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- EMDB-18316: Structure of the non-canonical CTLH E3 substrate receptor WDR26 b... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18316
タイトルStructure of the non-canonical CTLH E3 substrate receptor WDR26 bound to YPEL5
マップデータ
試料
  • 複合体: Complex of human WDR26-CTLH E3 ligase bound to YPEL5
    • タンパク質・ペプチド: WD repeat-containing protein 26
    • タンパク質・ペプチド: Protein yippee-like 5
  • リガンド: ZINC ION
キーワードE3 ubiquitin ligase / CTLH / GID / NMNAT1 / YPEL5 / LIGASE
機能・相同性
機能・相同性情報


GID complex / mitotic spindle pole / ubiquitin ligase complex / Regulation of pyruvate metabolism / tertiary granule lumen / midbody / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / ficolin-1-rich granule lumen / cell population proliferation / centrosome ...GID complex / mitotic spindle pole / ubiquitin ligase complex / Regulation of pyruvate metabolism / tertiary granule lumen / midbody / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / ficolin-1-rich granule lumen / cell population proliferation / centrosome / Neutrophil degranulation / mitochondrion / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Yippee domain / Yippee family / Yippee domain profile. / : / : / LisH-like dimerisation domain / C-terminal to LisH motif. / CTLH, C-terminal LisH motif / C-terminal to LisH (CTLH) motif profile. / Yippee/Mis18/Cereblon ...Yippee domain / Yippee family / Yippee domain profile. / : / : / LisH-like dimerisation domain / C-terminal to LisH motif. / CTLH, C-terminal LisH motif / C-terminal to LisH (CTLH) motif profile. / Yippee/Mis18/Cereblon / Yippee zinc-binding/DNA-binding /Mis18, centromere assembly / LIS1 homology (LisH) motif profile. / LIS1 homology motif / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein yippee-like 5 / WD repeat-containing protein 26
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Chrustowicz J / Sherpa D / Schulman BA
資金援助 ドイツ, European Union, 3件
OrganizationGrant number国
Max Planck Society ドイツ
European Research Council (ERC)H2020 789016-NEDD8ActivateEuropean Union
German Research Foundation (DFG)SCHU 3196/1-1 ドイツ
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2024
タイトル: Non-canonical substrate recognition by the human WDR26-CTLH E3 ligase regulates prodrug metabolism.
著者: Karthik V Gottemukkala / Jakub Chrustowicz / Dawafuti Sherpa / Sara Sepic / Duc Tung Vu / Özge Karayel / Eleftheria C Papadopoulou / Annette Gross / Kenji Schorpp / Susanne von Gronau / ...著者: Karthik V Gottemukkala / Jakub Chrustowicz / Dawafuti Sherpa / Sara Sepic / Duc Tung Vu / Özge Karayel / Eleftheria C Papadopoulou / Annette Gross / Kenji Schorpp / Susanne von Gronau / Kamyar Hadian / Peter J Murray / Matthias Mann / Brenda A Schulman / Arno F Alpi /
要旨: The yeast glucose-induced degradation-deficient (GID) E3 ubiquitin ligase forms a suite of complexes with interchangeable receptors that selectively recruit N-terminal degron motifs of metabolic ...The yeast glucose-induced degradation-deficient (GID) E3 ubiquitin ligase forms a suite of complexes with interchangeable receptors that selectively recruit N-terminal degron motifs of metabolic enzyme substrates. The orthologous higher eukaryotic C-terminal to LisH (CTLH) E3 complex has been proposed to also recognize substrates through an alternative subunit, WDR26, which promotes the formation of supramolecular CTLH E3 assemblies. Here, we discover that human WDR26 binds the metabolic enzyme nicotinamide/nicotinic-acid-mononucleotide-adenylyltransferase 1 (NMNAT1) and mediates its CTLH E3-dependent ubiquitylation independently of canonical GID/CTLH E3-family substrate receptors. The CTLH subunit YPEL5 inhibits NMNAT1 ubiquitylation and cellular turnover by WDR26-CTLH E3, thereby affecting NMNAT1-mediated metabolic activation and cytotoxicity of the prodrug tiazofurin. Cryoelectron microscopy (cryo-EM) structures of NMNAT1- and YPEL5-bound WDR26-CTLH E3 complexes reveal an internal basic degron motif of NMNAT1 essential for targeting by WDR26-CTLH E3 and degron mimicry by YPEL5's N terminus antagonizing substrate binding. Thus, our data provide a mechanistic understanding of how YPEL5-WDR26-CTLH E3 acts as a modulator of NMNAT1-dependent metabolism.
履歴
登録2023年8月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2024年5月15日-
マップ公開2024年5月15日-
更新2024年7月3日-
現状2024年7月3日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18316.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18316.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 91.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
投影像・断面図

画像のコントロール

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明度
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その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.4 Å/pix.
x 288 pix.
= 401.76 Å		1.4 Å/pix.
x 288 pix.
= 401.76 Å		1.4 Å/pix.
x 288 pix.
= 401.76 Å

表面

投影像

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断面 (2/3)

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ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.395 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.0483
最小 - 最大-0.15324624 - 0.31817102
平均 (標準偏差)0.00011945298 (±0.003690284)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ288288288
Spacing288288288
セルA=B=C: 401.76 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_18316_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: Map sharpened with DeepEMhancer

ファイルemd_18316_additional_1.map
注釈Map sharpened with DeepEMhancer
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #2

ファイルemd_18316_half_map_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: #1

ファイルemd_18316_half_map_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Complex of human WDR26-CTLH E3 ligase bound to YPEL5

全体名称: Complex of human WDR26-CTLH E3 ligase bound to YPEL5
要素
  • 複合体: Complex of human WDR26-CTLH E3 ligase bound to YPEL5
    • タンパク質・ペプチド: WD repeat-containing protein 26
    • タンパク質・ペプチド: Protein yippee-like 5
  • リガンド: ZINC ION

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超分子 #1: Complex of human WDR26-CTLH E3 ligase bound to YPEL5

超分子名称: Complex of human WDR26-CTLH E3 ligase bound to YPEL5
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
詳細: Map obtained by focused refinement over YPEL5-bound WDR26 dimer
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 900 KDa

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分子 #1: WD repeat-containing protein 26

分子名称: WD repeat-containing protein 26 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 70.539773 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MQANGAGGGG GGGGGGGGGG GGGGGQGQTP ELACLSAQNG ESSPSSSSSA GDLAHANGLL PSAPSAASNN SNSLNVNNGV PGGAAAASS ATVAAASATT AASSSLATPE LGSSLKKKKR LSQSDEDVIR LIGQHLNGLG LNQTVDLLMQ ESGCRLEHPS A TKFRNHVM ...文字列:
MQANGAGGGG GGGGGGGGGG GGGGGQGQTP ELACLSAQNG ESSPSSSSSA GDLAHANGLL PSAPSAASNN SNSLNVNNGV PGGAAAASS ATVAAASATT AASSSLATPE LGSSLKKKKR LSQSDEDVIR LIGQHLNGLG LNQTVDLLMQ ESGCRLEHPS A TKFRNHVM EGDWDKAEND LNELKPLVHS PHAIVRMKFL LLQQKYLEYL EDGKVLEALQ VLRCELTPLK YNTERIHVLS GY LMCSHAE DLRAKAEWEG KGTASRSKLL DKLQTYLPPS VMLPPRRLQT LLRQAVELQR DRCLYHNTKL DNNLDSVSLL IDH VCSRRQ FPCYTQQILT EHCNEVWFCK FSNDGTKLAT GSKDTTVIIW QVDPDTHLLK LLKTLEGHAY GVSYIAWSPD DNYL VACGP DDCSELWLWN VQTGELRTKM SQSHEDSLTS VAWNPDGKRF VTGGQRGQFY QCDLDGNLLD SWEGVRVQCL WCLSD GKTV LASDTHQRIR GYNFEDLTDR NIVQEDHPIM SFTISKNGRL ALLNVATQGV HLWDLQDRVL VRKYQGVTQG FYTIHS CFG GHNEDFIASG SEDHKVYIWH KRSELPIAEL TGHTRTVNCV SWNPQIPSMM ASASDDGTVR IWGPAPFIDH QNIEEEC SS MDS

UniProtKB: WD repeat-containing protein 26

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分子 #2: Protein yippee-like 5

分子名称: Protein yippee-like 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.860658 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MGRIFLDHIG GTRLFSCANC DTILTNRSEL ISTRFTGATG RAFLFNKVVN LQYSEVQDRV MLTGRHMVRD VSCKNCNSKL GWIYEFATE DSQRYKEGRV ILERALVRES EGFEEHVPSD NS

UniProtKB: Protein yippee-like 5

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分子 #3: ZINC ION

分子名称: ZINC ION / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 3 / 式: ZN
分子量理論値: 65.409 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE
詳細Sample mixed with 0.01% beta-OG right before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 71.2 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD
最大 デフォーカス（公称値）: 2.3000000000000003 µm
最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

12542

最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 77172
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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