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- EMDB-18380: Focused map for UVSSA(VHS)-CSA-DDB1(BPA/BPC)-DDA1 -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18380
タイトルFocused map for UVSSA(VHS)-CSA-DDB1(BPA/BPC)-DDA1
マップデータFocused map of CSA-DDB1(BPA/BPC)-DDA1-UVSSA(VHS), sharpen
試料
  • 複合体: Ternary complex of UVSSA(VHS)-CSA-DDB1(BPA/BPC)-DDA1
    • タンパク質・ペプチド: DNA excision repair protein ERCC-8
    • タンパク質・ペプチド: DNA damage-binding protein 1
    • タンパク質・ペプチド: DET1- and DDB1-associated protein 1
    • タンパク質・ペプチド: UV-stimulated scaffold protein A
キーワードUbiquitin ligase DNA repair / LIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of transcription-coupled nucleotide-excision repair / nucleotide-excision repair complex / single strand break repair / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / spindle assembly involved in female meiosis / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / biological process involved in interaction with symbiont ...regulation of transcription-coupled nucleotide-excision repair / nucleotide-excision repair complex / single strand break repair / positive regulation by virus of viral protein levels in host cell / epigenetic programming in the zygotic pronuclei / spindle assembly involved in female meiosis / double-strand break repair via classical nonhomologous end joining / Cul4-RING E3 ubiquitin ligase complex / UV-damage excision repair / biological process involved in interaction with symbiont / regulation of mitotic cell cycle phase transition / Cul4A-RING E3 ubiquitin ligase complex / WD40-repeat domain binding / ubiquitin ligase complex scaffold activity / Cul4B-RING E3 ubiquitin ligase complex / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / RNA polymerase II complex binding / cullin family protein binding / viral release from host cell / response to X-ray / ectopic germ cell programmed cell death / proteasomal protein catabolic process / protein autoubiquitination / transcription-coupled nucleotide-excision repair / positive regulation of viral genome replication / response to UV / positive regulation of gluconeogenesis / positive regulation of DNA repair / nucleotide-excision repair / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / DNA Damage Recognition in GG-NER / regulation of circadian rhythm / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Dual Incision in GG-NER / Wnt signaling pathway / Formation of Incision Complex in GG-NER / nuclear matrix / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / positive regulation of protein catabolic process / protein polyubiquitination / cellular response to UV / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / rhythmic process / chromosome / Neddylation / protein-macromolecule adaptor activity / site of double-strand break / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / response to oxidative stress / damaged DNA binding / chromosome, telomeric region / protein ubiquitination / DNA repair / DNA damage response / protein-containing complex binding / apoptotic process / nucleolus / negative regulation of apoptotic process / protein-containing complex / DNA binding / extracellular space / extracellular exosome / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
UV-stimulated scaffold protein A / : / : / Uncharacterized conserved protein (DUF2043) / UVSSA N-terminal domain / DET1- and DDB1-associated protein 1, N-terminal / DET1- and DDB1-associated protein 1 / DNA excision repair protein Rad28/ERCC8/Ckn1/ATCSA-1 / Det1 complexing ubiquitin ligase / ENTH/VHS ...UV-stimulated scaffold protein A / : / : / Uncharacterized conserved protein (DUF2043) / UVSSA N-terminal domain / DET1- and DDB1-associated protein 1, N-terminal / DET1- and DDB1-associated protein 1 / DNA excision repair protein Rad28/ERCC8/Ckn1/ATCSA-1 / Det1 complexing ubiquitin ligase / ENTH/VHS / : / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, N-terminal / Mono-functional DNA-alkylating methyl methanesulfonate N-term / Cleavage/polyadenylation specificity factor, A subunit, C-terminal / CPSF A subunit region / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA excision repair protein ERCC-8 / DNA damage-binding protein 1 / UV-stimulated scaffold protein A / DET1- and DDB1-associated protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Lee S-H / Sixma TK
資金援助 オランダ, European Union, 2件
OrganizationGrant number国
Netherlands Organisation for Scientific Research (NWO)TOP 714.017.003 オランダ
European Molecular Biology Organization (EMBO)ALTF 1159-2019European Union
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Focused map for UVSSA(VHS)-CSA-DDB1(BPA/BPC)-DDA1
著者: Lee S-H / Sixma TK
履歴
登録2023年9月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年8月14日-
マップ公開2024年8月14日-
更新2024年8月14日-
現状2024年8月14日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18380.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18380.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 125 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Focused map of CSA-DDB1(BPA/BPC)-DDA1-UVSSA(VHS), sharpen
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.09 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.0117
最小 - 最大-0.0017505065 - 1.8034987
平均 (標準偏差)0.0006432795 (±0.019567283)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ320320320
Spacing320320320
セルA=B=C: 348.80002 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_18380_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Ternary complex of UVSSA(VHS)-CSA-DDB1(BPA/BPC)-DDA1

全体名称: Ternary complex of UVSSA(VHS)-CSA-DDB1(BPA/BPC)-DDA1
要素
  • 複合体: Ternary complex of UVSSA(VHS)-CSA-DDB1(BPA/BPC)-DDA1
    • タンパク質・ペプチド: DNA excision repair protein ERCC-8
    • タンパク質・ペプチド: DNA damage-binding protein 1
    • タンパク質・ペプチド: DET1- and DDB1-associated protein 1
    • タンパク質・ペプチド: UV-stimulated scaffold protein A

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超分子 #1: Ternary complex of UVSSA(VHS)-CSA-DDB1(BPA/BPC)-DDA1

超分子名称: Ternary complex of UVSSA(VHS)-CSA-DDB1(BPA/BPC)-DDA1
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: Ternary complex of ubiquitinated UVSSA-USP7-CSA-DDB1-DDA1. Refinement focused on CSA-DDB1-DDA1.
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 170 KDa

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分子 #1: DNA excision repair protein ERCC-8

分子名称: DNA excision repair protein ERCC-8 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MLGFLSARQT GLEDPLRLRR AESTRRVLGL ELNKDRDVER IHGGGINTLD IEPVEGRYML SGGSDGVIVL YDLENSSRQS YYTCKAVCSI GRDHPDVHRY SVETVQWYPH DTGMFTSSSF DKTLKVWDTN TLQTADVFNF EETVYSHHMS PVSTKHCLVA VGTRGPKVQL ...文字列:
MLGFLSARQT GLEDPLRLRR AESTRRVLGL ELNKDRDVER IHGGGINTLD IEPVEGRYML SGGSDGVIVL YDLENSSRQS YYTCKAVCSI GRDHPDVHRY SVETVQWYPH DTGMFTSSSF DKTLKVWDTN TLQTADVFNF EETVYSHHMS PVSTKHCLVA VGTRGPKVQL CDLKSGSCSH ILQGHRQEIL AVSWSPRYDY ILATASADSR VKLWDVRRAS GCLITLDQHN GKKSQAVESA NTAHNGKVNG LCFTSDGLHL LTVGTDNRMR LWNSSNGENT LVNYGKVCNN SKKGLKFTVS CGCSSEFVFV PYGSTIAVYT VYSGEQITML KGHYKTVDCC VFQSNFQELY SGSRDCNILA WVPSLYEPVP DDDETTTKSQ LNPAFEDAWS SSDEEGGTSA WSHPQFEK

UniProtKB: DNA excision repair protein ERCC-8

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分子 #2: DNA damage-binding protein 1

分子名称: DNA damage-binding protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MSYNYVVTAQ KPTAVNGCVT GHFTSAEDLN LLIAKNTRLE IYVVTAEGLR PVKEVGMYGK IAVMELFRPK GESKDLLFIL TAKYNACILE YKQSGESIDI ITRAHGNVQD RIGRPSETGI IGIIDPECRM IGLRLYDGLF KVIPLDRDNK ELKAFNIRLE ELHVIDVKFL ...文字列:
MSYNYVVTAQ KPTAVNGCVT GHFTSAEDLN LLIAKNTRLE IYVVTAEGLR PVKEVGMYGK IAVMELFRPK GESKDLLFIL TAKYNACILE YKQSGESIDI ITRAHGNVQD RIGRPSETGI IGIIDPECRM IGLRLYDGLF KVIPLDRDNK ELKAFNIRLE ELHVIDVKFL YGCQAPTICF VYQDPQGRHV KTYEVSLREK EFNKGPWKQE NVEAEASMVI AVPEPFGGAI IIGQESITYH NGDKYLAIAP PIIKQSTIVC HNRVDPNGSR YLLGDMEGRL FMLLLEKEEQ MDGTVTLKDL RVELLGETSI AECLTYLDNG VVFVGSRLGD SQLVKLNVDS NEQGSYVVAM ETFTNLGPIV DMCVVDLERQ GQGQLVTCSG AFKEGSLRII RNGIGIHEHA SIDLPGIKGL WPLRSDPNRE TDDTLVLSFV GQTRVLMLNG EEVEETELMG FVDDQQTFFC GNVAHQQLIQ ITSASVRLVS QEPKALVSEW KEPQAKNISV ASCNSSQVVV AVGRALYYLQ IHPQELRQIS HTEMEHEVAC LDITPLGDSN GLSPLCAIGL WTDISARILK LPSFELLHKE MLGGEIIPRS ILMTTFESSH YLLCALGDGA LFYFGLNIET GLLSDRKKVT LGTQPTVLRT FRSLSTTNVF ACSDRPTVIY SSNHKLVFSN VNLKEVNYMC PLNSDGYPDS LALANNSTLT IGTIDEIQKL HIRTVPLYES PRKICYQEVS QCFGVLSSRI EVQDTSGGTT ALRPSASTQA LSSSVSSSKL FSSSTAPHET SFGEEVEVHN LLIIDQHTFE VLHAHQFLQN EYALSLVSCK LGKDPNTYFI VGTAMVYPEE AEPKQGRIVV FQYSDGKLQT VAEKEVKGAV YSMVEFNGKL LASINSTVRL YEWTTEKELR TECNHYNNIM ALYLKTKGDF ILVGDLMRSV LLLAYKPMEG NFEEIARDFN PNWMSAVEIL DDDNFLGAEN AFNLFVCQKD SAATTDEERQ HLQEVGLFHL GEFVNVFCHG SLVMQNLGET STPTQGSVLF GTVNGMIGLV TSLSESWYNL LLDMQNRLNK VIKSVGKIEH SFWRSFHTER KTEPATGFID GDLIESFLDI SRPKMQEVVA NLQYDDGSGM KREATADDLI KVVEELTRIH

UniProtKB: DNA damage-binding protein 1

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分子 #3: DET1- and DDB1-associated protein 1

分子名称: DET1- and DDB1-associated protein 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列:
MADFLKGLPV YNKSNFSRFH ADSVCKASNR RPSVYLPTRE YPSEQIIVTE KTNILLRYLH QQWDKKNAAK KRDQEQVELE GESSAPPRKV ARTDSPDMHE DTDVLFQGPG AWSHPQFEKG GGSGGGSGGG SWSHPQFEKG ASGEDYKDDD DK

UniProtKB: DET1- and DDB1-associated protein 1

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分子 #4: UV-stimulated scaffold protein A

分子名称: UV-stimulated scaffold protein A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / 詳細: K414 is ubiquitinated / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
配列文字列: MAHHHHHHSA ALEVLFQGPG MDQKLSKLVE ELTTSGEPRL NPEKMKELKK ICKSSEEQLS RAYRLLIAQL TQEHAEIRLS AFQIVEELFV RSHQFRMLVV SNFQEFLELT LGTDPAQPLP PPREAAQRLR QATTRAVEGW NEKFGEAYKK LALGYHFLRH NKKVDFQDTN ...文字列:
MAHHHHHHSA ALEVLFQGPG MDQKLSKLVE ELTTSGEPRL NPEKMKELKK ICKSSEEQLS RAYRLLIAQL TQEHAEIRLS AFQIVEELFV RSHQFRMLVV SNFQEFLELT LGTDPAQPLP PPREAAQRLR QATTRAVEGW NEKFGEAYKK LALGYHFLRH NKKVDFQDTN ARSLAERKRE EEKQKHLDKI YQERASQAER EMQEMSGEIE SCLTEVESCF RLLVPFDFDP NPETESLGMA SGMSDALRSS CAGQVGPCRS GTPDPRDGEQ PCCSRDLPAS AGHPRAGGGA QPSQTATGDP SDEDEDSDLE EFVRSHGLGS HKYTLDVELC SEGLKVQENE DNLALIHAAR DTLKLIRNKF LPAVCSWIQR FTRVGTHGGC LKRAIDLKAE LELVLRKYKE LDIEPEGGER RRTEALGDAE EDEDDEDFVE VPEKEGYEPH IPDHLRPEYG LEAAPEKDTV VRCLRTRTRM DEEVSDPTSA AAQLRQLRDH LPPPSSASPS RALPEPQEAQ KLAAERARAP VVPYGVDLHY WGQELPTAGK IVKSDSQHRF WKPSEVEEEV VNADISEMLR SRHITFAGKF EPVQHWCRAP RPDGRLCERQ DRLKCPFHGK IVPRDDEGRP LDPEDRAREQ RRQLQKQERP EWQDPELMRD VEAATGQDLG SSRYSGKGRG KKRRYPSLTN LKAQADTARA RIGRKVFAKA AVRRVVAAMN RMDQKKHEKF SNQFNYALN

UniProtKB: UV-stimulated scaffold protein A

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.13 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
構成要素:
濃度式名称
20.0 mMHEPESHEPES
150.0 mMNaClsodium chloride
0.5 mMTCEPtris(2-carboxyethyl)phosphine
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 詳細: The grid was coated with graphene oxide
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細This sample was glutaraldehyde crosslinked

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
詳細Collected on Krios 1 at Netherlands Center for Electron Nanoscopy (NeCEN)
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 1382 / 平均電子線量: 60.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 81000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 723908
初期モデルモデルのタイプ: OTHER
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.3.3) / 使用した粒子像数: 103572
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
ソフトウェア: (名称: cryoSPARC, RELION (ver. 3.1.3))
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1.3)
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化プロトコル: OTHER

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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