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基本情報
登録情報 | ![]() | |||||||||
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タイトル | E. coli plasmid-borne JetABC in a cleavage-competent state | |||||||||
![]() | Locally filtered | |||||||||
![]() |
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![]() | SMC complexes / DNA loop extrusion / nuclease / bacterial immunity / defense system / topoisomerase / plamid restriction / MksBEFG / Wadjet / EptABCD / horizontal gene transfer / DNA binding protein / mechanical DNA bending | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.78 Å | |||||||||
![]() | Roisne-Hamelin F / Gruber S | |||||||||
資金援助 | European Union, 1件
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![]() | ![]() タイトル: Structural basis for plasmid restriction by SMC JET nuclease. 著者: Florian Roisné-Hamelin / Hon Wing Liu / Michael Taschner / Yan Li / Stephan Gruber / ![]() 要旨: DNA loop-extruding SMC complexes play crucial roles in chromosome folding and DNA immunity. Prokaryotic SMC Wadjet (JET) complexes limit the spread of plasmids through DNA cleavage, yet the ...DNA loop-extruding SMC complexes play crucial roles in chromosome folding and DNA immunity. Prokaryotic SMC Wadjet (JET) complexes limit the spread of plasmids through DNA cleavage, yet the mechanisms for plasmid recognition are unresolved. We show that artificial DNA circularization renders linear DNA susceptible to JET nuclease cleavage. Unlike free DNA, JET cleaves immobilized plasmid DNA at a specific site, the plasmid-anchoring point, showing that the anchor hinders DNA extrusion but not DNA cleavage. Structures of plasmid-bound JetABC reveal two presumably stalled SMC motor units that are drastically rearranged from the resting state, together entrapping a U-shaped DNA segment, which is further converted to kinked V-shaped cleavage substrate by JetD nuclease binding. Our findings uncover mechanical bending of residual unextruded DNA as molecular signature for plasmid recognition and non-self DNA elimination. We moreover elucidate key elements of SMC loop extrusion, including the motor direction and the structure of a DNA-holding state. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
添付画像 |
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ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | ![]() | 2.3 MB | ![]() | |
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ヘッダ (付随情報) | ![]() ![]() | 25.1 KB 25.1 KB | 表示 表示 | ![]() |
画像 | ![]() | 40.3 KB | ||
マスクデータ | ![]() | 125 MB | ![]() | |
Filedesc metadata | ![]() | 7.2 KB | ||
その他 | ![]() ![]() ![]() ![]() | 62.8 MB 118.1 MB 115.8 MB 115.8 MB | ||
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 655.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 654.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
EMDBのページ | ![]() ![]() |
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マップ
ファイル | ![]() | ||||||||||||||||||||
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注釈 | Locally filtered | ||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.66 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-マスク #1
ファイル | ![]() | ||||||||||||
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投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Unsharpened map.
ファイル | emd_18211_additional_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Unsharpened map. | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-追加マップ: Sharpened map
ファイル | emd_18211_additional_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Sharpened map | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map A
ファイル | emd_18211_half_map_1.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map A | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
-ハーフマップ: Half map B
ファイル | emd_18211_half_map_2.map | ||||||||||||
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注釈 | Half map B | ||||||||||||
投影像・断面図 |
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密度ヒストグラム |
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試料の構成要素
-全体 : JetABC loaded onto plasmid DNA
全体 | 名称: JetABC loaded onto plasmid DNA |
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要素 |
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-超分子 #1: JetABC loaded onto plasmid DNA
超分子 | 名称: JetABC loaded onto plasmid DNA / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all 詳細: E. coli JetABC and plasmid DNA were mixed and incubated with ATP prior freezing. |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
-分子 #1: JetC
分子 | 名称: JetC / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 詳細: The last "G" in the theorical sequence is the result of a DNA cloning scar. 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MNQVSGLAGK ESFILTRIEL FNWGGFHGLH QAAIHQDGTA VIGPTGSGKT TLVDALMTLL CANPRYNLAS TGGHESDRDL ISYVRGVSGP GDGGEGQSHI ARPGKTVTGI AATLEREGKQ VRLGALLWFD STSSSVTDMK RLWLFSDNPG QTLEHWLNVY HEGGTRLLRQ ...文字列: MNQVSGLAGK ESFILTRIEL FNWGGFHGLH QAAIHQDGTA VIGPTGSGKT TLVDALMTLL CANPRYNLAS TGGHESDRDL ISYVRGVSGP GDGGEGQSHI ARPGKTVTGI AATLEREGKQ VRLGALLWFD STSSSVTDMK RLWLFSDNPG QTLEHWLNVY HEGGTRLLRQ MEKEAIGLWT YPNKKQYLAR LRDFFEVGEN AFTLLNRAAG LKQLNSIDEI FRELVLDDHS AFDRAAEVAN SFDGLTEIHQ ELETARKQQQ SLQPVALSWE KYQKQERQLA DWLTLESLLP LWFAQQASHL WREKINLLNA RLAEAQTSEE QLQSQLDLQK KVVSDCMQRY LQVGGANIDE LNERIKDWQK TLGSREALAR QYQQLTRNLG LPSDLSQPQL EANQHEAEAR CEQIAVDIKL KQEEAYQKGA LSHHITEELR ERENERAEIA RRPDSNLPAH YQAFRSELAK ALNVDESELP FVAELIQVKP EEAQWRGAIE RAVGSNRLRI LVAPESAQEA LRWVNQRNNR LHVRLLEVKL PHSPARFFDD GFTRKLLWKD HPWREAVKAL LAESDRHCVD SPEQLHDTPH AMTVQGLMSG KQRFYDKHDQ KRLDEDWLTG FDNRDRLNFL AKEIATLQEQ VKTANAAFEF AKGEVGLLQN QAASFQKIEQ IDFDSIDVPG AKSQLDALRE RLENLTRPDS DASVAKAKLD EAQTIESELD KQLRAANKVT NVLDTELTLA RAAERKAQQT AQQGMKEEER ELCASHFPVV TLEQLPDIRD LERQHERGIQ HEIERVKAEL HRLNIELTKR MSEAKRVDTG ALVEAGADLD DIPVYLQRLQ ELTEEALPEK LNRFLDYLNR SSDDGVTQLL SHIEHEVLVI EERLNELNET MFRVDFQPDR YLRLDTKKVV HESLRTLEKA QRQLNAARFV DDNGESHYKA LQVLVAQLRD ACERNRTLGA KALLDPRFRL EFAVSVMDRQ SGNVIESRTG SQGGSGGEKE IIASYVLTAS LSYALCPAGS RYPLFGTIIL DEAFSRSSHA VAGRIIAALR EFGLHAVFIT PNKEMRLLRD HTRSAIVVHR RGQNSNMASL SWEELERHYQ RRGNAG |
-分子 #2: JetB
分子 | 名称: JetB / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 詳細: The last "G" in the theorical sequence is the result of a DNA cloning scar. 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: MAGFFDKLIN RSVTANAGCE PEPSDEEVTD ESVEDSLASS ETRTLQKIRE ATQELLKYGL LEEASKPNLY RIVLSHPEEV TRILEPLDLD IGIDEIRGLL YVKVRLDETP AQDEWAHPLV RRQRLNLEQS LLVAILRQHF VAWEQESGTG ASQAQIAIDD LLPQLQIYLG ...文字列: MAGFFDKLIN RSVTANAGCE PEPSDEEVTD ESVEDSLASS ETRTLQKIRE ATQELLKYGL LEEASKPNLY RIVLSHPEEV TRILEPLDLD IGIDEIRGLL YVKVRLDETP AQDEWAHPLV RRQRLNLEQS LLVAILRQHF VAWEQESGTG ASQAQIAIDD LLPQLQIYLG DPGSESKERT RLLTLLDQLK GHGLVTSPDA HERIVIRPII AHLADPINLQ ALLAWLREQI AQQTSPNDAP EKDSSEEDVG |
-分子 #3: JetA
分子 | 名称: JetA / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 詳細: "GPAA" at the begining of the theorical sequence is the remaining of the purification tag after tag cleavage. The last "G" in the theorical sequence is the result of a DNA cloning scar. 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
組換発現 | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: GPAAMEENTR QRTENYISAK NQHPAWILLA TRRAPLVLSC LKTLFEKSHD GIPLEEAIQS LSSILIEHVS QEQYDINQDN PFLQASRELR EWIKRRLIVE RDGRIFATDA LEVAITFVES LDNRFMTSTA SRLSTVQREI ENLETRLNPN PANRVATLRR RISELERELQ ...文字列: GPAAMEENTR QRTENYISAK NQHPAWILLA TRRAPLVLSC LKTLFEKSHD GIPLEEAIQS LSSILIEHVS QEQYDINQDN PFLQASRELR EWIKRRLIVE RDGRIFATDA LEVAITFVES LDNRFMTSTA SRLSTVQREI ENLETRLNPN PANRVATLRR RISELERELQ EAEAGHIEVL ETHQAVEHIR DVYNLASSLR ADFRRVEDSW READRALRQS IIGEQYHRGD IVERLLNDQD ALLNTPEGRV FDSFQQQLRQ SSELKAMSER LRVILSHPSA SDALNRLQRH DLRWLVKRLV DESQTVLQAR ARSERDVRGF MKTGLAAEHH RVGHLLNEFL NLALKLDWQR QMIRKQEVPL PAVGVAVTGI PAIERLRFKE VDDEAEQTLD LSNHAADLTQ IGDDFWDAFN GLDREVLIQQ TLQLLAKENR PVGLAELAEL LPPAHDLETF AVWIGMAREA GIEVIDSQRE FAELSDGEGR RWRFNLPTTG LESQALMDID WEG |
-分子 #4: Circular plasmid DNA (1840-MER)
分子 | 名称: Circular plasmid DNA (1840-MER) / タイプ: rna / ID: 4 |
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由来(天然) | 生物種: ![]() ![]() |
配列 | 文字列: CTTTCTACGT GTTCCGCTTC CTTTAGCAGC CCTTGCGCCC TGAGTGCTTG CGGCAGCGTG AAGCTAATTC TGTCAGCCGT TAAGTGTTCC TGTGTCACTC AAAATTGCTT TGAGAGGCTC TAAGGGCTTC TCAGTGCGTT ACATCCCTGG CTTGTTGTCC ACAACCGTTA ...文字列: CTTTCTACGT GTTCCGCTTC CTTTAGCAGC CCTTGCGCCC TGAGTGCTTG CGGCAGCGTG AAGCTAATTC TGTCAGCCGT TAAGTGTTCC TGTGTCACTC AAAATTGCTT TGAGAGGCTC TAAGGGCTTC TCAGTGCGTT ACATCCCTGG CTTGTTGTCC ACAACCGTTA AACCTTAAAA GCTTTAAAAG CCTTATATAT TCTTTTTTTT CTTATAAAAC TTAAAACCTT AGAGGCTATT TAAGTTGCTG ATTTATATTA ATTTTATTGT TCAAACATGA GAGCTTAGTA CGTGAAACAT GAGAGCTTAG TACGTTAGCC ATGAGAGCTT AGTACGTTAG CCATGAGGGT TTAGTTCGTT AAACATGAGA GCTTAGTACG TTAAACATGA GAGCTTAGTA CGTGAAACAT GAGAGCTTAG TACGTACTAT CAACAGGTTG AACTGCTGAT CAACAGATCC TCTACGCGGC CGCGGTACCA TAACTTCGTA TAGCATACAT TATACGAAGT TATCTGCCAG GCACATGGGT TTTACTAGTA TCGATTCGCG ACCTACTCCG GAATATTAGG TCTCAgctct tcGGAGACCC ACTGCTTGAG CCTAGAAGAT CCGGCTGCTA ACAAAGCCCG AAAGGAAGCT GAGTTGGCTG CTGCCACCGC TGAGCAATAA CTATCATAAC CCCTAGGTGC CATTTCATTA CCTCTTTCTC CGCACCCGAC ATAGATCTGG GCCAACTTTT GGCGAAAATG AGACGTTGAT CGGCACGTAA GAGGGTCCAA CTTTCACCAT AATGAAATAA GATCACTACC GGGCGTATTT TTTGAGTTAT CGAGATTTTC AGGAGCTAAG GAAGCTAAAA TGGAGAAAAA AATCACTGGA TATACCACCG TTGATATATC CCAATGGCAT CGTAAAGAAC ATTTTGAGGC ATTTCAGTCA GTTGCTCAAT GTACCTATAA CCAGACCGTT CAGCTGGATA TTACGGCCTT TTTAAAGACC GTAAAGAAAA ATAAGCACAA GTTTTATCCG GCCTTTATTC ACATTCTTGC CCGCCTGATG AATGCTCATC CGGAATTCCG TATGGCAATG AAAGACGGTG AGCTGGTGAT ATGGGATAGT GTTCACCCTT GTTACACCGT TTTCCATGAG CAAACTGAAA CGTTTTCATC GCTCTGGAGT GAATACCACG ACGATTTCCG GCAGTTTCTA CACATATATT CGCAAGATGT GGCGTGTTAC GGTGAAAACC TGGCCTATTT CCCTAAAGGG TTTATTGAGA ATATGTTTTT CGTCTCAGCC AATCCCTGGG TGAGTTTCAC CAGTTTTGAT TTAAACGTGG CCAATATGGA CAACTTCTTC GCCCCCGTTT TCACCATGGG CAAATATTAT ACGCAAGGCG ACAAGGTGCT GATGCCGCTG GCGATTCAGG TTCATCATGC CGTTTGTGAT GGCTTCCATG TCGGCAGAAT GCTTAATGAA TTACAACAGT ACTGCGATGA GTGGCAGGGC GGGGCGTAAT TTTTTTAAGG CAGTTATTGG TGCCCTTAAA CGCCTGGTTG CTACGCCTGA ATAAGTGATA ATAAGCGGAT GAATGGCAGA AATTCGAAAG CAAATTCGAC CCGGTCGTCG GTTCAGGGCA GGGTCGTTAA ATAGCCGCTT ATGTCTATTG CTGGTTTACC GGTTTATTGA CTACCGGAAG CAGTGTGACC GTGTGCTTCT CAAATGCCTG AGGCCAGTTT GCTCAGGCTC TCCCCGTGGA GGTAATAATT GACGATATGA TCATTTATTC TGCCTCCCAG CTGACATTCA TCCGGGGTCA GCACCGTTTC TGCGGACTGG |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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![]() | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
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試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Au-flat 1.2/1.3 / 材質: GOLD / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 283 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV |
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電子顕微鏡法
顕微鏡 | TFS KRIOS |
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撮影 | フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON IV (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 13292 / 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: ![]() |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス(公称値): 2.4 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm |
実験機器 | ![]() モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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画像解析
初期モデル | モデルのタイプ: INSILICO MODEL |
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最終 再構成 | 想定した対称性 - 点群: C2 (2回回転対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.78 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. 3.3) / 使用した粒子像数: 187999 |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |