is a dangerous human pathogen whose segmented negative-stranded RNA genome is replicated and transcribed by a virally-encoded multi-functional polymerase. Here we describe the complete cryo-electron microscopy structure of Hantaan virus polymerase in several oligomeric forms. Apo polymerase protomers can adopt two drastically different conformations, which assemble into two distinct symmetric homodimers, that can themselves gather to form hexamers. Polymerase dimerization induces the stabilization of most polymerase domains, including the C-terminal domain that contributes the most to dimer's interface, along with a lariat region that participates to the polymerase steadying. Binding to viral RNA induces significant conformational changes resulting in symmetric oligomer disruption and polymerase activation, suggesting the possible involvement of apo multimers as protecting systems that would stabilize the otherwise flexible C-terminal domains. Overall, these results provide insights into the multimerization capability of Hantavirus polymerase and may help to define antiviral compounds to counteract these life-threatening viruses.
履歴
登録2023年9月7日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年3月27日-
マップ公開2024年3月27日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18406.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18406.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 1.3 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈HTNV-L Hexamer Apo
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.84 Å/pix.
x 700 pix.
= 587.3 Å		0.84 Å/pix.
x 700 pix.
= 587.3 Å		0.84 Å/pix.
x 700 pix.
= 587.3 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.839 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.167
最小 - 最大-0.38996854 - 1.0804312
平均 (標準偏差)0.0004850149 (±0.026070068)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ700700700
Spacing700700700
セルA=B=C: 587.3 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: HTNV-L Hexamer Apo half map A

ファイルemd_18406_half_map_1.map
注釈HTNV-L Hexamer Apo half map A
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: HTNV-L Hexamer Apo half map b

ファイルemd_18406_half_map_2.map
注釈HTNV-L Hexamer Apo half map b
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Hantaan virus polymerase

全体名称: Hantaan virus polymerase
要素
  • 複合体: Hantaan virus polymerase
    • タンパク質・ペプチド: Hantaan virus polymerase

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超分子 #1: Hantaan virus polymerase

超分子名称: Hantaan virus polymerase / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Hantaan virus 76-118 (ウイルス)
分子量理論値: 1.5 MDa

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分子 #1: Hantaan virus polymerase

分子名称: Hantaan virus polymerase / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Hantaan virus 76-118 (ウイルス)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MGHHHHHHDY DIPTTENLYF QGMDKYREIH NKLKEFSPGT LTAVECIDYL DRLYAVRHDI VDQMIKHDWS DNKDSEEAIG KVLLFAGVPS NIITALEKKI IPNHPTGKSL KAFFKMTPDN YKISGTTIEF VEVTVTADVD KGIREKKLKY EAGLTYIEQE LHKFFLKGEI ...文字列:
MGHHHHHHDY DIPTTENLYF QGMDKYREIH NKLKEFSPGT LTAVECIDYL DRLYAVRHDI VDQMIKHDWS DNKDSEEAIG KVLLFAGVPS NIITALEKKI IPNHPTGKSL KAFFKMTPDN YKISGTTIEF VEVTVTADVD KGIREKKLKY EAGLTYIEQE LHKFFLKGEI PQPYKITFNV VAVRTDGSNI TTQWPSRRND GVVQYMRLVQ AEISYVREHL IKTEERAALE AMFNLKFNIS THKSQPYYIP DYKGMEPIGA NIEDLVDYSK DWLSRARNFS FFEVKGTAVF ECFNSNEANH CQRYPMSRKP RNFLLIQCSL ITSYKPATTL SDQIDSRRAC SYILNLIPDT PASYLIHDMA YRYINLTRED MINYYAPRIQ FKQTQNVREP GTFKLTSSML RAESKAMLDL LNNHKSGEKH GAQIESLNIA SHIVQSESVS LITKILSDLE LNITEPSTQE YSTTKHTYVD TVLDKFFQNE TQKYLIDVLK KTTAWHIGHL IRDITESLIA HSGLKRSKYW SLHSYNNGNV ILFILPSKSL EVAGSFIRFI TVFRIGPGLV DKDNLDTILI DGDSQWGVSK VMSIDLNRLL ALNIAFEKAL IATATWFQYY TEDQGQFPLQ YAIRSVFANH FLLAICQKMK LCAIFDNLRY LIPAVTSLYS GFPSLIEKLF ERPFKSSLEV YIYYNIKSLL VALAQNNKAR FYSKVKLLGL TVDQSTVGAS GVYPSFMSRI VYKHYRSLIS EVTTCFFLFE KGLHGNMNEE AKIHLETVEW ALKFREKEEK YGESLVENGY MMWELRANAE LAEQQLYCQD AIELAAIELN KVLATKSSVV ANSILSKNWE EPYFSQTRNI SLKGMSGQVQ EDGHLSSSVT IIEAIRYLSN SRHNPSLLKL YEETREQKAM ARIVRKYQRT EADRGFFITT LPTRCRLEII EDYYDAIAKN ISEEYISYGG EKKILAIQGA LEKALRWASG ESFIELSNHK FIRMKRKLMY VSADATKWSP GDNSAKFRRF TSMLHNGLPN NKLKNCVIDA LKQVYKTDFF MSRKLRNYID SMESLDPHIK QFLDFFPDGH HGEVKGNWLQ GNLNKCSSLF GVAMSLLFKQ VWTNLFPELD CFFEFAHHSD DALFIYGYLE PVDDGTDWFL FVSQQIQAGH LHWFSVNTEM WKSMFNLHEH ILLLGSIKIS PKKTTVSPTN AEFLSTFFEG CAVSIPFVKI LLGSLSDLPG LGYFDDLAAA QSRCVKALDL GASPQVAQLA VALCTSKVER LYGTAPGMVN HPAAYLQVKH TDTPIPLGGN GAMSIMELAT AGIGMSDKNL LKRALLGYSH KRQKSMLYIL GLFKFLMKLS DETFQHERLG QFSFIGKVQW KIFTPKSEFE FADMYTSKFL ELWSSQHVTY DYIIPKGRDN LLIYLVRKLN DPSIVTAMTM QSPLQLRFRM QAKQHMKVCR LDGEWVTFRE VLAAANSFAE NYSATSQDMD LFQTLTSCTF SKEYAWKDFL NGIHCDVIPT KQVQRAKVAR TFTVREKDQI IQNSIPAVIG YKFAVTVEEM SDVLDTAKFP DSLSVDLKTM KDGVYRELGL DISLPDVMKR IAPMLYKSSK SRVVIVQGNV EGTAEAICRY WLKSMSLVKT IRVKPHKEVL QAVSIFNRKE DIGQQKDLAA LKLCIEVWRW CKANSAPYRD WFQALWFEDK TFSEWLDRFC RVGVPPIDPE IQCAALMIAD IKGDYSVLQL QANRRAYSGK QYDAYCVQTY NEVTKLYEGD LRVTFNFGLD CARLEIFWDK KAYILETSIT QKHVLKIMMD EVSKELIKCG MRFNTEQVQG VRHMVLFKTE SGFEWGKPNI PCIVYKNCVL RTSLRTTQAI NHKFMITIKD DGLRAIAQHD EDSPRFLLAH AFHTIRDIRY QAVDAVSNVW FIHKGVKLYL NPIISSGLLE NFMKNLPAAI PPAAYSLIMN RAKISVDLFM FNDLLKLINP RNTLDLSGLE TTGDEFSTVS SMSSRLWSEE MSLVDDDEEL DDEFTIDLQD VDFENIDIEA DIEHFLQDES SYTGDLLIST EETESKKMRG IVKILEPVRL IKSWVSRGLS IEKVYSPVNI ILMSRYISKT FNLSTKQVSL LDPYDLTELE SIVRGWGECV IDQFESLDRE AQNMVVNKGI CPEDVIPDSL FSFRHTMVLL RRLFPQDSIS SFY

UniProtKB: RNA-directed RNA polymerase L

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.25 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
30.0 mMC8H18N2O4SHEPES
250.0 mMNaClNaCl
10.0 mMC9H15O6PTCEP
グリッドモデル: UltrAuFoil R1.2/1.3 / 材質: GOLD / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: GOLD / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 50 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 詳細: 25mA
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 77 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 詳細: blot force 1 3s.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / デジタル化 - サイズ - 横: 5760 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4092 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 14650 / 平均露光時間: 1.45 sec. / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.8 µm / 倍率（補正後）: 105000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm / 倍率（公称値）: 105000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 3354153
初期モデルモデルのタイプ: INSILICO MODEL / In silico モデル: Ab-initio reconstruction cryoSPARC
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.24 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1) / 使用した粒子像数: 28695
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
最終 3次元分類クラス数: 200 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 4.2.1)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

8c4s


Chain - Chain ID: A / Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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