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万見
- EMDB-18194: Cryo-electron tomogram of GEM2-labelled Mito-EGFP in HeLa cells -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-18194
タイトルCryo-electron tomogram of GEM2-labelled Mito-EGFP in HeLa cells
マップデータUnfiltered tomogram corresponding to tilt series TS_010.mrc of Dataset 2 (220330) of EMPIAR-11561
試料
  • 細胞: Cryo-focused ion beam lamella of a HeLa cell expressing an engineered genetically encoded multimeric tag GEM2 coupled to stably expressed Mito-EGFP upon treatment with rapalog
キーワードEncapsulin / Protein Engineering / Synechococcus elongatus Srp1 / intracellular labeling of mitochondrial-targeted EGFP / CYTOSOLIC PROTEIN
生物種Synechococcus elongatus PCC 7942 = FACHB-805 (バクテリア)
手法電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 13.7 Å
データ登録者Fung HKH / Hayashi Y / Salo VT / Babenko A / Zagoriy I / Brunner A / Ellenberg J / Mueller CW / Cuylen-Haering S / Mahamid J
資金援助 ドイツ, European Union, フランス, フィンランド, 6件
OrganizationGrant number国
German Research Foundation (DFG)419120233 ドイツ
EIPOD fellowship under Marie Sklodowska-Curie Actions COFUND664726 ドイツ
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission101028297European Union
Human Frontier Science Program (HFSP)CDA00045/2019 フランス
Other privateBiomedicum Helsinki Foundation フィンランド
Other privateOrion Foundation フィンランド
引用ジャーナル: Nat Methods / 年: 2023
タイトル: Genetically encoded multimeric tags for subcellular protein localization in cryo-EM.
著者: Herman K H Fung / Yuki Hayashi / Veijo T Salo / Anastasiia Babenko / Ievgeniia Zagoriy / Andreas Brunner / Jan Ellenberg / Christoph W Müller / Sara Cuylen-Haering / Julia Mahamid /
要旨: Cryo-electron tomography (cryo-ET) allows for label-free high-resolution imaging of macromolecular assemblies in their native cellular context. However, the localization of macromolecules of interest ...Cryo-electron tomography (cryo-ET) allows for label-free high-resolution imaging of macromolecular assemblies in their native cellular context. However, the localization of macromolecules of interest in tomographic volumes can be challenging. Here we present a ligand-inducible labeling strategy for intracellular proteins based on fluorescent, 25-nm-sized, genetically encoded multimeric particles (GEMs). The particles exhibit recognizable structural signatures, enabling their automated detection in cryo-ET data by convolutional neural networks. The coupling of GEMs to green fluorescent protein-tagged macromolecules of interest is triggered by addition of a small-molecule ligand, allowing for time-controlled labeling to minimize disturbance to native protein function. We demonstrate the applicability of GEMs for subcellular-level localization of endogenous and overexpressed proteins across different organelles in human cells using cryo-correlative fluorescence and cryo-ET imaging. We describe means for quantifying labeling specificity and efficiency, and for systematic optimization for rare and abundant protein targets, with emphasis on assessing the potential effects of labeling on protein function.
履歴
登録2023年8月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年8月30日-
マップ公開2023年8月30日-
更新2023年12月20日-
現状2023年12月20日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_18194.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_18194.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.7 GB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Unfiltered tomogram corresponding to tilt series TS_010.mrc of Dataset 2 (220330) of EMPIAR-11561
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
13.7 Å/pix.
x 500 pix.
= 6850. Å		13.7 Å/pix.
x 1440 pix.
= 19728. Å		13.7 Å/pix.
x 1022 pix.
= 14001.399 Å

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

これらの図は立方格子座標系で作成されたものです

ボクセルのサイズX=Y=Z: 13.7 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
最小 - 最大-198735.89000000001397 - 89517.059999999997672
平均 (標準偏差)-4.772659 (±9734.845999999999549)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ14401022500
Spacing10221440500
セルA: 14001.399 Å / B: 19728.0 Å / C: 6850.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Cryo-focused ion beam lamella of a HeLa cell expressing an engine...

全体名称: Cryo-focused ion beam lamella of a HeLa cell expressing an engineered genetically encoded multimeric tag GEM2 coupled to stably expressed Mito-EGFP upon treatment with rapalog
要素
  • 細胞: Cryo-focused ion beam lamella of a HeLa cell expressing an engineered genetically encoded multimeric tag GEM2 coupled to stably expressed Mito-EGFP upon treatment with rapalog

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超分子 #1: Cryo-focused ion beam lamella of a HeLa cell expressing an engine...

超分子名称: Cryo-focused ion beam lamella of a HeLa cell expressing an engineered genetically encoded multimeric tag GEM2 coupled to stably expressed Mito-EGFP upon treatment with rapalog
タイプ: cell / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Synechococcus elongatus PCC 7942 = FACHB-805 (バクテリア)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析電子線トモグラフィー法
試料の集合状態cell

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試料調製

緩衝液pH: 7.4
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM GP
切片作成集束イオンビーム - 装置: OTHER / 集束イオンビーム - イオン: OTHER / 集束イオンビーム - 電圧: 30 / 集束イオンビーム - 電流: 0.05 / 集束イオンビーム - 時間: 480 / 集束イオンビーム - 温度: 87 K / 集束イオンビーム - Initial thickness: 1000 / 集束イオンビーム - 最終 厚さ: 200
集束イオンビーム - 詳細: The value given for _em_focused_ion_beam.instrument is TFS Aquilos. This is not in a list of allowed values {'DB235', 'OTHER'} so OTHER is written into the XML file.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
平均電子線量: 2.0 e/Å2
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

最終 再構成アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 13.7 Å / ソフトウェア - バージョン: 1.3.1
詳細: Tilt-series alignment and tomogram reconstruction performed with AreTomo version 1.3.1, doi: 10.1016/j.yjsbx.2022.100068.
使用した粒子像数: 53

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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